More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3847 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3847  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 265 aa  548  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126392  normal  0.51742 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17720  LuxR family transcriptional regulator  73.46 
 
 		 261 aa  402  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000142633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1542  putative transcriptional regulator  73.46 
 
 		 262 aa  403  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.409159  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2589  LuxR family transcriptional regulator  71.81 
 
 		 262 aa  391  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.658278  normal  0.222146 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4558  LuxR family transcriptional regulator  64.77 
 
 		 266 aa  344  8e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4514  LuxR family transcriptional regulator  62.69 
 
 		 263 aa  338  7e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0333975  normal  0.669249 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0062  LuxR family transcriptional regulator  53.61 
 
 		 275 aa  269  4e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30580  LuxR family transcriptional regulator  49.24 
 
 		 268 aa  241  1e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4373  LuxR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 272 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.489834  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1637  LuxR family transcriptional regulator  46.72 
 
 		 272 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00717804  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3993  LuxR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 272 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3530  LuxR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 272 aa  232  5e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.941293 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2608  LuxR family transcriptional regulator  47.53 
 
 		 269 aa  228  9e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.237341  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45250  putative transcriptional regulator  40.47 
 
 		 268 aa  182  7e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6179  transcriptional regulator, LuxR family  38.08 
 
 		 267 aa  177  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3842  putative transcriptional regulator  41.25 
 
 		 268 aa  175  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0590  LuxR family transcriptional regulator  41.31 
 
 		 266 aa  171  1e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822458  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1019  LuxR family transcriptional regulator  41.31 
 
 		 266 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1105  LuxR family transcriptional regulator  41.31 
 
 		 266 aa  171  1e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4046  LuxR family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 266 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4320  LuxR family transcriptional regulator  41.15 
 
 		 266 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2324  LuxR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 257 aa  168  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1845  LuxR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 257 aa  168  7e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.301448  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0878  LuxR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 257 aa  168  7e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1686  LuxR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 266 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4290  LuxR family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 266 aa  166  5e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.397968 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3201  LuxR family transcriptional regulator  41 
 
 		 266 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2590  LuxR family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 263 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.572263  normal  0.168073 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4209  LuxR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 266 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.602642  normal  0.235438 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3531  LuxR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 257 aa  154  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.272328  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3735  LuxR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 266 aa  154  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1652  LuxR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 257 aa  145  6e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3251  LuxR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 280 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.139103 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3129  LuxR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 303 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2587  LuxR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 280 aa  132  6e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0358062  normal  0.430196 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2047  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.909025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2873  LuxR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 282 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246205  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3717  LuxR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.314676 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2190  LuxR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 298 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1191  LuxR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 275 aa  115  8.999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0016  LuxR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 267 aa  112  5e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5001  transcriptional regulator, LuxR family  31.47 
 
 		 271 aa  112  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0612  LuxR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 252 aa  110  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4854  response regulator receiver protein  29.39 
 
 		 262 aa  109  6e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1180  LuxR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 267 aa  105  6e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3525  response regulator receiver protein  31.72 
 
 		 274 aa  105  7e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.243537  normal  0.113939 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2166  response regulator receiver protein  34.22 
 
 		 247 aa  102  8e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63520  putative transcriptional regulator  35.64 
 
 		 227 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.498884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3042  LuxR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 257 aa  96.7  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.494353  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3769  regulatory protein, LuxR  29.39 
 
 		 257 aa  96.7  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.997171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4769  transcriptional regulator, LuxR family  34.52 
 
 		 284 aa  95.9  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.141742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000650  transcriptional regulator LuxR family  31.09 
 
 		 292 aa  94.7  1e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0389  LuxR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 274 aa  91.3  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3582  response regulator receiver protein  28.29 
 
 		 263 aa  82.4  0.000000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06519  hypothetical protein  28.03 
 
 		 273 aa  80.5  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2049  response regulator receiver protein  27.34 
 
 		 265 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3824  LuxR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 267 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00247699  normal  0.327982 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0320  response regulator receiver protein  25.58 
 
 		 275 aa  68.9  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319961 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3818  LuxR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 264 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000221432 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0160  response regulator receiver protein  26.32 
 
 		 279 aa  68.6  0.0000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3175  response regulator receiver protein  28.65 
 
 		 250 aa  66.6  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000721008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4689  LuxR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 243 aa  66.2  0.0000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4166  LuxR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 243 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3585  LuxR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 251 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.976883  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5501  LuxR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 242 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.926313 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4782  LuxR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 251 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.134366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3718  response regulator receiver protein  27.46 
 
 		 264 aa  63.2  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0882  LuxR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 253 aa  62  0.000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0367  transcriptional regulator, LuxR family  33.98 
 
 		 556 aa  60.5  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0445  two component LuxR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000143028  normal  0.869605 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 228 aa  59.7  0.00000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4823  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.85 
 
 		 214 aa  59.7  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.103693  normal  0.11387 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0930  LuxR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 246 aa  59.3  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.6214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3411  LuxR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 290 aa  59.3  0.00000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0444105 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3342  LuxR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 461 aa  58.9  0.00000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.7323  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2491  LuxR response regulator receiver  51.72 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4606  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.46 
 
 		 207 aa  58.2  0.0000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.296562 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2463  response regulator receiver  52.94 
 
 		 217 aa  57.8  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4275  two component LuxR family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 226 aa  57.4  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.798613  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4078  hypothetical protein  37.97 
 
 		 243 aa  57.4  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0439982  normal  0.0668702 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2415  two component LuxR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 217 aa  57.8  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0530  transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 217 aa  57.8  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00485  predicted DNA-binding transcriptional regulator  47.54 
 
 		 210 aa  57  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3078  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 210 aa  57  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0636  transcriptional regulator FimZ  47.54 
 
 		 210 aa  57  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.931873  normal  0.250092 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00490  hypothetical protein  47.54 
 
 		 210 aa  57  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3139  transcriptional regulator, LuxR family  46.55 
 
 		 879 aa  57  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  hitchhiker  0.00942978  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0610  transcriptional regulator FimZ  47.54 
 
 		 210 aa  57  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4652  two component LuxR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 208 aa  57  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.398364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0580  transcriptional regulator FimZ  47.54 
 
 		 210 aa  57  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3087  transcriptional regulator FimZ  47.54 
 
 		 210 aa  57  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1995  ATP-dependent transcription regulator LuxR  47.27 
 
 		 1019 aa  57  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.686742  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03730  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  51.79 
 
 		 426 aa  57  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.532687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0577  transcriptional regulator FimZ  47.54 
 
 		 210 aa  57  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6270  LuxR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 262 aa  56.6  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1355  two component LuxR family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 230 aa  56.6  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2575  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  40.45 
 
 		 917 aa  56.6  0.0000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0928  response regulator receiver protein  51.02 
 
 		 207 aa  56.6  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0707495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3502  two component LuxR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 228 aa  56.6  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2569  transcriptional regulator, LuxR family  43.4 
 
 		 508 aa  56.6  0.0000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>