More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4689 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4689  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 243 aa  488  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4166  LuxR family transcriptional regulator  96.3 
 
 		 243 aa  471  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5501  LuxR family transcriptional regulator  90.95 
 
 		 242 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.926313 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3585  LuxR family transcriptional regulator  90.95 
 
 		 251 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.976883  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4782  LuxR family transcriptional regulator  90.95 
 
 		 251 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.134366  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0930  LuxR family transcriptional regulator  88.66 
 
 		 246 aa  422  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.6214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3818  LuxR family transcriptional regulator  85.71 
 
 		 264 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000221432 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1538  LuxR family transcriptional regulator  68.24 
 
 		 288 aa  311  5.999999999999999e-84  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1366  LuxR family transcriptional regulator  67.08 
 
 		 235 aa  308  5e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0942  LuxR family transcriptional regulator  67.08 
 
 		 235 aa  308  5e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.232709  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0350  LuxR family transcriptional regulator  67.08 
 
 		 259 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1199  LuxR family transcriptional regulator  67.08 
 
 		 235 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.791762  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2465  LuxR family transcriptional regulator  67.08 
 
 		 273 aa  307  8e-83  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.54611  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0630  LuxR family transcriptional regulator  67.08 
 
 		 273 aa  307  8e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0768185  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1273  LuxR family transcriptional regulator  67.08 
 
 		 273 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0925384  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1027  LuxR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 222 aa  142  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11180  putative transcriptional regulator  41.15 
 
 		 222 aa  138  6e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0312289  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3366  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 227 aa  95.1  9e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.857101 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3294  LysR-family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 248 aa  94.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.42203  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3299  LysR-family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 227 aa  93.6  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3373  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 227 aa  92.4  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.322322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3468  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 248 aa  92.4  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0530935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0618  LuxR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 215 aa  85.5  7e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2589  LuxR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 262 aa  69.7  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.658278  normal  0.222146 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3847  LuxR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 265 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126392  normal  0.51742 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17720  LuxR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 261 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000142633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35370  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  52.63 
 
 		 881 aa  62.8  0.000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.705533  normal  0.60935 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2254  LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 224 aa  62.8  0.000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000000750634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4558  LuxR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 266 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04030  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  42.5 
 
 		 223 aa  62.8  0.000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.253855  normal  0.0592312 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0062  LuxR family transcriptional regulator  25 
 
 		 275 aa  62  0.000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1071  two component LuxR family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 209 aa  61.6  0.00000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1542  putative transcriptional regulator  27.88 
 
 		 262 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.409159  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4255  LuxR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 227 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0102406 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4781  LuxR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 227 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0502492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4227  two component LuxR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 213 aa  60.1  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.624898 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  52 
 
 		 235 aa  59.7  0.00000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1390  two component LuxR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 225 aa  59.7  0.00000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1051  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.74 
 
 		 211 aa  59.3  0.00000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4514  LuxR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 263 aa  57.8  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0333975  normal  0.669249 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5014  two component LuxR family transcriptional regulator  55.77 
 
 		 209 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.103708  normal  0.29037 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7042  LuxR family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 237 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1549  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.79 
 
 		 238 aa  57.4  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.196807  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0759  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.74 
 
 		 221 aa  57.8  0.0000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.174089  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1738  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.55 
 
 		 219 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.949758 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3624  transcriptional regulator, LuxR family  41.54 
 
 		 927 aa  57.4  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5165  two component LuxR family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 231 aa  57.4  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.162111 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5018  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.55 
 
 		 209 aa  57.4  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3197  transcriptional regulator, LuxR family  45.9 
 
 		 876 aa  57  0.0000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1637  LuxR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 272 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00717804  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2829  transcriptional regulator, LuxR family  48.28 
 
 		 865 aa  57  0.0000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2046  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.55 
 
 		 219 aa  57.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1238  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  40.54 
 
 		 216 aa  57  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.147361  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3530  LuxR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 272 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.941293 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0228  LuxR family two component transcriptional regulator  50 
 
 		 206 aa  57  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1253  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  40.54 
 
 		 216 aa  57  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.705931 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2048  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  40.54 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0804096  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1208  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  40.54 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316434  normal  0.419874 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3378  LuxR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 249 aa  57  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.394495  normal  0.0844825 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4373  LuxR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 272 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.489834  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0160  two component LuxR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3993  LuxR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 272 aa  57  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3639  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.94 
 
 		 215 aa  56.6  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.274763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2231  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  40.54 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  normal  0.99411 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0925  response regulator receiver protein  44.26 
 
 		 119 aa  56.6  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.592282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2605  transcriptional regulator, LuxR family  40.54 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.196673  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1158  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  40.54 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.354651  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0508  response regulator receiver protein  50 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1228  LuxR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.118696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3567  ATP-dependent transcription regulator LuxR  49.09 
 
 		 251 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4606  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.77 
 
 		 207 aa  56.2  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.296562 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1419  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  40.54 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.132272 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2559  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  40.54 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.980478  normal  0.382247 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1159  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  40.54 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1221  LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 		 910 aa  56.2  0.0000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0156  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.55 
 
 		 230 aa  56.6  0.0000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.379873  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01037  DNA-binding transcriptional activator in two-component regulatory system  40.54 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01044  hypothetical protein  40.54 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2093  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  40.54 
 
 		 190 aa  56.2  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1556  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  40.54 
 
 		 216 aa  56.2  0.0000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417219  normal  0.369793 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3718  response regulator receiver protein  28.3 
 
 		 264 aa  55.8  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3591  two component LuxR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 240 aa  56.2  0.0000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.552533  hitchhiker  0.00313735 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4109  LuxR family GAF modulated transcriptional regulator  35 
 
 		 256 aa  55.8  0.0000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.721487  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  52 
 
 		 213 aa  55.8  0.0000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3154  transcriptional regulator, LuxR family  51.79 
 
 		 1089 aa  55.8  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.639432 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1355  two component LuxR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 230 aa  55.8  0.0000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0606  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4275  two component LuxR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 226 aa  55.8  0.0000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.798613  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03511  putative transcriptional regulator, LuxR family protein  38.03 
 
 		 103 aa  55.5  0.0000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0867403  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0994  response regulator receiver domain-containing protein  45.1 
 
 		 221 aa  55.5  0.0000007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.16925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5117  two component LuxR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 253 aa  55.5  0.0000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.180541 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1224  LuxR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 894 aa  55.5  0.0000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0596  two component LuxR family transcriptional regulator  52 
 
 		 228 aa  55.1  0.0000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6284  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.08 
 
 		 217 aa  54.7  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2193  transcriptional regulator, LuxR family  30.65 
 
 		 258 aa  54.7  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6179  transcriptional regulator, LuxR family  26.47 
 
 		 267 aa  55.1  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2644  response regulator receiver domain-containing protein  27.96 
 
 		 235 aa  54.7  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1210  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.9 
 
 		 198 aa  55.1  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.292938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 228 aa  55.1  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5143  transcriptional regulator, LuxR family  52.73 
 
 		 903 aa  55.1  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.497829  normal  0.980659 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>