More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3378 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3378  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 249 aa  498  1e-140  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.394495  normal  0.0844825 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1027  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 222 aa  68.9  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0618  LuxR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 215 aa  67  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3585  LuxR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 251 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.976883  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5501  LuxR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 242 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.926313 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4782  LuxR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 251 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.134366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3373  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 227 aa  65.1  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.322322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3366  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 227 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.857101 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3468  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 248 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0530935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3294  LysR-family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 248 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.42203  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3299  LysR-family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 227 aa  63.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11180  putative transcriptional regulator  40.54 
 
 		 222 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0312289  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3818  LuxR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 264 aa  58.9  0.00000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000221432 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3529  transcriptional regulator, LuxR family  50.91 
 
 		 324 aa  58.5  0.00000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0854004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0930  LuxR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 246 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.6214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1538  LuxR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 288 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4027  LuxR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 275 aa  57.4  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4005  response regulator receiver protein  46.77 
 
 		 263 aa  57.4  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1366  LuxR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 235 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0268  two component LuxR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 217 aa  56.6  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.289536  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2318  LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 151 aa  57  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1611  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.48 
 
 		 208 aa  57  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.548364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0942  LuxR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 235 aa  56.6  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.232709  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2465  LuxR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 273 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.54611  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0350  LuxR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 259 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0630  LuxR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 273 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0768185  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1199  LuxR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 235 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.791762  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4648  two component LuxR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 219 aa  56.2  0.0000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4689  LuxR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 243 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4323  two component LuxR family transcriptional regulator  52 
 
 		 246 aa  56.2  0.0000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.239635  normal  0.317944 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1273  LuxR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 273 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0925384  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5788  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.44 
 
 		 214 aa  55.8  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.785726 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2577  transcriptional regulator, LuxR family  38.37 
 
 		 372 aa  55.5  0.0000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0769027  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2594  transcriptional regulator, LuxR family  42.65 
 
 		 920 aa  55.1  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4600  ATPase-like protein  45 
 
 		 963 aa  55.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0703519 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4428  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 231 aa  54.7  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2656  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.65 
 
 		 226 aa  53.9  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.161573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2275  LuxR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 209 aa  53.9  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.314776  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5595  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.55 
 
 		 215 aa  53.9  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0642  putative response regulator  27.93 
 
 		 217 aa  54.3  0.000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6306  response regulator receiver protein  50.94 
 
 		 209 aa  53.9  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0259699  normal  0.0492304 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.66 
 
 		 227 aa  54.3  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2627  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.51 
 
 		 211 aa  53.9  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2610  transcriptional regulator, LuxR family  46.55 
 
 		 981 aa  54.3  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.701031  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1446  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.46 
 
 		 223 aa  53.9  0.000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4661  two component transcriptional regulator, LuxR family  55.32 
 
 		 220 aa  53.5  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4166  LuxR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 243 aa  53.5  0.000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1738  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.35 
 
 		 219 aa  53.1  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0459515  normal  0.949758 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4781  LuxR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 227 aa  53.1  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0502492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1669  two component LuxR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 221 aa  53.1  0.000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3591  two component LuxR family transcriptional regulator  50.98 
 
 		 240 aa  53.1  0.000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.552533  hitchhiker  0.00313735 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5743  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.09 
 
 		 212 aa  53.1  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2046  two component transcriptional regulator, LuxR family  48 
 
 		 219 aa  52.8  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1881  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.43 
 
 		 218 aa  52.8  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0160211  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1997  two component LuxR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 218 aa  52.8  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.68 
 
 		 235 aa  52.8  0.000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0405  two component LuxR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 218 aa  52.8  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.135899 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 228 aa  52.8  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1965  two component LuxR family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 217 aa  52.8  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1966  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.43 
 
 		 218 aa  52.8  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1032  LuxR family transcriptional regulator  53.7 
 
 		 201 aa  52.8  0.000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4255  LuxR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 227 aa  52.4  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0102406 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1495  two component transcriptional regulator, LuxR family  45 
 
 		 207 aa  52.8  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.194449  normal  0.395611 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3229  two component LuxR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 224 aa  52.4  0.000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3555  response regulator receiver protein  39.13 
 
 		 176 aa  52.4  0.000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0548987 
 
 
-
 
NC_003296  RS02135  putative transcription regulator protein  32.63 
 
 		 252 aa  52.4  0.000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1778  regulatory protein, LuxR  40.32 
 
 		 917 aa  52  0.000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3188  LuxR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 368 aa  52  0.000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0110301  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3447  LuxR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 175 aa  52  0.000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4323  two component LuxR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 215 aa  52  0.000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.115662  normal  0.727411 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0353  two component LuxR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 213 aa  51.6  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1229  transcriptional regulator NarL  49.06 
 
 		 219 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3305  LuxR family DNA-binding response regulator  40.68 
 
 		 206 aa  51.6  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0281  transcriptional regulator, LuxR family  38.32 
 
 		 947 aa  51.6  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0110  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.33 
 
 		 222 aa  51.2  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.4 
 
 		 213 aa  51.6  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1810  two component LuxR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 218 aa  51.2  0.00001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  52 
 
 		 208 aa  51.6  0.00001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6049  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.29 
 
 		 224 aa  51.6  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.764436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1389  two component transcriptional regulator, LuxR family  45 
 
 		 206 aa  51.6  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.744509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13730  transcriptional regulator NarL  49.06 
 
 		 219 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.817999 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3748  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.1 
 
 		 236 aa  52  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4662  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.44 
 
 		 221 aa  51.6  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.142047  hitchhiker  0.00679998 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2455  response regulator VSRC transcription regulator protein  46.15 
 
 		 221 aa  50.4  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2723  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.15 
 
 		 221 aa  50.4  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3596  transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 178 aa  51.2  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.445896  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2341  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.75 
 
 		 209 aa  50.8  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.193906 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1766  transcriptional regulator NarL  42.11 
 
 		 216 aa  50.4  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3804  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.62 
 
 		 216 aa  50.4  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.185264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2028  two component LuxR family transcriptional regulator  48 
 
 		 219 aa  50.4  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0423  two component LuxR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 213 aa  50.8  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.450903  hitchhiker  0.0058743 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2107  two component LuxR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 245 aa  51.2  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1602  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.86 
 
 		 226 aa  50.4  0.00002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1499  LuxR family two component transcriptional regulator  39.44 
 
 		 209 aa  50.8  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3273  LuxR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 185 aa  50.8  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4205  ATPase-like protein  50 
 
 		 963 aa  50.8  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.181289  hitchhiker  0.00519851 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3528  transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 178 aa  51.2  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.993919  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1037  transcriptional regulator, LuxR family  39.19 
 
 		 363 aa  50.8  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.760351 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1910  response regulator receiver protein  39.74 
 
 		 226 aa  50.8  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238062  normal  0.36963 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3490  LuxR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 950 aa  50.8  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.123756  normal  0.368778 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>