More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_0618 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_0618  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 215 aa  446  1.0000000000000001e-124  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3468  LysR family transcriptional regulator  59.62 
 
 		 248 aa  249  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0530935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3373  LysR family transcriptional regulator  59.62 
 
 		 227 aa  249  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.322322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3299  LysR-family transcriptional regulator  59.13 
 
 		 227 aa  249  2e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3294  LysR-family transcriptional regulator  58.57 
 
 		 248 aa  249  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.42203  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3366  LysR family transcriptional regulator  58.65 
 
 		 227 aa  247  8e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.857101 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11180  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 222 aa  111  8.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0312289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0350  LuxR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 259 aa  109  3e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1366  LuxR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 235 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2465  LuxR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 273 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.54611  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0630  LuxR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 273 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0768185  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0942  LuxR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 235 aa  109  4.0000000000000004e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.232709  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1199  LuxR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 235 aa  108  6e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.791762  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1273  LuxR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 273 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0925384  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1027  LuxR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 222 aa  107  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1538  LuxR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 288 aa  104  8e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3818  LuxR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 264 aa  100  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000221432 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5501  LuxR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 242 aa  97.4  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.926313 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3585  LuxR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 251 aa  97.4  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.976883  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4782  LuxR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 251 aa  97.4  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.134366  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0930  LuxR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 246 aa  92  6e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.6214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4166  LuxR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 243 aa  85.9  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4689  LuxR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 243 aa  85.5  6e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2605  transcriptional regulator, LuxR family  54.39 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.196673  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1159  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  54.39 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1238  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  54.39 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.147361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1158  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  54.39 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.354651  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0164  response regulator receiver protein  30.51 
 
 		 128 aa  59.3  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2231  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  54.39 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  normal  0.99411 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1419  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  54.39 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.132272 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2093  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  54.39 
 
 		 190 aa  59.3  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.661259 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2559  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  54.39 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.980478  normal  0.382247 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1253  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  54.39 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.705931 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2048  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  54.39 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0804096  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1208  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  54.39 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.316434  normal  0.419874 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01037  DNA-binding transcriptional activator in two-component regulatory system  54.39 
 
 		 216 aa  58.9  0.00000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01044  hypothetical protein  54.39 
 
 		 216 aa  58.9  0.00000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0145  LuxR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 454 aa  58.5  0.00000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3378  LuxR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 249 aa  58.5  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.394495  normal  0.0844825 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3486  hypothetical protein  46.97 
 
 		 206 aa  58.2  0.00000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2085  LuxR family ATP-dependent transcriptional regulator  44.19 
 
 		 913 aa  58.2  0.00000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.741908 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0322  DNA-binding response regulator  49.15 
 
 		 213 aa  58.2  0.0000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0474  response regulator receiver protein  46.77 
 
 		 471 aa  58.2  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.40168  normal  0.0487434 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2166  response regulator receiver protein  37.93 
 
 		 247 aa  57.8  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2317  LuxR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 201 aa  57.8  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000209491  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2569  transcriptional regulator, LuxR family  52 
 
 		 508 aa  57.4  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0324  transcriptional regulator, LuxR family  38.64 
 
 		 938 aa  57.4  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3658  regulatory protein, LuxR  38.1 
 
 		 914 aa  57  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5021  putative transcriptional regulator  39.08 
 
 		 855 aa  57.4  0.0000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00982675  normal  0.260255 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4528  response regulator receiver  46.03 
 
 		 213 aa  57  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3565  regulatory protein LuxR  29.67 
 
 		 376 aa  57.4  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1556  DNA-binding transcriptional regulator CsgD  51.72 
 
 		 216 aa  57.4  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.417219  normal  0.369793 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3718  response regulator receiver protein  23.83 
 
 		 264 aa  57  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0262  two component LuxR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 217 aa  56.6  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.153662  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2193  transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 258 aa  56.6  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0757  LuxR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 210 aa  56.6  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3606  LuxR transcriptional regulator  43.48 
 
 		 947 aa  56.2  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.156001  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0267  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 241 aa  56.2  0.0000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1224  LuxR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 894 aa  56.2  0.0000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3560  transcriptional regulator, LuxR family  49.06 
 
 		 893 aa  55.8  0.0000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1005  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.58 
 
 		 211 aa  55.5  0.0000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1611  two component LuxR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 215 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.650425  normal  0.234442 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3567  ATP-dependent transcription regulator LuxR  43.55 
 
 		 251 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3991  putative GAF sensor protein  48.33 
 
 		 301 aa  55.5  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.637785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5812  transcriptional regulator LuxR family  35.16 
 
 		 894 aa  55.5  0.0000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3704  LuxR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 220 aa  55.5  0.0000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0339608  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5781  transcriptional regulator, LuxR family  41.98 
 
 		 895 aa  55.1  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2587  LuxR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 280 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0358062  normal  0.430196 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1927  LuxR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 257 aa  55.1  0.0000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0644  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 221 aa  54.3  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0140532  unclonable  0.00000001613 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3893  transcriptional regulator, LuxR family  37.5 
 
 		 904 aa  54.3  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17930  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  48.33 
 
 		 258 aa  54.3  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.265474  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1291  transcriptional regulator, LuxR family  35.82 
 
 		 912 aa  54.3  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000111184 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3251  LuxR family transcriptional regulator  22.88 
 
 		 280 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.139103 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1228  LuxR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 204 aa  54.3  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.118696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3096  regulatory protein, LuxR  46.03 
 
 		 222 aa  54.3  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.735562  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1626  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 194 aa  54.3  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.947018 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00210  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  46.03 
 
 		 221 aa  54.3  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.133182 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0560  transcriptional regulator, LuxR family protein  47.62 
 
 		 222 aa  54.7  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0722  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.91 
 
 		 206 aa  53.5  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.511528  normal  0.608348 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2324  DNA-binding response regulator  40.23 
 
 		 217 aa  53.9  0.000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4031  ATP-dependent transcription regulator LuxR  44.23 
 
 		 896 aa  53.5  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.924331  normal  0.36139 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0863  transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 221 aa  53.5  0.000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2109  LuxR family DNA-binding response regulator  47.54 
 
 		 209 aa  53.5  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2048  response regulator  47.54 
 
 		 209 aa  53.5  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.102554  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2046  response regulator  47.54 
 
 		 209 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3443  transcriptional regulator, LuxR family  50.94 
 
 		 335 aa  53.5  0.000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00126305  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1970  transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 835 aa  53.9  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0000157383  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05152  protein-glutamate methylesterase  49.02 
 
 		 222 aa  53.5  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3531  LuxR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 257 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.272328  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2905  transcriptional regulator, LuxR family  48.48 
 
 		 335 aa  53.9  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2265  LuxR family DNA-binding response regulator  47.54 
 
 		 209 aa  53.5  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3799  LuxR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 952 aa  53.5  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00558742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2290  DNA-binding response regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 209 aa  53.5  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000736213 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2524  ATP-dependent transcription regulator LuxR  45.76 
 
 		 914 aa  53.5  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.9975  normal  0.793034 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0799  response regulator receiver protein  50.85 
 
 		 204 aa  54.3  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403434 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5410  LuxR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 952 aa  53.5  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1242  transcriptional regulator, LuxR family  37.5 
 
 		 81 aa  53.9  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0473699  normal  0.519491 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5515  response regulator receiver protein  45.45 
 
 		 879 aa  53.9  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0430285  normal  0.701277 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4896  response regulator receiver  39.74 
 
 		 215 aa  53.9  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.446448  normal  0.220667 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>