More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_5410 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_3799  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 952 aa  1818    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00558742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5410  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 952 aa  1818    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0324  transcriptional regulator, LuxR family  34.08 
 
 		 938 aa  284  6.000000000000001e-75  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4285  ATPase-like protein  29.4 
 
 		 1114 aa  124  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.660299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6475  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  26.08 
 
 		 1175 aa  115  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.928071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0744  ATPase-like protein  29.8 
 
 		 1054 aa  110  1e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0773  transcriptional regulator, LuxR family  28.28 
 
 		 967 aa  105  3e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4935  tetratricopeptide TPR_4  28.27 
 
 		 1029 aa  105  3e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.179334 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0848  transcriptional regulator, LuxR family  30.73 
 
 		 954 aa  104  8e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7885  ATPase-like protein  29.39 
 
 		 1121 aa  104  9e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.811946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7187  transcriptional regulator  28.82 
 
 		 1198 aa  96.7  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1600  ATPase-like protein  27.44 
 
 		 1071 aa  96.3  3e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0361  LuxR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 973 aa  96.3  3e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5349  transcriptional regulator, LuxR family  31.82 
 
 		 900 aa  95.1  5e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0835513  normal  0.0775284 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2863  transcriptional activator domain-containing protein  27.23 
 
 		 1132 aa  94  1e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2669  winged helix family transcriptional regulator ATPase  28.65 
 
 		 1123 aa  94  1e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.940937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6796  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 1118 aa  92  5e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5445  transcriptional regulator  34.91 
 
 		 1161 aa  91.7  6e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.202606 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2581  transcriptional activator domain-containing protein  25.52 
 
 		 1183 aa  91.3  7e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.808302  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2785  transcriptional regulator, LuxR family  29.5 
 
 		 1013 aa  90.1  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6794  transcriptional regulator  28.61 
 
 		 723 aa  90.1  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4327  transcriptional activator domain-containing protein  30.44 
 
 		 1029 aa  89.7  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.425746 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3549  transcriptional regulator, LuxR family  27.61 
 
 		 1022 aa  90.1  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.642921  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4382  regulatory protein, LuxR  28.37 
 
 		 1006 aa  88.6  6e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.172901  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7631  ATPase-like protein  29.1 
 
 		 1123 aa  88.2  7e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.289533  normal  0.197233 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3733  transcriptional regulator, LuxR family  29.24 
 
 		 1007 aa  85.5  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2513  regulatory protein, LuxR  31.36 
 
 		 964 aa  85.5  0.000000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0733559  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1757  transcriptional regulator, LuxR family  28.27 
 
 		 993 aa  84.7  0.000000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.790916  normal  0.333807 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5436  transcriptional regulator, LuxR family  28.6 
 
 		 959 aa  84.3  0.000000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00800009 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1470  SARP family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 1141 aa  84.3  0.000000000000009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3277  transcriptional regulator, LuxR family  31.09 
 
 		 970 aa  84.3  0.00000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.737282  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1416  SARP family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 1141 aa  84  0.00000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1434  SARP family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 1141 aa  84  0.00000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3318  serine/threonine protein kinase  28.42 
 
 		 1403 aa  84  0.00000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0363788 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4524  adenylate/guanylate cyclase  26.95 
 
 		 1105 aa  83.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8304  transcriptional regulator, LuxR family  30.15 
 
 		 1084 aa  81.3  0.00000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2931  ATPase-like protein  28.27 
 
 		 1051 aa  81.6  0.00000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.111498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4653  transcriptional regulator  26.59 
 
 		 1148 aa  79.3  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.346184  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1863  serine/threonine protein kinase  28.19 
 
 		 1422 aa  79  0.0000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.51472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0556  regulatory protein, LuxR  26.31 
 
 		 919 aa  77.8  0.0000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.108557 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6020  multi-sensor signal transduction multi-kinase  26.88 
 
 		 1666 aa  77.4  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0566  LuxR family transcriptional regulator  26.31 
 
 		 919 aa  76.6  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0578  regulatory protein, LuxR  26.31 
 
 		 919 aa  76.6  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.353611  normal  0.0294129 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2962  transcriptional activator domain protein  28.23 
 
 		 1013 aa  77  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000192637 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0338  transcriptional regulator  28.27 
 
 		 1193 aa  77  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.497277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4424  transcriptional activator domain-containing protein  29.08 
 
 		 1055 aa  77  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.518741  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0926  transcriptional regulator, LuxR family  27.83 
 
 		 999 aa  75.5  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0223661 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5181  adenylate/guanylate cyclase  23.39 
 
 		 1227 aa  75.1  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.454407  normal  0.397726 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6954  transcriptional regulator, LuxR family  31.25 
 
 		 1005 aa  74.3  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1246  transcriptional regulator  25.06 
 
 		 1020 aa  73.6  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.571861  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1815  transcriptional regulator  30.08 
 
 		 1141 aa  72.8  0.00000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0114746 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1683  sterile alpha motif-containing protein  27.23 
 
 		 1122 aa  72.4  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122095  normal  0.480972 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1960  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  27.27 
 
 		 1080 aa  72  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3683  transcriptional activator domain-containing protein  29.37 
 
 		 1034 aa  70.5  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00198659  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3066  serine/threonine protein kinase  29.44 
 
 		 1311 aa  71.2  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.454085  normal  0.0824446 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1786  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  25.67 
 
 		 1081 aa  70.5  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.145933 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0498  transcriptional regulator, putative ATPase, winged helix family  32 
 
 		 1150 aa  70.1  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.813194  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1272  transcriptional regulator, LuxR family  29.78 
 
 		 967 aa  68.9  0.0000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.47802  normal  0.275164 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0030  ATPase domain-containing protein  25.75 
 
 		 1739 aa  68.6  0.0000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1015  SARP family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 1216 aa  67.8  0.0000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3945  serine/threonine protein kinase  26.12 
 
 		 1402 aa  67.8  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0258209  decreased coverage  0.00379805 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1262  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  27.56 
 
 		 1055 aa  67.8  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6648  adenylate/guanylate cyclase  24.26 
 
 		 1048 aa  67  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.119419 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1636  TPR repeat transcriptional activator domain-containing protein  27.09 
 
 		 1126 aa  66.6  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0802  transcriptional regulator, LuxR family  59.26 
 
 		 755 aa  66.2  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.616223  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3003  protein kinase  60.71 
 
 		 792 aa  67  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1929  regulatory protein, LuxR  27.95 
 
 		 862 aa  67  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3612  adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase  26.31 
 
 		 1089 aa  66.6  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.758157  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5676  transcriptional regulator, LuxR family  33.7 
 
 		 953 aa  65.9  0.000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.228112  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2140  transcriptional regulator, SARP family  30.03 
 
 		 1153 aa  65.9  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.032223  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7064  adenylate/guanylate cyclase  24.4 
 
 		 1046 aa  65.9  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.48236  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5633  two component transcriptional regulator, LuxR family  55.36 
 
 		 203 aa  65.9  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.603295  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5916  transcriptional regulator, LuxR family  26.03 
 
 		 864 aa  65.1  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3762  serine/threonine protein kinase  26.79 
 
 		 1192 aa  65.1  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  unclonable  0.00167797  normal  0.557916 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2085  LuxR family ATP-dependent transcriptional regulator  50 
 
 		 913 aa  65.1  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.741908 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1495  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.56 
 
 		 207 aa  65.5  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.194449  normal  0.395611 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1389  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 206 aa  65.5  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.744509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2819  ATPase-like protein  57.14 
 
 		 776 aa  65.1  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.537271 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4896  ATPase-like protein  31.4 
 
 		 957 aa  65.1  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0338073  normal  0.537271 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0761  LuxR family transcriptional regulator  24.44 
 
 		 881 aa  65.1  0.000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2880  transcriptional regulator, LuxR family  32.48 
 
 		 905 aa  64.7  0.000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0349194  hitchhiker  0.00245203 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1406  transcriptional activator domain-containing protein  26.43 
 
 		 1067 aa  64.7  0.000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0992  LuxR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 814 aa  64.3  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0191  LuxR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 775 aa  63.9  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.563436 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4616  PAS sensor protein  25.71 
 
 		 1836 aa  64.3  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1181  ATPase, putative adenylate/guanylate cyclase activity  24 
 
 		 1134 aa  63.2  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2548  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.46 
 
 		 218 aa  63.5  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2613  two component LuxR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 207 aa  63.9  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4365  serine/threonine protein kinase  26.48 
 
 		 1398 aa  63.2  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161943  normal  0.271622 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000467  predicted ATPase  21.67 
 
 		 1057 aa  63.2  0.00000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.101132  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1234  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  23.85 
 
 		 1663 aa  63.2  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.745042  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2154  transcriptional activator domain protein  25.68 
 
 		 1139 aa  62.8  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0522112 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1682  putative adenylate/guanylate cyclase  27.13 
 
 		 1071 aa  62.4  0.00000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.114173 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4323  two component LuxR family transcriptional regulator  55 
 
 		 215 aa  62.4  0.00000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.115662  normal  0.727411 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3893  transcriptional regulator, LuxR family  51.79 
 
 		 904 aa  62.4  0.00000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1228  LuxR family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 204 aa  62.4  0.00000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.118696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2193  transcriptional regulator, LuxR family  49.06 
 
 		 258 aa  62  0.00000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1020  adenylate/guanylate cyclase with TPR repeats  27.54 
 
 		 1441 aa  62  0.00000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0799  response regulator receiver protein  51.79 
 
 		 204 aa  62  0.00000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403434 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5023  transcriptional regulator, LuxR family  27.31 
 
 		 982 aa  62  0.00000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>