More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2166 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2166  response regulator receiver protein  100 
 
 		 247 aa  504  9.999999999999999e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4769  transcriptional regulator, LuxR family  71.71 
 
 		 284 aa  362  3e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.141742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3042  LuxR family transcriptional regulator  44.92 
 
 		 257 aa  195  7e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.494353  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3769  regulatory protein, LuxR  44.92 
 
 		 257 aa  195  7e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.997171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4854  response regulator receiver protein  41.1 
 
 		 262 aa  186  4e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5001  transcriptional regulator, LuxR family  39.06 
 
 		 271 aa  154  9e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1191  LuxR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 275 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1180  LuxR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 267 aa  142  6e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0320  response regulator receiver protein  34.4 
 
 		 275 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319961 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3525  response regulator receiver protein  32.63 
 
 		 274 aa  135  5e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.243537  normal  0.113939 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2049  response regulator receiver protein  33.08 
 
 		 265 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3842  putative transcriptional regulator  38.46 
 
 		 268 aa  132  5e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45250  putative transcriptional regulator  37.34 
 
 		 268 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3582  response regulator receiver protein  34.87 
 
 		 263 aa  130  3e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3824  LuxR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 267 aa  128  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00247699  normal  0.327982 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2873  LuxR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 282 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4514  LuxR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 263 aa  118  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0333975  normal  0.669249 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4046  LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 		 266 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4320  LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 		 266 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2813  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2587  LuxR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0358062  normal  0.430196 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3251  LuxR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.139103 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1686  LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 		 266 aa  115  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3129  LuxR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 303 aa  115  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2047  LuxR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 301 aa  115  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.909025  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3717  LuxR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 299 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.314676 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4290  LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 		 266 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.397968 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3201  LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 		 266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2190  LuxR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 298 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0612  LuxR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 252 aa  113  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0062  LuxR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 275 aa  112  4.0000000000000004e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0590  LuxR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822458  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2324  LuxR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 257 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0878  LuxR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 257 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1105  LuxR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1019  LuxR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1845  LuxR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 257 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.301448  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17720  LuxR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 261 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000142633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2590  LuxR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 263 aa  108  6e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.572263  normal  0.168073 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1542  putative transcriptional regulator  34.32 
 
 		 262 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.409159  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4209  LuxR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 266 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.602642  normal  0.235438 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3735  LuxR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 266 aa  106  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0160  response regulator receiver protein  32.49 
 
 		 279 aa  103  3e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4558  LuxR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 266 aa  103  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3847  LuxR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 265 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126392  normal  0.51742 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2608  LuxR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 269 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.237341  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2589  LuxR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 262 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.658278  normal  0.222146 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30580  LuxR family transcriptional regulator  33 
 
 		 268 aa  99  7e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6179  transcriptional regulator, LuxR family  30.04 
 
 		 267 aa  98.6  9e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0389  LuxR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 274 aa  97.8  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0016  LuxR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 267 aa  96.7  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63520  putative transcriptional regulator  32.99 
 
 		 227 aa  96.3  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.498884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1652  LuxR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 257 aa  93.2  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1637  LuxR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 272 aa  92.4  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00717804  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4373  LuxR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 272 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.489834  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3993  LuxR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 272 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000650  transcriptional regulator LuxR family  26.27 
 
 		 292 aa  91.3  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3530  LuxR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 272 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.941293 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3531  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 257 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.272328  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06519  hypothetical protein  24.07 
 
 		 273 aa  87.4  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3175  response regulator receiver protein  27.84 
 
 		 250 aa  87  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000721008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4190  LuxR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 272 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3411  LuxR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 290 aa  72  0.000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0444105 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3718  response regulator receiver protein  30.65 
 
 		 264 aa  70.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2728  LuxR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 272 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.108423  normal  0.0203812 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1366  LuxR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 235 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4239  regulatory protein, LuxR  29.18 
 
 		 312 aa  64.7  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.117477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0942  LuxR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 235 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.232709  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0888  LuxR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 204 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.227634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2465  LuxR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 273 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.54611  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0350  LuxR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 259 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0630  LuxR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 273 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0768185  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0876  LuxR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 269 aa  62.8  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.118506  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1199  LuxR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 235 aa  62.4  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.791762  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1273  LuxR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 273 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0925384  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1538  LuxR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 288 aa  62  0.000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4124  LuxR family transcriptional regulator  22.82 
 
 		 269 aa  60.5  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000894771  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2193  transcriptional regulator, LuxR family  30 
 
 		 258 aa  59.7  0.00000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0766  response regulator receiver protein  44.62 
 
 		 364 aa  59.7  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243196  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2114  transcriptional regulator, LuxR family  34.48 
 
 		 191 aa  59.7  0.00000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000451621  normal  0.459179 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2523  regulatory protein, LuxR  40.26 
 
 		 879 aa  58.5  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1220  LuxR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 272 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.581514 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0618  LuxR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 215 aa  57.8  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0264  two component LuxR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 221 aa  57  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5386  transcriptional regulator, LuxR family  28.93 
 
 		 272 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.953712  normal  0.0884729 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4554  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.5 
 
 		 245 aa  55.1  0.0000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.376132  normal  0.833141 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1757  transcriptional regulator, LuxR family  39.64 
 
 		 993 aa  54.7  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.790916  normal  0.333807 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1291  transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 300 aa  54.3  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.979242  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3199  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.78 
 
 		 262 aa  53.9  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5542  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.3 
 
 		 212 aa  53.9  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.448293 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2812  transcriptional regulator, LuxR family  46.3 
 
 		 522 aa  53.9  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000674561  hitchhiker  0.0000653029 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0474  response regulator receiver protein  41.38 
 
 		 471 aa  53.5  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.40168  normal  0.0487434 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12510  LuxR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 1137 aa  53.1  0.000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000380393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2108  two component LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 218 aa  53.1  0.000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41810  putative transcriptional regulator  41.54 
 
 		 901 aa  52.4  0.000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3818  LuxR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 264 aa  52  0.000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000221432 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0145  LuxR family transcriptional regulator  46 
 
 		 454 aa  52  0.000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3548  transcriptional regulator  41.54 
 
 		 924 aa  52  0.000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2569  transcriptional regulator, LuxR family  44 
 
 		 508 aa  51.6  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0971  transcriptional regulator, LuxR family  39.44 
 
 		 313 aa  51.2  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.16732  hitchhiker  0.00115778 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2837  response regulator receiver protein  39.66 
 
 		 262 aa  52  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00000311945  normal  0.812847 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>