183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3411 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3411  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 290 aa  600  1.0000000000000001e-171  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0444105 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6270  LuxR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 262 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0800  LuxR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4124  LuxR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 269 aa  98.6  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000894771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2728  LuxR family transcriptional regulator  25 
 
 		 272 aa  95.1  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.108423  normal  0.0203812 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0888  LuxR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 204 aa  92.8  6e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.227634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0876  LuxR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 269 aa  92.4  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.118506  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4862  response regulator receiver protein  29.11 
 
 		 250 aa  87.8  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3251  LuxR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 280 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.139103 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1220  LuxR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 272 aa  85.5  8e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.581514 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4190  LuxR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 272 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5386  transcriptional regulator, LuxR family  26.58 
 
 		 272 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.953712  normal  0.0884729 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2587  LuxR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 280 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0358062  normal  0.430196 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3129  LuxR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 303 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3717  LuxR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.314676 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2190  LuxR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2873  LuxR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 282 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4239  regulatory protein, LuxR  26.51 
 
 		 312 aa  79.7  0.00000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.117477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2047  LuxR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.909025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3718  response regulator receiver protein  26.38 
 
 		 264 aa  77  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2821  LuxR family transcriptional regulator  21.54 
 
 		 295 aa  77.4  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.842744  normal  0.196867 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3042  LuxR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 257 aa  75.9  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.494353  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3769  regulatory protein, LuxR  31.76 
 
 		 257 aa  75.9  0.0000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.997171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5001  transcriptional regulator, LuxR family  26.69 
 
 		 271 aa  73.2  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2590  LuxR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 263 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.572263  normal  0.168073 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4009  LuxR family transcriptional regulator  23.01 
 
 		 288 aa  72.4  0.000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.676622 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3175  response regulator receiver protein  29.34 
 
 		 250 aa  72  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000721008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2166  response regulator receiver protein  27.87 
 
 		 247 aa  72  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0320  response regulator receiver protein  25.09 
 
 		 275 aa  70.5  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319961 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3531  LuxR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 257 aa  69.7  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.272328  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4558  LuxR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 266 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1686  LuxR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 266 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10980  hypothetical protein  23.62 
 
 		 284 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.741598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45250  putative transcriptional regulator  27.63 
 
 		 268 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6064  LuxR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 277 aa  67  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1180  LuxR family transcriptional regulator  23.26 
 
 		 267 aa  66.6  0.0000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3842  putative transcriptional regulator  28.02 
 
 		 268 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4290  LuxR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 266 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.397968 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3201  LuxR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 266 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3525  response regulator receiver protein  24.39 
 
 		 274 aa  65.1  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.243537  normal  0.113939 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7684  LuxR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 277 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.986809  normal  0.332592 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4046  LuxR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 266 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4320  LuxR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 266 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4854  response regulator receiver protein  27.64 
 
 		 262 aa  63.5  0.000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3582  response regulator receiver protein  29 
 
 		 263 aa  63.5  0.000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6308  transcriptional regulator, LuxR family  28.87 
 
 		 268 aa  63.2  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.220056  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1191  LuxR family transcriptional regulator  20.99 
 
 		 275 aa  62.4  0.000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4769  transcriptional regulator, LuxR family  28.19 
 
 		 284 aa  61.6  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.141742  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0590  LuxR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 266 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822458  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2324  LuxR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 257 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000650  transcriptional regulator LuxR family  22.91 
 
 		 292 aa  62  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6179  transcriptional regulator, LuxR family  25.6 
 
 		 267 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4209  LuxR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 266 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.602642  normal  0.235438 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3735  LuxR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 266 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0878  LuxR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 257 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1105  LuxR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 266 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1019  LuxR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 266 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1845  LuxR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 257 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.301448  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4514  LuxR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 263 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0333975  normal  0.669249 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4633  response regulator receiver protein  24.26 
 
 		 273 aa  60.5  0.00000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2589  LuxR family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 262 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.658278  normal  0.222146 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3847  LuxR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 265 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126392  normal  0.51742 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1652  LuxR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 257 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1446  response regulator receiver protein  22.26 
 
 		 284 aa  57  0.0000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.292382 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0612  LuxR family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 252 aa  56.6  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1538  LuxR family transcriptional regulator  21.7 
 
 		 288 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3576  two component LuxR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 228 aa  55.8  0.0000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63520  putative transcriptional regulator  24.21 
 
 		 227 aa  55.8  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.498884  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0350  LuxR family transcriptional regulator  21.08 
 
 		 259 aa  55.8  0.0000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2246  regulatory protein, LuxR  36.63 
 
 		 899 aa  55.8  0.0000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1366  LuxR family transcriptional regulator  21.1 
 
 		 235 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4782  transcriptional regulator, LuxR family  21.9 
 
 		 259 aa  55.8  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.122497  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2465  LuxR family transcriptional regulator  21.1 
 
 		 273 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.54611  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17720  LuxR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 261 aa  55.8  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000142633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0630  LuxR family transcriptional regulator  21.1 
 
 		 273 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0768185  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0942  LuxR family transcriptional regulator  21.1 
 
 		 235 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.232709  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0016  LuxR family transcriptional regulator  22.4 
 
 		 267 aa  55.8  0.0000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0160  response regulator receiver protein  24.23 
 
 		 279 aa  55.5  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06519  hypothetical protein  21.4 
 
 		 273 aa  55.1  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1542  putative transcriptional regulator  25.93 
 
 		 262 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.409159  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2049  response regulator receiver protein  24.51 
 
 		 265 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2786  LuxR family transcriptional regulator  22.14 
 
 		 294 aa  54.3  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2087  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 217 aa  53.9  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.332036 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1273  LuxR family transcriptional regulator  20.68 
 
 		 273 aa  53.9  0.000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0925384  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1199  LuxR family transcriptional regulator  20.68 
 
 		 235 aa  53.9  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.791762  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5172  LuxR family transcriptional regulator  20.69 
 
 		 278 aa  52.8  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.245144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3585  LuxR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 251 aa  52.8  0.000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.976883  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4782  LuxR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 251 aa  52.8  0.000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.134366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5501  LuxR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 242 aa  52.8  0.000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.926313 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0930  LuxR family transcriptional regulator  23.5 
 
 		 246 aa  52  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.6214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2608  LuxR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 269 aa  52  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.237341  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3824  LuxR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 267 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00247699  normal  0.327982 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0618  LuxR family transcriptional regulator  23.32 
 
 		 215 aa  51.6  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5198  LuxR family transcriptional regulator  20.63 
 
 		 301 aa  51.2  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4961  two component LuxR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 214 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.373586  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30580  LuxR family transcriptional regulator  21.37 
 
 		 268 aa  51.6  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3199  two component LuxR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 214 aa  51.2  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.529866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3335  LuxR family transcriptional regulator  20.24 
 
 		 277 aa  50.8  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4122  LuxR family transcriptional regulator  21.76 
 
 		 294 aa  50.4  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.161266 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3394  LuxR family transcriptional regulator  21.76 
 
 		 294 aa  50.4  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>