262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4782 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4782  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 259 aa  514  1.0000000000000001e-145  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.122497  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4633  response regulator receiver protein  44.4 
 
 		 273 aa  199  3e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0876  LuxR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 269 aa  112  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.118506  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4124  LuxR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 269 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000894771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4190  LuxR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 272 aa  108  6e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1220  LuxR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 272 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.581514 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5386  transcriptional regulator, LuxR family  31.82 
 
 		 272 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.953712  normal  0.0884729 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2728  LuxR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 272 aa  93.6  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.108423  normal  0.0203812 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0888  LuxR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 204 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.227634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4009  LuxR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 288 aa  82.8  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.676622 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0800  LuxR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 296 aa  70.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2821  LuxR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 295 aa  64.7  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.842744  normal  0.196867 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10980  hypothetical protein  31.33 
 
 		 284 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.741598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4122  LuxR family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 294 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.161266 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3394  LuxR family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 294 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4773  LuxR family transcriptional regulator  23.9 
 
 		 270 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3411  LuxR family transcriptional regulator  21.9 
 
 		 290 aa  55.8  0.0000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0444105 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6308  transcriptional regulator, LuxR family  27.99 
 
 		 268 aa  55.5  0.0000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.220056  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3042  LuxR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 257 aa  55.5  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.494353  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3769  regulatory protein, LuxR  25.29 
 
 		 257 aa  55.5  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.997171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5198  LuxR family transcriptional regulator  22.62 
 
 		 301 aa  54.7  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2786  LuxR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 294 aa  53.9  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7524  LuxR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 285 aa  53.5  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6270  LuxR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 262 aa  53.1  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3847  LuxR family transcriptional regulator  22.63 
 
 		 265 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126392  normal  0.51742 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63520  putative transcriptional regulator  29.5 
 
 		 227 aa  53.1  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.498884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1191  LuxR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 275 aa  52.8  0.000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2781  LuxR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 276 aa  51.2  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5172  LuxR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 278 aa  51.6  0.00001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.245144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3335  LuxR family transcriptional regulator  23.62 
 
 		 277 aa  51.6  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4606  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.96 
 
 		 207 aa  50.8  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.296562 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1465  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.65 
 
 		 247 aa  50.8  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2166  response regulator receiver protein  27.03 
 
 		 247 aa  50.8  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3108  LuxR response regulator receiver  33.78 
 
 		 202 aa  50.4  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.786061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2327  regulatory protein, LuxR  41.67 
 
 		 210 aa  50.4  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3104  LuxR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 163 aa  50.1  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.218126  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1517  transcriptional regulator, LuxR family protein  42.55 
 
 		 210 aa  50.4  0.00003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.776537  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1880  LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 210 aa  50.1  0.00004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2759  response regulator receiver protein  41.67 
 
 		 211 aa  49.7  0.00005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.550861  normal  0.145492 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5743  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.01 
 
 		 212 aa  49.7  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0907  two component LuxR family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 202 aa  49.3  0.00006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.285724  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1499  LuxR family two component transcriptional regulator  33.01 
 
 		 209 aa  49.3  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2567  response regulator receiver protein  42.22 
 
 		 202 aa  49.3  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.94208 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1726  LuxR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 208 aa  48.9  0.00008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.474249  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2725  LuxR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 211 aa  48.9  0.00009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2316  LuxR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 211 aa  48.5  0.00009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0642505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2386  LuxR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 211 aa  48.5  0.00009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2509  LuxR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 211 aa  48.5  0.00009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.592216  hitchhiker  0.00000482381 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2047  LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 301 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.909025  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2881  response regulator receiver  36.36 
 
 		 220 aa  48.1  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00126066  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1832  LuxR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 211 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0245  response regulator receiver protein  34.38 
 
 		 202 aa  48.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2490  transcriptional regulator, LuxR family  40.43 
 
 		 211 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.230305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1788  response regulator receiver protein  40.43 
 
 		 211 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2332  response regulator receiver protein  40.43 
 
 		 211 aa  48.5  0.0001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1878  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.4 
 
 		 208 aa  48.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3551  transcriptional regulator, LuxR family  41.67 
 
 		 893 aa  48.1  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11180  putative transcriptional regulator  40.79 
 
 		 222 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0312289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1796  response regulator receiver protein  40.43 
 
 		 211 aa  48.1  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0986  LuxR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 217 aa  47.8  0.0002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1817  LuxR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 211 aa  47.4  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.596206  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0530  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 211 aa  48.1  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1168  LuxR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 216 aa  48.1  0.0002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4053  response regulator FixJ  38.57 
 
 		 205 aa  47.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2117  response regulator FixJ  35.58 
 
 		 205 aa  47.4  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0828  response regulator  36.84 
 
 		 216 aa  47.8  0.0002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0183204  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1027  LuxR family transcriptional regulator  24.45 
 
 		 222 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0732  response regulator receiver protein  32.04 
 
 		 215 aa  47.8  0.0002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.298469  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4769  transcriptional regulator, LuxR family  25.47 
 
 		 284 aa  47.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.141742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1093  response regulator  36.84 
 
 		 217 aa  47.8  0.0002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.120555  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1446  response regulator receiver protein  42.55 
 
 		 210 aa  47.8  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0398792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3850  two component LuxR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 209 aa  47.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0514  LuxR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 206 aa  47  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.520301 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0062  LuxR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 275 aa  47.4  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0209  two component LuxR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 225 aa  47  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.641351 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0228  LuxR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 238 aa  46.6  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.59 
 
 		 235 aa  46.6  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1285  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.29 
 
 		 209 aa  46.6  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0996283  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2578  regulatory protein, LuxR  29.6 
 
 		 226 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.242735 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0869  response regulator  26.19 
 
 		 321 aa  46.2  0.0005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1607  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.12 
 
 		 236 aa  46.2  0.0005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3498  transcriptional regulator, LuxR family  40.74 
 
 		 73 aa  46.2  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1621  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.01 
 
 		 211 aa  46.2  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.171805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6284  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.61 
 
 		 217 aa  46.2  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0704  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.07 
 
 		 214 aa  46.2  0.0005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.753304  normal  0.399327 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3796  two component LuxR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 209 aa  45.8  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1496  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 197 aa  45.8  0.0007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3186  two component LuxR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 214 aa  45.8  0.0007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.10411 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2788  response regulator FixJ  35.62 
 
 		 205 aa  45.4  0.0008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0210669  normal  0.0766422 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4282  two component LuxR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 217 aa  45.4  0.0008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3041  two component LuxR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 203 aa  45.4  0.0008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0597  transcriptional regulator, LuxR family  42.31 
 
 		 493 aa  45.4  0.0008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.882562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2884  two component LuxR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 229 aa  45.8  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.538425 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4727  response regulator FixJ  33.96 
 
 		 203 aa  45.8  0.0008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0998  response regulator  37.66 
 
 		 214 aa  45.4  0.0009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06630  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  34.18 
 
 		 215 aa  45.4  0.0009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.252447  normal  0.303532 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5445  two component LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 212 aa  44.7  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0026  two component LuxR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 214 aa  44.7  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1051  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.66 
 
 		 211 aa  44.7  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2049  two component LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 212 aa  44.7  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.435361  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>