More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0869 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0869  response regulator  100 
 
 
321 aa  669    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1916  LuxR family transcriptional regulator  26.56 
 
 
381 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.309306  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1345  putative transcriptional regulator  27.78 
 
 
325 aa  102  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5229  LuxR family transcriptional regulator  26.06 
 
 
381 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1951  LuxR family transcriptional regulator  25.73 
 
 
381 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0248785  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6151  LuxR family transcriptional regulator  25.41 
 
 
381 aa  99.4  7e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1928  LuxR family transcriptional regulator  25.41 
 
 
381 aa  99.4  7e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.3427  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15290  putative transcriptional regulator  26.4 
 
 
325 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0074929  hitchhiker  0.0000000000000265262 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1819  LuxR family transcriptional regulator  31.55 
 
 
339 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.381464 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1344  LuxR family transcriptional regulator  25.08 
 
 
381 aa  94.7  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.459414  normal  0.0284977 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4266  regulatory protein, LuxR  27.8 
 
 
330 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2488  LuxR family transcriptional regulator  24.12 
 
 
382 aa  89.7  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2372  LuxR family transcriptional regulator  24.12 
 
 
381 aa  90.1  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3340  LuxR family transcriptional regulator  24.12 
 
 
381 aa  89.4  7e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0323949  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1239  LuxR family transcriptional regulator  24.12 
 
 
381 aa  89.4  7e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1472  LuxR family transcriptional regulator  24.12 
 
 
382 aa  89.4  8e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.659307  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2114  LuxR family transcriptional regulator  23.47 
 
 
435 aa  89.4  8e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2331  LuxR family transcriptional regulator  24.12 
 
 
381 aa  89  9e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.506748  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1965  LuxR family transcriptional regulator  24.12 
 
 
465 aa  87.8  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.701067  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1549  LuxR family transcriptional regulator  25.45 
 
 
367 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.730444  normal  0.517994 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0159  LuxR family transcriptional regulator  23.86 
 
 
381 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00655678 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2336  LuxR family transcriptional regulator  25.89 
 
 
322 aa  72.8  0.000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.671494 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5017  transcriptional regulator, LuxR family  25.93 
 
 
326 aa  72.4  0.000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.177387  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0636  LuxR family transcriptional regulator  41.54 
 
 
496 aa  59.7  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.223361  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06950  LuxR family transcriptional regulator  41.54 
 
 
496 aa  59.7  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.490761  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0210  transcriptional regulator, LuxR family  39.39 
 
 
500 aa  58.5  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.252259  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3423  sensor protein  46.43 
 
 
496 aa  58.9  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3813  PAS sensor protein  39.39 
 
 
500 aa  58.5  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3585  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 
251 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.976883  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4782  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 
251 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.134366  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5501  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 
242 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.926313 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2443  LuxR family transcriptional regulator  44.64 
 
 
497 aa  56.2  0.0000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.218456  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1229  two component LuxR family transcriptional regulator  46.55 
 
 
502 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2680  LuxR family transcriptional regulator  45.76 
 
 
514 aa  55.5  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4050  LuxR family transcriptional regulator  45.76 
 
 
510 aa  55.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3414  LuxR family transcriptional regulator  45.76 
 
 
514 aa  55.5  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5154  LuxR family transcriptional regulator  45.76 
 
 
510 aa  55.5  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.767005 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6046  two component LuxR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
502 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6248  two component LuxR family transcriptional regulator  42.19 
 
 
633 aa  55.5  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.713882 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5247  LuxR family transcriptional regulator  45.76 
 
 
514 aa  55.5  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.603722  normal  0.35683 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3471  LuxR family transcriptional regulator  45.76 
 
 
510 aa  55.5  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6284  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.07 
 
 
217 aa  55.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0930  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 
246 aa  54.3  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.6214  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5220  transcriptional regulator, LuxR family  45.28 
 
 
960 aa  54.3  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3603  transcriptional regulator, LuxR family  46.43 
 
 
364 aa  53.9  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1874  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.68 
 
 
213 aa  53.5  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.635222  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5384  two component response regulator  37.5 
 
 
216 aa  53.5  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1162  two component LuxR family transcriptional regulator  31.68 
 
 
225 aa  53.5  0.000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.130665  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4229  transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 
923 aa  53.5  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.099423 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4689  LuxR family transcriptional regulator  48.15 
 
 
243 aa  53.5  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  45.45 
 
 
228 aa  53.5  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2158  LuxR family transcriptional regulator  44.64 
 
 
491 aa  53.5  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4166  LuxR family transcriptional regulator  48.15 
 
 
243 aa  53.5  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5142  transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 
953 aa  53.5  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0968  transcriptional regulator, LuxR family  43.33 
 
 
938 aa  53.5  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3419  transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 
909 aa  53.1  0.000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00522021 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01320  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  41.54 
 
 
261 aa  53.1  0.000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5418  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.71 
 
 
774 aa  52.8  0.000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3818  LuxR family transcriptional regulator  43.06 
 
 
264 aa  52.8  0.000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000221432 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2674  two component transcriptional regulator  35.82 
 
 
228 aa  52.8  0.000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00219271  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1834  two component LuxR family transcriptional regulator  35.44 
 
 
228 aa  52.8  0.000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.567429  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5649  LuxR family transcriptional regulator  49.06 
 
 
486 aa  52.8  0.000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.090782  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4460  LuxR family transcriptional regulator  49.06 
 
 
486 aa  52.8  0.000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.478893 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3601  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.37 
 
 
222 aa  52.4  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.324048  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3197  transcriptional regulator, LuxR family  41.79 
 
 
876 aa  52  0.00001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2409  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.92 
 
 
221 aa  52  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000000055116  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7160  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.23 
 
 
224 aa  52  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1221  LuxR family transcriptional regulator  48.08 
 
 
910 aa  52.4  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1222  LuxR family transcriptional regulator  47.46 
 
 
926 aa  52  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4682  transcriptional regulator, LuxR family  35.48 
 
 
940 aa  52.4  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1132  DNA-binding response regulator, LuxR family  31.68 
 
 
225 aa  52.4  0.00001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.893152  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2842  transcriptional regulator, LuxR family  40.98 
 
 
492 aa  52  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5800  ATPase-like protein  44.62 
 
 
919 aa  52.4  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.168685 
 
 
-
 
NC_002936  DET1350  LuxR family DNA-binding response regulator  39.68 
 
 
225 aa  51.6  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00111586  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0962  response regulator receiver protein  34.48 
 
 
304 aa  51.6  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512477  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1565  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 
214 aa  51.6  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0975  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.62 
 
 
508 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03493  hypothetical protein  45.76 
 
 
213 aa  51.6  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1057  transcriptional regulator, LuxR family  38.89 
 
 
486 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.113368 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3105  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.47 
 
 
223 aa  51.2  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3560  transcriptional regulator, LuxR family  50.91 
 
 
893 aa  51.6  0.00002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1441  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 
308 aa  50.8  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2876  response regulator receiver  36.78 
 
 
284 aa  50.8  0.00003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0897  DNA-binding response regulator, LuxR family  46.3 
 
 
207 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2822  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.83 
 
 
228 aa  50.8  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0415698  normal  0.590713 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0976  transcriptional regulator, LuxR family  43.64 
 
 
501 aa  50.8  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.018057 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1250  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 
309 aa  50.8  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.886948  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3366  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 
227 aa  50.8  0.00003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.857101 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0652  two component LuxR family transcriptional regulator  43.86 
 
 
305 aa  51.2  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0800453  normal  0.813173 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3866  response regulator receiver  50 
 
 
309 aa  50.8  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.370865  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0947  LuxR family transcriptional regulator  47.27 
 
 
799 aa  50.8  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1224  LuxR family transcriptional regulator  45.16 
 
 
894 aa  50.8  0.00003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2276  transcriptional regulator, LuxR family  43.1 
 
 
928 aa  50.8  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.169085  normal  0.573117 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3999  transcriptional regulator, LuxR family  39.29 
 
 
260 aa  50.8  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000000117104  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1030  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.89 
 
 
212 aa  50.4  0.00004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2089  transcriptional regulator, LuxR family  41.94 
 
 
959 aa  50.4  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.840433 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4328  transcriptional regulator, LuxR family  38.95 
 
 
260 aa  50.4  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00000000127099  normal  0.0225245 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1351  response regulator receiver protein  45.45 
 
 
189 aa  50.4  0.00004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.631825  normal  0.574707 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.61 
 
 
227 aa  50.4  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0942  LuxR family transcriptional regulator  49.06 
 
 
235 aa  50.4  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.232709  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>