More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0228 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0228  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 238 aa  499  1e-140  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7042  LuxR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 237 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11180  putative transcriptional regulator  26.4 
 
 		 222 aa  68.6  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0312289  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1027  LuxR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 222 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2158  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 491 aa  55.8  0.0000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3299  LysR-family transcriptional regulator  23.3 
 
 		 227 aa  55.8  0.0000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.212015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0976  transcriptional regulator, LuxR family  41.18 
 
 		 501 aa  55.5  0.0000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.018057 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3366  LysR family transcriptional regulator  23.3 
 
 		 227 aa  55.5  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.857101 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3423  sensor protein  40.32 
 
 		 496 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3468  LysR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 248 aa  54.7  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0530935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3373  LysR family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 227 aa  55.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.322322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0229  putative metal dependent phosphohydrolase  29.07 
 
 		 474 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0766  response regulator receiver protein  41.82 
 
 		 364 aa  54.3  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3294  LysR-family transcriptional regulator  22.73 
 
 		 248 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.42203  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0653  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 206 aa  53.9  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.203226 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5287  transcriptional regulator, LuxR family  33.64 
 
 		 206 aa  53.1  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2699  two component LuxR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 216 aa  53.5  0.000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.144323 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2443  LuxR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 497 aa  52.8  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.218456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26890  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  46.15 
 
 		 515 aa  53.1  0.000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3373  putative transcription regulator protein  25.61 
 
 		 336 aa  52  0.000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3199  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.62 
 
 		 262 aa  51.6  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4327  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.11 
 
 		 1021 aa  51.2  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06950  LuxR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 496 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.490761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3129  transcriptional regulator MalT  30.77 
 
 		 914 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0535917  decreased coverage  0.00386402 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5955  two component LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 215 aa  51.6  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.132796 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0636  LuxR family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 496 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.223361  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2357  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.35 
 
 		 234 aa  50.4  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0618  LuxR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 215 aa  50.8  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2795  transcriptional regulator, LuxR family  40.74 
 
 		 468 aa  50.8  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000289432 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2409  LuxR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 272 aa  50.8  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0882  LuxR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 253 aa  50.8  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02120  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with NarQ or NarX  37.68 
 
 		 215 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02079  hypothetical protein  37.68 
 
 		 215 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0748  transcriptional regulator NarP  37.68 
 
 		 215 aa  50.1  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.251733  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1468  transcriptional regulator, LuxR family protein  42.31 
 
 		 356 aa  50.1  0.00003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.468229  hitchhiker  0.0000161531 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2524  ATP-dependent transcription regulator LuxR  38.33 
 
 		 914 aa  50.4  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.9975  normal  0.793034 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2532  transcriptional regulator, LuxR family  42.59 
 
 		 500 aa  50.1  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1457  transcriptional regulator NarP  37.68 
 
 		 215 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956805 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2331  transcriptional regulator NarP  37.68 
 
 		 215 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5781  transcriptional regulator, LuxR family  36.99 
 
 		 895 aa  50.1  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2492  transcriptional regulator NarP  37.68 
 
 		 215 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2341  transcriptional regulator NarP  37.68 
 
 		 215 aa  50.1  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.277554 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1466  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.68 
 
 		 215 aa  49.7  0.00004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.25338  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1389  transcriptional regulator, LuxR family  45.1 
 
 		 478 aa  49.3  0.00005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.544965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1496  LuxR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 197 aa  49.3  0.00005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3188  LuxR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 368 aa  49.7  0.00005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0110301  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1438  response regulator receiver  38.46 
 
 		 213 aa  49.3  0.00005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.494689  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1584  regulatory protein, LuxR  40.74 
 
 		 916 aa  49.3  0.00005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2590  LuxR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 263 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.572263  normal  0.168073 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2472  transcriptional regulator NarP  36.54 
 
 		 215 aa  49.3  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2430  transcriptional regulator NarP  36.54 
 
 		 215 aa  49.3  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.426027  normal  0.504703 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2589  transcriptional regulator NarP  36.54 
 
 		 215 aa  49.3  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.167087 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2381  transcriptional regulator NarP  36.54 
 
 		 215 aa  49.3  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4208  ATP-dependent transcription regulator LuxR  36.54 
 
 		 894 aa  48.9  0.00006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0333  LuxR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 141 aa  49.3  0.00006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.800894  normal  0.0115404 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2359  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.17 
 
 		 247 aa  49.3  0.00006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0990205  decreased coverage  0.00133027 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2486  transcriptional regulator NarP  36.54 
 
 		 215 aa  49.3  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.187807  normal  0.0115945 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1651  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.51 
 
 		 218 aa  48.9  0.00007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000163278  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0722  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.37 
 
 		 206 aa  48.9  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.511528  normal  0.608348 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0816  transcriptional regulator, LuxR family  37.33 
 
 		 229 aa  48.9  0.00007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3330  transcriptional regulator NarP  36.54 
 
 		 215 aa  48.9  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04848  transcriptional regulator MalT  38.46 
 
 		 902 aa  48.9  0.00008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2711  transcriptional regulator NarP  37.1 
 
 		 210 aa  48.9  0.00008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.281479  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3565  regulatory protein LuxR  40.68 
 
 		 376 aa  48.5  0.00008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2534  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.94 
 
 		 925 aa  48.5  0.00008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.41261  normal  0.169149 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17930  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  37.88 
 
 		 258 aa  48.9  0.00008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.265474  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001102  transcriptional activator of maltose regulon MalT  38.46 
 
 		 902 aa  48.5  0.00008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01507  putative transcriptional regulator, LuxR family protein  35.71 
 
 		 159 aa  48.5  0.00009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.993499  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0765  two component LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 237 aa  48.5  0.00009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.272345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24980  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  37.29 
 
 		 256 aa  48.5  0.00009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1417  response regulator receiver protein  34.78 
 
 		 234 aa  48.5  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0224272 
 
 
-
 
NC_003296  RS05474  transcription regulator protein  28.77 
 
 		 177 aa  48.1  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.303514 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1863  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.51 
 
 		 216 aa  48.1  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000548978  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1538  LuxR family transcriptional regulator  21.62 
 
 		 288 aa  48.1  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03610  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  46.94 
 
 		 470 aa  47.8  0.0001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.166414  normal  0.0491532 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0612  two component LuxR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 231 aa  47.8  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.105579 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0799  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 226 aa  48.5  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33440  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  36.21 
 
 		 938 aa  47.8  0.0001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1523  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  33.33 
 
 		 873 aa  48.1  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1300  transcriptional regulator, LuxR family  36.76 
 
 		 910 aa  48.1  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.632041  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1045  transcriptional regulator, LuxR family  37.33 
 
 		 229 aa  48.5  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1895  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.43 
 
 		 867 aa  48.1  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283939  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0530  transcriptional regulator, LuxR family  37.04 
 
 		 217 aa  47.8  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1005  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.86 
 
 		 211 aa  48.5  0.0001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3421  two component LuxR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 223 aa  48.5  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0556432 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0582  two component transcriptional regulator, LuxR family  38 
 
 		 204 aa  47.8  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1600  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 207 aa  48.1  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0167  transcriptional regulator, LuxR family  42.31 
 
 		 493 aa  48.5  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.165739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0983  two component LuxR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 213 aa  47.4  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.09 
 
 		 227 aa  47.4  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1927  LuxR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 257 aa  47.8  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1142  two component LuxR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 222 aa  47.4  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.661777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0105  two component LuxR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 215 aa  47.4  0.0002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0303042  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0602  transcriptional regulator, LuxR family protein  36.54 
 
 		 210 aa  47.4  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.126322  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4118  transcriptional regulator, LuxR family  33.93 
 
 		 213 aa  47.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2108  transcriptional regulator, LuxR family  41.51 
 
 		 516 aa  47  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00926757  normal  0.183235 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2824  transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 550 aa  47  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0120  transcriptional regulator MalT  36.54 
 
 		 921 aa  47.8  0.0002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1197  two component LuxR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 225 aa  47.8  0.0002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0485473 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0160  transcriptional regulator MalT  37.04 
 
 		 903 aa  47.4  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.814727  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>