More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2590 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2590  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 263 aa  533  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.572263  normal  0.168073 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45250  putative transcriptional regulator  64.04 
 
 		 268 aa  326  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3842  putative transcriptional regulator  62.17 
 
 		 268 aa  306  3e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4046  LuxR family transcriptional regulator  56.7 
 
 		 266 aa  278  6e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4320  LuxR family transcriptional regulator  56.7 
 
 		 266 aa  278  6e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1686  LuxR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 266 aa  276  2e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4290  LuxR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 266 aa  276  2e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.397968 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3201  LuxR family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 266 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0590  LuxR family transcriptional regulator  56.32 
 
 		 266 aa  271  6e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822458  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1105  LuxR family transcriptional regulator  56.32 
 
 		 266 aa  271  6e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1019  LuxR family transcriptional regulator  56.32 
 
 		 266 aa  271  6e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3735  LuxR family transcriptional regulator  57.47 
 
 		 266 aa  268  5e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4209  LuxR family transcriptional regulator  57.85 
 
 		 266 aa  267  1e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.602642  normal  0.235438 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2324  LuxR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 257 aa  260  2e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0878  LuxR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 257 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1845  LuxR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 257 aa  260  2e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.301448  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1652  LuxR family transcriptional regulator  56.18 
 
 		 257 aa  233  3e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3531  LuxR family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 257 aa  209  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.272328  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17720  LuxR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 261 aa  199  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000142633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1542  putative transcriptional regulator  43.35 
 
 		 262 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.409159  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2589  LuxR family transcriptional regulator  43.46 
 
 		 262 aa  191  9e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.658278  normal  0.222146 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4558  LuxR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 266 aa  191  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6179  transcriptional regulator, LuxR family  42.42 
 
 		 267 aa  189  5e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3847  LuxR family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 265 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126392  normal  0.51742 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1637  LuxR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 272 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00717804  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4514  LuxR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 263 aa  176  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0333975  normal  0.669249 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3251  LuxR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 280 aa  175  6e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.139103 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2587  LuxR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 280 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0358062  normal  0.430196 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4373  LuxR family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 272 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.489834  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3993  LuxR family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 272 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3530  LuxR family transcriptional regulator  38.4 
 
 		 272 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.941293 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3129  LuxR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 303 aa  171  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2873  LuxR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 282 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30580  LuxR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 268 aa  159  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0062  LuxR family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 275 aa  157  2e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2608  LuxR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 269 aa  149  5e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.237341  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3525  response regulator receiver protein  34.66 
 
 		 274 aa  145  8.000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.243537  normal  0.113939 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1191  LuxR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 275 aa  135  7.000000000000001e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3042  LuxR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 257 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.494353  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1180  LuxR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 267 aa  134  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3769  regulatory protein, LuxR  34.92 
 
 		 257 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.997171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4854  response regulator receiver protein  33.2 
 
 		 262 aa  132  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2047  LuxR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.909025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2190  LuxR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5001  transcriptional regulator, LuxR family  32.44 
 
 		 271 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3717  LuxR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 299 aa  125  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.314676 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0320  response regulator receiver protein  32.43 
 
 		 275 aa  124  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319961 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2166  response regulator receiver protein  37.33 
 
 		 247 aa  121  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0612  LuxR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 252 aa  119  6e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63520  putative transcriptional regulator  38.1 
 
 		 227 aa  118  9e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.498884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4769  transcriptional regulator, LuxR family  35.44 
 
 		 284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.141742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06519  hypothetical protein  29.17 
 
 		 273 aa  108  1e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0016  LuxR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 267 aa  108  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0160  response regulator receiver protein  31.91 
 
 		 279 aa  107  3e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3582  response regulator receiver protein  31.1 
 
 		 263 aa  106  5e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0389  LuxR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 274 aa  104  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3824  LuxR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 267 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00247699  normal  0.327982 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2049  response regulator receiver protein  33.73 
 
 		 265 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000650  transcriptional regulator LuxR family  28.4 
 
 		 292 aa  99.8  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3411  LuxR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 290 aa  85.1  9e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0444105 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3175  response regulator receiver protein  25.2 
 
 		 250 aa  76.3  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000721008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0030  putative transcriptional regulator  57.58 
 
 		 68 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.514853 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0032  putative transcriptional regulator  57.58 
 
 		 68 aa  72.8  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.723962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3718  response regulator receiver protein  26.75 
 
 		 264 aa  72  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6270  LuxR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 262 aa  62.4  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1220  LuxR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 272 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.581514 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4132  two-component system response regulator  46.15 
 
 		 196 aa  58.5  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.249835 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4080  transcriptional regulatory protein UhpA  46.15 
 
 		 196 aa  58.5  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1981  transcriptional regulatory protein DegU, putative  48.08 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0081  two component LuxR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 196 aa  57.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2837  response regulator receiver protein  30.88 
 
 		 262 aa  57  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00000311945  normal  0.812847 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1834  two component LuxR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 228 aa  56.2  0.0000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.567429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2463  response regulator receiver  46.15 
 
 		 217 aa  55.5  0.0000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2415  two component LuxR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 217 aa  55.5  0.0000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1837  transcriptional regulator, LuxR family  49.06 
 
 		 487 aa  55.5  0.0000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2491  LuxR response regulator receiver  29.53 
 
 		 242 aa  54.7  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.470277  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1584  regulatory protein, LuxR  33.9 
 
 		 916 aa  54.7  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1592  transcriptional regulator, LuxR family  42.67 
 
 		 518 aa  54.3  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355637 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1980  two component LuxR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 226 aa  54.3  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.893627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2103  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.01 
 
 		 210 aa  53.9  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1998  transcriptional regulator, LuxR family  39.06 
 
 		 956 aa  54.3  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0120259  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0132  two component LuxR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 196 aa  53.9  0.000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.401597  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3486  hypothetical protein  46.77 
 
 		 206 aa  53.9  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1549  LuxR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 367 aa  53.5  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.730444  normal  0.517994 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1825  transcriptional regulator, LuxR family  41.67 
 
 		 886 aa  53.5  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.125686  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4823  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 214 aa  53.5  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.103693  normal  0.11387 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1068  transcriptional regulator, LuxR family  39.68 
 
 		 966 aa  53.5  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2786  transcriptional regulator, LuxR family  48.15 
 
 		 511 aa  53.5  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0490323 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0898  two component LuxR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 217 aa  53.1  0.000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000112877  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2570  two component LuxR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 224 aa  52.8  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.282998  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2465  LuxR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 273 aa  52.8  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.54611  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0888  LuxR family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 204 aa  52.8  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.227634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0876  LuxR family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 269 aa  52.8  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.118506  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0350  LuxR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 259 aa  53.1  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0630  LuxR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 273 aa  52.8  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0768185  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3242  two component LuxR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 213 aa  52.8  0.000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000371761  hitchhiker  0.000468813 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4164  LuxR transcriptional regulator  44.26 
 
 		 960 aa  52.8  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.950161  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3342  LuxR family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 461 aa  52.8  0.000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.7323  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1563  two component LuxR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 214 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.241819 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1600  two component LuxR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 207 aa  52.8  0.000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>