More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3582 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3582  response regulator receiver protein  100 
 
 		 263 aa  539  9.999999999999999e-153  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2049  response regulator receiver protein  44.19 
 
 		 265 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0320  response regulator receiver protein  46.3 
 
 		 275 aa  223  3e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319961 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3824  LuxR family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 267 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00247699  normal  0.327982 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2166  response regulator receiver protein  34.87 
 
 		 247 aa  130  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3042  LuxR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 257 aa  128  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.494353  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3769  regulatory protein, LuxR  33.07 
 
 		 257 aa  128  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.997171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3525  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 274 aa  125  8.000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.243537  normal  0.113939 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4854  response regulator receiver protein  32.06 
 
 		 262 aa  118  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1191  LuxR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 275 aa  117  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4769  transcriptional regulator, LuxR family  32.92 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.141742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1180  LuxR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 267 aa  115  5e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5001  transcriptional regulator, LuxR family  31.73 
 
 		 271 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2873  LuxR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 282 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2190  LuxR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 298 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3717  LuxR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 299 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.314676 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2047  LuxR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 301 aa  105  8e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.909025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1686  LuxR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 266 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4046  LuxR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 266 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4320  LuxR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 266 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3531  LuxR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 257 aa  103  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.272328  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0016  LuxR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 267 aa  102  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4290  LuxR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 266 aa  101  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.397968 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45250  putative transcriptional regulator  31.37 
 
 		 268 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3735  LuxR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 266 aa  99.4  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4209  LuxR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 266 aa  99.4  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.602642  normal  0.235438 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3842  putative transcriptional regulator  34.47 
 
 		 268 aa  98.6  9e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3201  LuxR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 266 aa  97.8  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2587  LuxR family transcriptional regulator  34 
 
 		 280 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0358062  normal  0.430196 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3129  LuxR family transcriptional regulator  34 
 
 		 303 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1845  LuxR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 257 aa  94.7  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.301448  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0590  LuxR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 266 aa  94.7  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822458  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2324  LuxR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 257 aa  94.7  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4514  LuxR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 263 aa  95.1  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0333975  normal  0.669249 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1105  LuxR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 266 aa  94.7  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3251  LuxR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 280 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.139103 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0878  LuxR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 257 aa  94.7  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1019  LuxR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 266 aa  94.7  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6179  transcriptional regulator, LuxR family  29.92 
 
 		 267 aa  90.5  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2590  LuxR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 263 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.572263  normal  0.168073 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3718  response regulator receiver protein  31.62 
 
 		 264 aa  87.8  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0389  LuxR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 274 aa  87.8  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0612  LuxR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 252 aa  86.3  4e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0062  LuxR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 275 aa  85.9  5e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63520  putative transcriptional regulator  30 
 
 		 227 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.498884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000650  transcriptional regulator LuxR family  26.64 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3847  LuxR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 265 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126392  normal  0.51742 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2589  LuxR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 262 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.658278  normal  0.222146 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4558  LuxR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 266 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1652  LuxR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 257 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1542  putative transcriptional regulator  29.8 
 
 		 262 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.409159  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17720  LuxR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 261 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000142633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0160  response regulator receiver protein  27.8 
 
 		 279 aa  76.3  0.0000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3175  response regulator receiver protein  28.88 
 
 		 250 aa  75.5  0.0000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000721008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4239  regulatory protein, LuxR  28.09 
 
 		 312 aa  74.7  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.117477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30580  LuxR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 268 aa  74.7  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06519  hypothetical protein  25 
 
 		 273 aa  75.1  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2608  LuxR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 269 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.237341  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4373  LuxR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 272 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.489834  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3993  LuxR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 272 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3530  LuxR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 272 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.941293 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1637  LuxR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 272 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00717804  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3411  LuxR family transcriptional regulator  29 
 
 		 290 aa  63.5  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0444105 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1220  LuxR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 272 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.581514 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2871  response regulator receiver protein  36.46 
 
 		 206 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.313361  normal  0.346414 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5778  cyclic nucleotide-binding protein  43.84 
 
 		 353 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.714206 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4059  two component LuxR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.111025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2728  LuxR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 272 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.108423  normal  0.0203812 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3745  response regulator receiver protein  42.03 
 
 		 203 aa  56.2  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.311585 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1486  two component LuxR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.108748  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3812  two component LuxR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 208 aa  55.8  0.0000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.922787  normal  0.026414 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2536  two component regulator  38.81 
 
 		 204 aa  53.9  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.378867 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1970  transcriptional regulator, LuxR family  41.38 
 
 		 835 aa  53.1  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.0000157383  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10980  hypothetical protein  32.5 
 
 		 284 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.741598  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3229  LuxR family DNA-binding response regulator  30.77 
 
 		 229 aa  52.4  0.000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1545  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.63 
 
 		 218 aa  52.4  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0982964  normal  0.0521608 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1538  LuxR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 288 aa  52  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1965  two component LuxR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 217 aa  50.8  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4863  LuxR family DNA-binding response regulator  36.84 
 
 		 272 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.090532  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0211  two component LuxR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 228 aa  50.8  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.664514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0872  two component LuxR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 210 aa  51.2  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3654  two component LuxR family transcriptional regulator  35 
 
 		 221 aa  51.2  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000210563  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1669  two component LuxR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 221 aa  51.2  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1583  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.08 
 
 		 955 aa  51.2  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.559531  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4328  transcriptional regulator, LuxR family  28.89 
 
 		 260 aa  51.2  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00000000127099  normal  0.0225245 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003036  tetrathionate reductase two-component response regulator  42.11 
 
 		 200 aa  51.2  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1602  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.08 
 
 		 897 aa  50.4  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.208535 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5743  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.66 
 
 		 212 aa  50.1  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3400  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.06 
 
 		 201 aa  50.4  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3999  transcriptional regulator, LuxR family  28.15 
 
 		 260 aa  50.4  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000000117104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1106  two component LuxR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 223 aa  49.7  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.584765  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0306  two component LuxR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 215 aa  50.1  0.00004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000161342  hitchhiker  0.00000159266 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5800  ATPase-like protein  33.33 
 
 		 919 aa  50.1  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.168685 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2812  transcriptional regulator, LuxR family  40.35 
 
 		 522 aa  50.1  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000674561  hitchhiker  0.0000653029 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  44 
 
 		 208 aa  50.1  0.00004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.64 
 
 		 227 aa  50.1  0.00004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6399  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.86 
 
 		 214 aa  49.7  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.139442 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3729  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.27 
 
 		 214 aa  49.7  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0613  two component LuxR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 258 aa  49.3  0.00006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0682847  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2358  response regulator receiver protein  42.86 
 
 		 233 aa  49.3  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.119902  normal  0.5156 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>