More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2049 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2049  response regulator receiver protein  100 
 
 		 265 aa  549  1e-155  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3824  LuxR family transcriptional regulator  65.41 
 
 		 267 aa  362  2e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00247699  normal  0.327982 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3582  response regulator receiver protein  44.19 
 
 		 263 aa  229  4e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0320  response regulator receiver protein  43.8 
 
 		 275 aa  215  5e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319961 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2166  response regulator receiver protein  33.08 
 
 		 247 aa  133  3e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1191  LuxR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 275 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4769  transcriptional regulator, LuxR family  31.54 
 
 		 284 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.141742  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45250  putative transcriptional regulator  34.23 
 
 		 268 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2190  LuxR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 298 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3842  putative transcriptional regulator  34.36 
 
 		 268 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3042  LuxR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 257 aa  108  6e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.494353  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3769  regulatory protein, LuxR  27.73 
 
 		 257 aa  108  6e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.997171  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3717  LuxR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.314676 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2047  LuxR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 301 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.909025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63520  putative transcriptional regulator  31.67 
 
 		 227 aa  105  8e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.498884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5001  transcriptional regulator, LuxR family  29.81 
 
 		 271 aa  104  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2873  LuxR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 282 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3525  response regulator receiver protein  28.24 
 
 		 274 aa  103  4e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.243537  normal  0.113939 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1180  LuxR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 267 aa  101  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2587  LuxR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 280 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0358062  normal  0.430196 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4854  response regulator receiver protein  28.03 
 
 		 262 aa  101  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3129  LuxR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 303 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4514  LuxR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 263 aa  98.6  9e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0333975  normal  0.669249 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4046  LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 		 266 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4320  LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 		 266 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2589  LuxR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 262 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.658278  normal  0.222146 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1686  LuxR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 266 aa  96.3  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3251  LuxR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 280 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.139103 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4558  LuxR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 266 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0590  LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 		 266 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822458  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2324  LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 		 257 aa  93.6  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1845  LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 		 257 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.301448  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1019  LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 		 266 aa  93.6  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1105  LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 		 266 aa  93.6  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0878  LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 		 257 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4209  LuxR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 266 aa  92.8  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.602642  normal  0.235438 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4290  LuxR family transcriptional regulator  34 
 
 		 266 aa  92.8  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.397968 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3735  LuxR family transcriptional regulator  35 
 
 		 266 aa  91.7  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6179  transcriptional regulator, LuxR family  28 
 
 		 267 aa  89.7  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0612  LuxR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 252 aa  89.4  5e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0389  LuxR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 274 aa  89  7e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3201  LuxR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 266 aa  89  8e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17720  LuxR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 261 aa  88.6  9e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000142633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1542  putative transcriptional regulator  29.3 
 
 		 262 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.409159  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3531  LuxR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 257 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.272328  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2590  LuxR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 263 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.572263  normal  0.168073 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0062  LuxR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 275 aa  84.7  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1652  LuxR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 257 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30580  LuxR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 268 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3847  LuxR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 265 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126392  normal  0.51742 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3530  LuxR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 272 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.941293 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3175  response regulator receiver protein  32.34 
 
 		 250 aa  77  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000721008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2608  LuxR family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 269 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.237341  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1637  LuxR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 272 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00717804  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3718  response regulator receiver protein  28.11 
 
 		 264 aa  75.5  0.0000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4373  LuxR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 272 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.489834  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3993  LuxR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 272 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000650  transcriptional regulator LuxR family  25.09 
 
 		 292 aa  72.4  0.000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0016  LuxR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 267 aa  69.7  0.00000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06519  hypothetical protein  25.78 
 
 		 273 aa  69.7  0.00000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0160  response regulator receiver protein  30.2 
 
 		 279 aa  69.3  0.00000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4239  regulatory protein, LuxR  26.42 
 
 		 312 aa  59.7  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.117477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3411  LuxR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 290 aa  55.1  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0444105 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1260  putative nitrate/nitrite DNA-binding response regulator  44.26 
 
 		 206 aa  54.3  0.000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4059  two component LuxR family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 212 aa  53.9  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.111025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1604  LuxR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 94 aa  53.5  0.000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2193  transcriptional regulator, LuxR family  31.09 
 
 		 258 aa  53.1  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1291  transcriptional regulator, LuxR family  40.74 
 
 		 300 aa  52.8  0.000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.979242  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0930  LuxR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 246 aa  52  0.000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.6214  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0157  transcriptional regulator, LuxR family  46.55 
 
 		 321 aa  52  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2812  transcriptional regulator, LuxR family  39.66 
 
 		 522 aa  51.6  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000674561  hitchhiker  0.0000653029 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6830  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.68 
 
 		 270 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4166  LuxR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 243 aa  50.8  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0145  LuxR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 454 aa  50.8  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0353  two component LuxR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 213 aa  49.7  0.00004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2491  LuxR response regulator receiver  42.11 
 
 		 211 aa  50.1  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3782  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.92 
 
 		 223 aa  50.1  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2871  response regulator receiver protein  38.89 
 
 		 206 aa  50.1  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.313361  normal  0.346414 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2103  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.38 
 
 		 210 aa  50.1  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0474  response regulator receiver protein  47.06 
 
 		 471 aa  50.1  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.40168  normal  0.0487434 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2171  two component LuxR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 218 aa  49.7  0.00005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0762379  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2539  regulatory protein, LuxR  38.33 
 
 		 904 aa  49.3  0.00006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.50873  hitchhiker  0.00362349 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0615  transcriptional regulator, LuxR family  43.64 
 
 		 462 aa  49.3  0.00006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.000000110739  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5778  cyclic nucleotide-binding protein  44 
 
 		 353 aa  49.3  0.00007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.714206 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3265  transcriptional regulator, LuxR family  48.15 
 
 		 74 aa  49.3  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3585  LuxR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 251 aa  48.9  0.00008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.976883  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5501  LuxR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 242 aa  48.9  0.00008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.926313 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4782  LuxR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 251 aa  48.9  0.00008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.134366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4689  LuxR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 243 aa  48.9  0.00009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3818  LuxR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 264 aa  48.9  0.00009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000221432 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0193  transcriptional regulator, LuxR family  46 
 
 		 200 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000210245  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4008  LuxR family transcriptional regulator  46 
 
 		 200 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1019  LuxR family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 271 aa  48.5  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.268856 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4275  two component LuxR family transcriptional regulator  46 
 
 		 226 aa  48.1  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.798613  normal  0.287125 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03364  hypothetical protein  46.15 
 
 		 221 aa  48.5  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4986  two component LuxR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 237 aa  48.1  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.170484  normal  0.313407 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3723  LuxR family transcriptional regulator  46 
 
 		 200 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03321  hypothetical protein  46 
 
 		 200 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00023179  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0197  two component LuxR family transcriptional regulator  46 
 
 		 200 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000437068  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3824  LuxR family transcriptional regulator  46 
 
 		 200 aa  48.5  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.201276 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>