More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1604 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_1604  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 94 aa  190  5e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3766  response regulator receiver protein  48 
 
 		 539 aa  54.3  0.0000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.484632  normal  0.834357 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1932  DNA-binding response regulator  40 
 
 		 219 aa  53.1  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00601791  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2049  response regulator receiver protein  47.46 
 
 		 265 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0972  two component LuxR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 227 aa  52.8  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.299836  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1870  two component LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 218 aa  53.5  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3716  LuxR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 443 aa  52.8  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00102853  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0620  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  43.48 
 
 		 209 aa  51.6  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000275655  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0642  putative response regulator  32.93 
 
 		 217 aa  51.6  0.000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2085  LuxR family ATP-dependent transcriptional regulator  49.12 
 
 		 913 aa  51.6  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.741908 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01507  putative transcriptional regulator, LuxR family protein  50 
 
 		 159 aa  51.2  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.993499  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5099  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  40.26 
 
 		 900 aa  51.2  0.000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4209  LuxR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 266 aa  50.8  0.000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.602642  normal  0.235438 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4290  LuxR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 266 aa  50.8  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.397968 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3999  transcriptional regulator, LuxR family  47.37 
 
 		 260 aa  50.8  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000000117104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4471  transcriptional regulator, LuxR family  43.64 
 
 		 680 aa  50.4  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.129361 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3735  LuxR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 266 aa  50.4  0.000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2536  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  46.67 
 
 		 216 aa  50.4  0.000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4328  transcriptional regulator, LuxR family  47.37 
 
 		 260 aa  50.4  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00000000127099  normal  0.0225245 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1652  LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 257 aa  50.1  0.000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3201  LuxR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 266 aa  49.7  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0590  LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 266 aa  50.1  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822458  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1845  LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 257 aa  50.1  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.301448  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0747  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.08 
 
 		 232 aa  50.1  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.643618  normal  0.38139 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2324  LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 257 aa  50.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1686  LuxR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 266 aa  50.1  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4046  LuxR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 266 aa  50.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5800  ATPase-like protein  41.82 
 
 		 919 aa  49.7  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.168685 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1019  LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 266 aa  50.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4320  LuxR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 266 aa  50.1  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0878  LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 257 aa  50.1  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1105  LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 266 aa  50.1  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03511  putative transcriptional regulator, LuxR family protein  52.94 
 
 		 103 aa  48.9  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0867403  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3824  LuxR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 267 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00247699  normal  0.327982 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3710  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 426 aa  48.9  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0267  two component LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 241 aa  49.3  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4197  transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 998 aa  48.5  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3265  transcriptional regulator, LuxR family  46.67 
 
 		 74 aa  48.5  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1243  transcriptional regulator, LuxR family  36.92 
 
 		 550 aa  48.9  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0757  TPR repeat-containing regulatory protein LuxR  48.15 
 
 		 799 aa  48.1  0.00004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3530  LuxR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 272 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.941293 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0834  LuxR response regulator receiver  46.15 
 
 		 221 aa  47.8  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0179337 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2254  LuxR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 224 aa  47.8  0.00005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.000000750634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4373  LuxR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 272 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.489834  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1223  LuxR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 907 aa  47.8  0.00005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3993  LuxR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 272 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0646  response regulator receiver protein  39.13 
 
 		 209 aa  47.8  0.00005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0492071  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3847  LuxR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 265 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126392  normal  0.51742 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2824  transcriptional regulator, LuxR family  43.1 
 
 		 550 aa  47.4  0.00006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0300  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.82 
 
 		 224 aa  47.4  0.00006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1669  two component LuxR family transcriptional regulator  48 
 
 		 221 aa  47.4  0.00006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0829  two component LuxR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 209 aa  47.4  0.00007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00236991  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0703  two component LuxR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 220 aa  47.4  0.00007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.901141  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3561  transcriptional regulator, LuxR family  48.15 
 
 		 908 aa  47.4  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2245  two component LuxR family transcriptional regulator  44 
 
 		 218 aa  47  0.00008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00227369  normal  0.0543921 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3589  two component LuxR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 210 aa  47  0.00008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.993543  normal  0.0443312 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2885  LuxR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 545 aa  47  0.00008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.488052  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1965  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 217 aa  47  0.00009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4769  transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 284 aa  47  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.141742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20540  regulatory protein LuxR  43.08 
 
 		 887 aa  46.6  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0029  two component LuxR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 220 aa  47  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.268532  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3404  transcriptional regulator, LuxR family  48.15 
 
 		 427 aa  46.2  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.226025  normal  0.0787607 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1236  two component LuxR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 208 aa  46.6  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.23752  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2381  transcriptional regulator NarP  48.21 
 
 		 215 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0842  two component LuxR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 209 aa  46.6  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000336278  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2842  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.38 
 
 		 226 aa  47  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.622781  decreased coverage  0.00305681 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0427  LuxR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 544 aa  47  0.0001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2486  transcriptional regulator NarP  45.76 
 
 		 215 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.187807  normal  0.0115945 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2472  transcriptional regulator NarP  48.21 
 
 		 215 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13730  transcriptional regulator NarL  52 
 
 		 219 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.817999 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0437  LuxR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 544 aa  47  0.0001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.139362  normal  0.0303285 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2589  transcriptional regulator NarP  45.76 
 
 		 215 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.167087 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4199  regulatory protein, LuxR  34.57 
 
 		 855 aa  46.2  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3591  two component LuxR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 240 aa  46.6  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.552533  hitchhiker  0.00313735 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2430  transcriptional regulator NarP  45.76 
 
 		 215 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.426027  normal  0.504703 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 208 aa  46.2  0.0001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1229  transcriptional regulator NarL  52 
 
 		 219 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5778  cyclic nucleotide-binding protein  42.86 
 
 		 353 aa  46.2  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.714206 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3965  LuxR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 129 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0527243  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02120  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with NarQ or NarX  46.43 
 
 		 215 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1466  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.43 
 
 		 215 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.25338  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.15 
 
 		 227 aa  46.2  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2171  two component LuxR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 218 aa  45.4  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0762379  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3490  two component LuxR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 210 aa  45.8  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0559776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1778  regulatory protein, LuxR  42.59 
 
 		 917 aa  45.4  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2341  transcriptional regulator NarP  46.43 
 
 		 215 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.277554 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2492  transcriptional regulator NarP  46.43 
 
 		 215 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1270  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  41.82 
 
 		 209 aa  45.8  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.214676  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4514  LuxR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 263 aa  46.2  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0333975  normal  0.669249 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1228  LuxR family transcriptional regulator  48 
 
 		 204 aa  46.2  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.118696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0502  regulatory protein, LuxR  46 
 
 		 861 aa  45.8  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0169233  normal  0.80601 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0367  transcriptional regulator, LuxR family  38.57 
 
 		 556 aa  46.2  0.0002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3278  two component LuxR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 214 aa  45.8  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.749326 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02650  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  40.74 
 
 		 505 aa  46.2  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4109  LuxR family GAF modulated transcriptional regulator  35.94 
 
 		 256 aa  45.8  0.0002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.721487  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3129  LuxR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 303 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3763  two component LuxR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 221 aa  45.8  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0403461 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1384  two component LuxR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 209 aa  45.4  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0929  two component LuxR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 209 aa  45.8  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000567962  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2331  transcriptional regulator NarP  46.43 
 
 		 215 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>