More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2873 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2873  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 282 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3129  LuxR family transcriptional regulator  59.35 
 
 		 303 aa  343  1e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2587  LuxR family transcriptional regulator  58.99 
 
 		 280 aa  342  4e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0358062  normal  0.430196 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3251  LuxR family transcriptional regulator  59.57 
 
 		 280 aa  342  5e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.139103 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45250  putative transcriptional regulator  39.3 
 
 		 268 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3842  putative transcriptional regulator  39.69 
 
 		 268 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4046  LuxR family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 266 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4320  LuxR family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 266 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2813  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0590  LuxR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 266 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822458  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4290  LuxR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 266 aa  177  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.397968 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2324  LuxR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 257 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1686  LuxR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 266 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0878  LuxR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 257 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1105  LuxR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 266 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1019  LuxR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 266 aa  177  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1845  LuxR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 257 aa  177  1e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.301448  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3201  LuxR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 266 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3735  LuxR family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 266 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4209  LuxR family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 266 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.602642  normal  0.235438 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1652  LuxR family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 257 aa  160  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2590  LuxR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 263 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.572263  normal  0.168073 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4514  LuxR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 263 aa  142  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0333975  normal  0.669249 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3525  response regulator receiver protein  32.68 
 
 		 274 aa  140  1.9999999999999998e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.243537  normal  0.113939 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4854  response regulator receiver protein  32.82 
 
 		 262 aa  139  4.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1191  LuxR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 275 aa  139  6e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4558  LuxR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 266 aa  138  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2190  LuxR family transcriptional regulator  35.5 
 
 		 298 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3531  LuxR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 257 aa  135  9e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.272328  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1180  LuxR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 267 aa  135  9e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2047  LuxR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 301 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.909025  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3717  LuxR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.314676 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2589  LuxR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 262 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.658278  normal  0.222146 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3042  LuxR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 257 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.494353  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3769  regulatory protein, LuxR  33.46 
 
 		 257 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.997171  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17720  LuxR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 261 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000142633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4373  LuxR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 272 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.489834  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3530  LuxR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 272 aa  126  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.941293 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3993  LuxR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 272 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0062  LuxR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 275 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2166  response regulator receiver protein  35.29 
 
 		 247 aa  125  6e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3847  LuxR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 265 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126392  normal  0.51742 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1542  putative transcriptional regulator  31.18 
 
 		 262 aa  125  7e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.409159  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30580  LuxR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 268 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6179  transcriptional regulator, LuxR family  36.14 
 
 		 267 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2608  LuxR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 269 aa  122  8e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.237341  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1637  LuxR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 272 aa  122  9e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00717804  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0320  response regulator receiver protein  30.68 
 
 		 275 aa  121  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319961 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63520  putative transcriptional regulator  34.53 
 
 		 227 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.498884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5001  transcriptional regulator, LuxR family  28.29 
 
 		 271 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0389  LuxR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 274 aa  117  3e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4769  transcriptional regulator, LuxR family  32.42 
 
 		 284 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.141742  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3582  response regulator receiver protein  30.27 
 
 		 263 aa  112  8.000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3824  LuxR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 267 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00247699  normal  0.327982 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0016  LuxR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 267 aa  108  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2049  response regulator receiver protein  30.77 
 
 		 265 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0612  LuxR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 252 aa  106  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0160  response regulator receiver protein  29.62 
 
 		 279 aa  102  9e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06519  hypothetical protein  26.67 
 
 		 273 aa  97.4  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000650  transcriptional regulator LuxR family  26.64 
 
 		 292 aa  97.1  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3175  response regulator receiver protein  29.06 
 
 		 250 aa  89  8e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000721008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3411  LuxR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 290 aa  85.5  9e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0444105 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3718  response regulator receiver protein  28.63 
 
 		 264 aa  85.1  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2728  LuxR family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 272 aa  59.3  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.108423  normal  0.0203812 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2786  transcriptional regulator, LuxR family  48.15 
 
 		 511 aa  58.9  0.00000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0490323 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4239  regulatory protein, LuxR  28.78 
 
 		 312 aa  58.2  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.117477  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2812  transcriptional regulator, LuxR family  45.61 
 
 		 522 aa  57  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000674561  hitchhiker  0.0000653029 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2723  transcriptional regulator, LuxR family  47.46 
 
 		 509 aa  57  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.397924  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2779  transcriptional regulator, LuxR family  47.27 
 
 		 505 aa  56.2  0.0000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.980405 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2523  regulatory protein, LuxR  41.67 
 
 		 879 aa  55.8  0.0000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13460  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  47.62 
 
 		 472 aa  55.5  0.0000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00480  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  44.44 
 
 		 606 aa  55.1  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00118843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2824  transcriptional regulator, LuxR family  36.47 
 
 		 550 aa  54.3  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3654  two component LuxR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 221 aa  54.3  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000210563  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06100  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  36.96 
 
 		 518 aa  54.7  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.603093 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0461  transcriptional regulator, LuxR family  42.59 
 
 		 542 aa  54.7  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0421  transcriptional regulator, LuxR family  42.37 
 
 		 552 aa  53.5  0.000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0413788  hitchhiker  0.00000000225621 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06810  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  47.06 
 
 		 520 aa  53.5  0.000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.521043 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2655  transcriptional regulator, LuxR family  43.64 
 
 		 470 aa  53.1  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.149331 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2103  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.61 
 
 		 210 aa  52.8  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2258  transcriptional regulator, LuxR family  46.3 
 
 		 476 aa  52.8  0.000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24540  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  42.59 
 
 		 536 aa  53.1  0.000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03610  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  42.11 
 
 		 470 aa  52.8  0.000007  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.166414  normal  0.0491532 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5542  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.56 
 
 		 212 aa  52.8  0.000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.448293 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0522  LuxR response regulator receiver  44.23 
 
 		 212 aa  52.4  0.000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000276468  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2795  transcriptional regulator, LuxR family  39.13 
 
 		 468 aa  52  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000289432 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4527  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.51 
 
 		 223 aa  52  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.658241 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4636  LuxR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 378 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780635  normal  0.0614511 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2837  response regulator receiver protein  35.21 
 
 		 262 aa  51.6  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00000311945  normal  0.812847 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05580  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  40.74 
 
 		 512 aa  51.6  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.735856  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2688  transcriptional regulator, LuxR family  44.44 
 
 		 470 aa  52  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0897  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  43.75 
 
 		 933 aa  52  0.00001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.571021  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2108  transcriptional regulator, LuxR family  44.44 
 
 		 516 aa  52  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00926757  normal  0.183235 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1523  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  38.81 
 
 		 873 aa  50.8  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2665  transcriptional regulator, LuxR family  32 
 
 		 359 aa  50.8  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.564836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4059  two component LuxR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 212 aa  51.2  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.111025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3871  regulatory protein, LuxR  46.67 
 
 		 913 aa  51.2  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.760244  normal  0.907756 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0171  transcriptional regulator, LuxR family  44.44 
 
 		 484 aa  51.2  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4190  LuxR family transcriptional regulator  20.85 
 
 		 272 aa  51.6  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2437  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 218 aa  51.2  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0613  nitrate/nitrite response regulator NarP  41.94 
 
 		 208 aa  50.8  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>