286 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0320 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0320  response regulator receiver protein  100 
 
 		 275 aa  566  1e-160  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319961 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3582  response regulator receiver protein  46.3 
 
 		 263 aa  223  3e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2049  response regulator receiver protein  43.8 
 
 		 265 aa  215  5e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3824  LuxR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 267 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00247699  normal  0.327982 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3042  LuxR family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 257 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.494353  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3769  regulatory protein, LuxR  34.7 
 
 		 257 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.997171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4769  transcriptional regulator, LuxR family  34.98 
 
 		 284 aa  142  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.141742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2166  response regulator receiver protein  34.4 
 
 		 247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3525  response regulator receiver protein  31.52 
 
 		 274 aa  135  7.000000000000001e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.243537  normal  0.113939 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4854  response regulator receiver protein  30 
 
 		 262 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1191  LuxR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 275 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3842  putative transcriptional regulator  30.45 
 
 		 268 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45250  putative transcriptional regulator  30.6 
 
 		 268 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3251  LuxR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 280 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.139103 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2587  LuxR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 280 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0358062  normal  0.430196 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3129  LuxR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 303 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4290  LuxR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 266 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.397968 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1180  LuxR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 267 aa  118  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2873  LuxR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 282 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1686  LuxR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 266 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4046  LuxR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4320  LuxR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 266 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2813  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2047  LuxR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 301 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.909025  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3735  LuxR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 266 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4209  LuxR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 266 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.602642  normal  0.235438 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2190  LuxR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 298 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3717  LuxR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.314676 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3201  LuxR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 266 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2590  LuxR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 263 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.572263  normal  0.168073 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0590  LuxR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 266 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822458  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1845  LuxR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 257 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.301448  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2324  LuxR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 257 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1019  LuxR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 266 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1105  LuxR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 266 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0878  LuxR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 257 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5001  transcriptional regulator, LuxR family  27.55 
 
 		 271 aa  95.1  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4558  LuxR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 266 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0016  LuxR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 267 aa  93.6  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0160  response regulator receiver protein  30.5 
 
 		 279 aa  92.4  7e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0389  LuxR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 274 aa  90.9  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3531  LuxR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 257 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.272328  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4514  LuxR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 263 aa  87.4  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0333975  normal  0.669249 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63520  putative transcriptional regulator  28.9 
 
 		 227 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.498884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000650  transcriptional regulator LuxR family  24.15 
 
 		 292 aa  85.9  7e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06519  hypothetical protein  23.05 
 
 		 273 aa  83.2  0.000000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1652  LuxR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 257 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6179  transcriptional regulator, LuxR family  25 
 
 		 267 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0612  LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 252 aa  81.6  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30580  LuxR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 268 aa  79.7  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2589  LuxR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 262 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.658278  normal  0.222146 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1637  LuxR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 272 aa  75.5  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00717804  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3175  response regulator receiver protein  28.64 
 
 		 250 aa  71.6  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000721008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4373  LuxR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 272 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.489834  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3993  LuxR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 272 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2608  LuxR family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 269 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.237341  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3411  LuxR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 290 aa  70.5  0.00000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0444105 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3530  LuxR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 272 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.941293 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17720  LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 261 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000142633  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3847  LuxR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 265 aa  68.9  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126392  normal  0.51742 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1542  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 262 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.409159  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3718  response regulator receiver protein  26.72 
 
 		 264 aa  67.4  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0062  LuxR family transcriptional regulator  25 
 
 		 275 aa  65.1  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1366  LuxR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 235 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0350  LuxR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 259 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0942  LuxR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 235 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.232709  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2465  LuxR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 273 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.54611  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0630  LuxR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 273 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0768185  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1273  LuxR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 273 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0925384  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1199  LuxR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 235 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.791762  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1538  LuxR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 288 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0980  nitrate/nitrite response regulator transcription regulator protein  46.03 
 
 		 222 aa  58.2  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3818  LuxR family transcriptional regulator  25 
 
 		 264 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000221432 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5066  LuxR response regulator receiver  47.46 
 
 		 217 aa  57  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.822528  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3598  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.76 
 
 		 218 aa  57  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.329097  normal  0.731815 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4675  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.76 
 
 		 218 aa  57  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760252  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1736  DNA-binding response regulator NarL  36.36 
 
 		 233 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2630  nitrate/nitrite response regulator protein NarL  36.36 
 
 		 233 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.14617  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2764  DNA-binding response regulator NarL  36.36 
 
 		 233 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.922757  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1519  DNA-binding response regulator NarL  36.36 
 
 		 233 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.281442  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2686  nitrate/nitrite response regulator protein NarL  36.36 
 
 		 233 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2246  DNA-binding response regulator NarL  36.36 
 
 		 233 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3072  DNA-binding response regulator NarL  36.36 
 
 		 233 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1849  DNA-binding response regulator NarL  43.48 
 
 		 233 aa  54.7  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4689  LuxR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 243 aa  52.8  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2728  LuxR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 272 aa  53.1  0.000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.108423  normal  0.0203812 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2087  two component LuxR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 217 aa  53.1  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.332036 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4166  LuxR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 243 aa  52.8  0.000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0930  LuxR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 246 aa  52.8  0.000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.6214  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2812  transcriptional regulator, LuxR family  41.38 
 
 		 522 aa  52.4  0.000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000674561  hitchhiker  0.0000653029 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3585  LuxR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 251 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.976883  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4782  LuxR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 251 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.134366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0888  LuxR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 204 aa  50.8  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.227634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5501  LuxR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 242 aa  51.6  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.926313 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4124  LuxR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 269 aa  50.4  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000894771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1600  two component LuxR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 207 aa  50.4  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4190  LuxR family transcriptional regulator  21.59 
 
 		 272 aa  50.4  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3089  two component LuxR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 219 aa  50.1  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0834  LuxR response regulator receiver  39.06 
 
 		 221 aa  49.7  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0179337 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2630  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.88 
 
 		 243 aa  49.7  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0876  LuxR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 269 aa  49.7  0.00005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.118506  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>