More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3373 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3373  putative transcription regulator protein  100 
 
 		 336 aa  690    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05470  putative transcription regulator protein  60.24 
 
 		 356 aa  354  1e-96  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.130575 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7042  LuxR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 237 aa  67  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4530  two component LuxR family transcriptional regulator  59.57 
 
 		 241 aa  58.9  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00470183 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03364  hypothetical protein  41.82 
 
 		 221 aa  57  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0807  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.28 
 
 		 228 aa  56.6  0.0000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.218712 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3333  putative GAF sensor protein  23.03 
 
 		 337 aa  55.8  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000024047  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0915  two component LuxR family transcriptional regulator  57.63 
 
 		 202 aa  55.8  0.000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.000299753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4204  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 202 aa  55.5  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00789571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2446  transcriptional regulator, LuxR family  46.88 
 
 		 188 aa  54.3  0.000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2348  two component LuxR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 219 aa  53.9  0.000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.524488 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2171  two component transcriptional regulator, LuxR family  58.82 
 
 		 227 aa  52.8  0.000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5540  DNA-binding response regulator  39.08 
 
 		 215 aa  52  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2589  transcriptional regulator NarP  45.76 
 
 		 215 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.167087 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2472  transcriptional regulator NarP  45.76 
 
 		 215 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0228  LuxR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 238 aa  52  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2430  transcriptional regulator NarP  45.76 
 
 		 215 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.426027  normal  0.504703 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3003  protein kinase  36.84 
 
 		 792 aa  52  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2486  transcriptional regulator NarP  45.76 
 
 		 215 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.187807  normal  0.0115945 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2381  transcriptional regulator NarP  45.76 
 
 		 215 aa  52  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5591  DNA-binding response regulator  39.08 
 
 		 215 aa  52  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5535  DNA-binding response regulator  39.08 
 
 		 215 aa  52  0.00001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02120  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with NarQ or NarX  45.76 
 
 		 215 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1466  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.76 
 
 		 215 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.25338  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0962  response regulator receiver protein  35.94 
 
 		 304 aa  51.2  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512477  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2331  transcriptional regulator NarP  45.76 
 
 		 215 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0648  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 215 aa  51.6  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0748  transcriptional regulator NarP  45.76 
 
 		 215 aa  51.6  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.251733  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02079  hypothetical protein  45.76 
 
 		 215 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2341  transcriptional regulator NarP  45.76 
 
 		 215 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.277554 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4822  two component LuxR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 223 aa  51.2  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0062  LuxR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 275 aa  51.6  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1457  transcriptional regulator NarP  45.76 
 
 		 215 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.956805 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5417  DNA-binding response regulator  50.94 
 
 		 215 aa  51.6  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3330  transcriptional regulator NarP  45.76 
 
 		 215 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2492  transcriptional regulator NarP  45.76 
 
 		 215 aa  51.6  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 211 aa  51.6  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2455  response regulator VSRC transcription regulator protein  46.3 
 
 		 221 aa  50.8  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5263  DNA-binding response regulator  39.08 
 
 		 215 aa  50.8  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.24037  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5091  response regulator  39.08 
 
 		 215 aa  50.8  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5108  response regulator  39.08 
 
 		 215 aa  50.8  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00235048  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5506  DNA-binding response regulator  39.08 
 
 		 215 aa  50.8  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5661  DNA-binding response regulator  39.08 
 
 		 215 aa  50.8  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4565  two component LuxR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 224 aa  50.8  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.156913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0836  LuxR family two component transcriptional regulator  45.76 
 
 		 224 aa  51.2  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0588074 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2880  two component LuxR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 219 aa  51.2  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.449931 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0652  two component LuxR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 305 aa  51.2  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0800453  normal  0.813173 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0926  regulatory protein, LuxR  45.45 
 
 		 878 aa  50.8  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.289088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2717  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.38 
 
 		 223 aa  50.4  0.00004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2723  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.3 
 
 		 221 aa  50.4  0.00004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2158  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 491 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.714996 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2334  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.3 
 
 		 221 aa  50.4  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.477601  normal  0.267999 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0273  two component LuxR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 231 aa  50.8  0.00004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0972  two component LuxR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 227 aa  50.4  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.299836  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0920  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.02 
 
 		 225 aa  50.8  0.00004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.491034  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2689  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 224 aa  50.4  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.270095  normal  0.632538 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3244  response regulator receiver protein  48 
 
 		 218 aa  50.8  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000568428  normal  0.332742 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6529  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 224 aa  50.1  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.270807  normal  0.114568 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2232  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.02 
 
 		 302 aa  50.1  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.501029  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0759  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.98 
 
 		 221 aa  50.1  0.00005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.174089  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3622  LuxR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 381 aa  50.1  0.00005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.75825 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3765  LuxR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 140 aa  50.1  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.825501  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0191  LuxR family transcriptional regulator  50.94 
 
 		 775 aa  50.1  0.00006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.563436 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2742  LuxR response regulator receiver  31.82 
 
 		 219 aa  50.1  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0576  transcriptional regulator, LuxR family  22.4 
 
 		 367 aa  49.7  0.00006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06950  LuxR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 496 aa  50.1  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.490761  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0408  two component LuxR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 214 aa  50.1  0.00006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.82136  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0852  two component LuxR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 224 aa  50.1  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.852842  normal  0.596615 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0636  LuxR family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 496 aa  49.7  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.223361  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1099  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 213 aa  49.7  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04459  two-component system regulatory protein  42.86 
 
 		 213 aa  49.7  0.00007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0315  LuxR family DNA-binding response regulator  48.98 
 
 		 213 aa  49.3  0.00008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5188  two component response regulator  46.94 
 
 		 220 aa  49.7  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1083  two component LuxR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 316 aa  49.7  0.00008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0218  two component LuxR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 339 aa  49.7  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0331  LuxR family DNA-binding response regulator  48.98 
 
 		 213 aa  49.3  0.00008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.338839  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5205  two component LuxR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 215 aa  49.3  0.00009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0533  two component LuxR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 219 aa  49.3  0.00009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.405575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4258  two component LuxR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 216 aa  49.3  0.00009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1543  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.02 
 
 		 221 aa  49.3  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4913  regulatory protein, LuxR  53.06 
 
 		 567 aa  49.3  0.00009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.203956  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3847  LuxR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 265 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126392  normal  0.51742 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2589  LuxR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 262 aa  48.9  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.658278  normal  0.222146 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0625  two component LuxR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 221 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793996  hitchhiker  0.00440064 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0445  two component LuxR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 212 aa  48.5  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000143028  normal  0.869605 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1690  two component LuxR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 215 aa  49.3  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104312 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5915  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.67 
 
 		 207 aa  48.5  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00974735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6781  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.11 
 
 		 232 aa  49.3  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.516576 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4160  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.19 
 
 		 215 aa  48.9  0.0001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0201669  normal  0.0925574 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4344  two component LuxR family transcriptional regulator  44 
 
 		 219 aa  48.5  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.218307 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0475  transcriptional regulator, LuxR family  46.58 
 
 		 123 aa  48.5  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.282737  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3524  two component LuxR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 353 aa  49.3  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.406085  normal  0.428998 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3591  two component LuxR family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 240 aa  48.5  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.552533  hitchhiker  0.00313735 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0763  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  53.06 
 
 		 919 aa  48.9  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.422144  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4217  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.48 
 
 		 225 aa  48.9  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.000816589  normal  0.757819 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0077  GAF sensor hybrid histidine kinase  46.15 
 
 		 588 aa  48.9  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0897  DNA-binding response regulator, LuxR family  46 
 
 		 207 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2786  two component LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 210 aa  48.1  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0443035  normal  0.922606 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1228  LuxR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 204 aa  47.8  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.118696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2002  two component transcriptional regulator, LuxR family  35 
 
 		 306 aa  48.1  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>