99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3622 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3622  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 381 aa  766    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.75825 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6838  LuxR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 379 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1619  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 405 aa  166  9e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00646137  normal  0.376229 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1539  LuxR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 394 aa  162  7e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.183723  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1529  LuxR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 383 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824388  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1555  regulatory protein, LuxR  32.72 
 
 		 395 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1407  LuxR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 391 aa  145  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5497  LuxR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 395 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2135  LuxR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 397 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3340  regulatory protein, LuxR  28.91 
 
 		 364 aa  102  8e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.212677 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3356  regulatory protein, LuxR  27.86 
 
 		 373 aa  97.1  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.734282 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3777  LuxR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 377 aa  87.8  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0201784  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3222  transcriptional regulator, LuxR family  26.89 
 
 		 385 aa  87  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.566804  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0561  hypothetical protein  24.87 
 
 		 387 aa  87  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.930212  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3595  LuxR family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 381 aa  86.3  9e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.351896  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1379  LuxR family transcriptional regulator  25 
 
 		 385 aa  85.9  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2794  LuxR family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 378 aa  83.2  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0040  transcriptional regulator, LuxR family  25.55 
 
 		 370 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.864605  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0906  regulatory protein LuxR  24.03 
 
 		 388 aa  82.4  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5178  transcriptional regulator, LuxR family  25.38 
 
 		 411 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0039  LuxR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 369 aa  80.1  0.00000000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0051974 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5486  LuxR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 367 aa  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.82971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0385  regulatory protein LuxR  26.56 
 
 		 378 aa  77.4  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3311  response regulator receiver protein  32.09 
 
 		 321 aa  76.3  0.0000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.479786 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2412  hypothetical protein  25.65 
 
 		 377 aa  75.5  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.390021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0576  transcriptional regulator, LuxR family  25.36 
 
 		 367 aa  72.8  0.000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6093  LuxR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 381 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03074  putative transcription regulator protein  29.06 
 
 		 380 aa  70.9  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4474  LuxR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 398 aa  70.9  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00194673 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5960  LuxR family transcriptional regulator  25.07 
 
 		 379 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.37192  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6522  transcriptional regulator, LuxR family  26.26 
 
 		 368 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0560  regulatory protein, LuxR  21.08 
 
 		 369 aa  67.8  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2272  transcriptional regulator, LuxR family  27.51 
 
 		 388 aa  67.4  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5209  LuxR family regulatory protein  25.77 
 
 		 378 aa  67.4  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0612186 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1883  response regulator receiver protein  20.91 
 
 		 374 aa  67.4  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.648739  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1995  regulatory protein LuxR  26.69 
 
 		 388 aa  67  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4636  LuxR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 378 aa  66.6  0.0000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780635  normal  0.0614511 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3054  LuxR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 368 aa  66.2  0.0000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2405  LuxR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 402 aa  65.9  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00445538 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3288  transcriptional regulator, LuxR family  24.68 
 
 		 375 aa  63.5  0.000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.272841 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6379  LuxR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 380 aa  63.5  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2036  alpha/beta hydrolase fold  26.88 
 
 		 588 aa  62.8  0.000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.743168  normal  0.210367 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3089  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 416 aa  62.8  0.000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3041  transcriptional regulator, LuxR family  22.97 
 
 		 405 aa  62.4  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.514708  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5414  LuxR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 191 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2058  regulatory protein, LuxR  27.95 
 
 		 370 aa  61.6  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1493  transcriptional regulator, LuxR family  45.07 
 
 		 370 aa  60.8  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0782  response regulator receiver protein  21.89 
 
 		 370 aa  58.9  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.650923  normal  0.69982 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3539  transcriptional regulator, LuxR family  32.37 
 
 		 229 aa  58.9  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.184303 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0592  LuxR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 362 aa  58.9  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2035  alpha/beta hydrolase fold  28.37 
 
 		 586 aa  58.9  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.420099 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0601  LuxR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 362 aa  59.3  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0424848  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0614  LuxR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 362 aa  59.3  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.987495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3545  LuxR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 394 aa  57.8  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0514  regulatory protein, LuxR  26.94 
 
 		 385 aa  57.4  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02602  putative transcription regulator protein  28.95 
 
 		 380 aa  56.6  0.0000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.125932  normal  0.252722 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0500  regulatory protein, LuxR  21.53 
 
 		 350 aa  55.5  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3415  transcriptional regulator, LuxR family  26.51 
 
 		 394 aa  54.3  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.127954  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4350  transcriptional regulator, LuxR family  30.26 
 
 		 417 aa  53.9  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.626304 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3907  putative transcriptional regulator  27.03 
 
 		 392 aa  53.9  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.488237 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4240  transcriptional regulator, LuxR family  30.26 
 
 		 417 aa  53.9  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3095  regulatory protein LuxR  24.49 
 
 		 386 aa  53.9  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3845  LuxR family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 372 aa  53.1  0.000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.115586  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0062  response regulator receiver domain-containing protein  20.21 
 
 		 369 aa  53.1  0.000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000342742  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0348  putative GAF sensor protein  37.5 
 
 		 341 aa  52.8  0.000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.858795 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3770  regulatory protein, LuxR  25.34 
 
 		 369 aa  51.6  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00240032  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2073  regulatory protein, LuxR  23.91 
 
 		 381 aa  51.2  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3316  LuxR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 207 aa  51.6  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.764523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2418  LuxR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 191 aa  50.8  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.123391 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7854  hypothetical protein  22.74 
 
 		 392 aa  50.8  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.265912 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5477  regulatory protein, LuxR  24.66 
 
 		 378 aa  50.4  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4118  transcriptional regulator, LuxR family  29.87 
 
 		 213 aa  50.1  0.00006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3373  putative transcription regulator protein  28.68 
 
 		 336 aa  50.1  0.00006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4005  transcriptional regulator, LuxR family  29.87 
 
 		 213 aa  50.1  0.00006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.469867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0027  LuxR family transcriptional regulator  22.57 
 
 		 381 aa  50.1  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0744  transcriptional regulator, LuxR family  40.54 
 
 		 339 aa  49.7  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1367  regulatory protein, LuxR  34.74 
 
 		 275 aa  48.9  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00210507 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3562  regulatory protein, LuxR  25.34 
 
 		 393 aa  49.3  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3046  LuxR family transcriptional regulator  22.33 
 
 		 378 aa  48.9  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.343471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7444  LuxR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 363 aa  49.3  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6272  transcriptional regulator, LuxR family  23.81 
 
 		 394 aa  47.4  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.486348 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0035  transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 187 aa  47  0.0006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0538241 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5990  LuxR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 367 aa  46.6  0.0008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0414123 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2281  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.38 
 
 		 214 aa  46.2  0.0009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1423  LuxR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 227 aa  46.2  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143739 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2538  transcriptional regulator, LuxR family  32.08 
 
 		 188 aa  45.8  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6253  transcriptional regulator, LuxR family  28.06 
 
 		 362 aa  46.2  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13460  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  40.32 
 
 		 472 aa  45.1  0.002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1993  LuxR family transcriptional regulator  21.05 
 
 		 374 aa  45.1  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.389797  normal  0.0150442 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1276  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.7 
 
 		 209 aa  45.1  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.161375  normal  0.335829 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06630  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  39.66 
 
 		 215 aa  44.7  0.003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.252447  normal  0.303532 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0648  two component transcriptional regulator, LuxR family  25.93 
 
 		 215 aa  43.9  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1320  transcriptional regulator  23.21 
 
 		 365 aa  44.3  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169892  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3188  LuxR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 368 aa  44.3  0.004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0110301  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4114  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.6 
 
 		 208 aa  43.9  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0576718  normal  0.109105 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0524  hypothetical protein  25.71 
 
 		 253 aa  43.1  0.008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5666  LuxR family transcriptional regulator  23.22 
 
 		 363 aa  42.7  0.01  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.547238  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6520  LuxR family transcriptional regulator  23.22 
 
 		 363 aa  42.7  0.01  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.514397 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6030  LuxR family transcriptional regulator  23.22 
 
 		 363 aa  42.7  0.01  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.795046  normal  0.297975 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>