132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4240 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012857  Rpic12D_4350  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 417 aa  853    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.626304 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4240  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 417 aa  853    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02602  putative transcription regulator protein  82.41 
 
 		 380 aa  627  1e-178  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.125932  normal  0.252722 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3562  regulatory protein, LuxR  48.45 
 
 		 393 aa  325  7e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3907  putative transcriptional regulator  47.42 
 
 		 392 aa  315  9.999999999999999e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.488237 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3356  regulatory protein, LuxR  32 
 
 		 373 aa  80.9  0.00000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.734282 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6093  LuxR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 381 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0601  LuxR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 362 aa  79.3  0.0000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0424848  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0614  LuxR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 362 aa  79.3  0.0000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.987495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0592  LuxR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 362 aa  79  0.0000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0039  LuxR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 369 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0051974 
 
 
-
 
NC_003296  RS03074  putative transcription regulator protein  30.84 
 
 		 380 aa  72.4  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3311  response regulator receiver protein  32.63 
 
 		 321 aa  71.2  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.479786 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3595  LuxR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 381 aa  71.2  0.00000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.351896  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1423  LuxR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 227 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143739 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4098  LuxR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 215 aa  71.2  0.00000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000762213 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3041  transcriptional regulator, LuxR family  27.47 
 
 		 405 aa  70.9  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.514708  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0514  regulatory protein, LuxR  23.8 
 
 		 385 aa  70.5  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5497  LuxR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 395 aa  70.5  0.00000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0500  regulatory protein, LuxR  30.05 
 
 		 350 aa  70.1  0.00000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1407  LuxR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 391 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5414  LuxR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 191 aa  69.7  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2405  LuxR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 402 aa  68.6  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00445538 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0561  hypothetical protein  28.11 
 
 		 387 aa  67.8  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.930212  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1555  regulatory protein, LuxR  29.03 
 
 		 395 aa  67.4  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1619  LuxR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 405 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00646137  normal  0.376229 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3602  hypothetical protein  28.41 
 
 		 374 aa  66.2  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1539  LuxR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 394 aa  65.5  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.183723  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0906  regulatory protein LuxR  28.94 
 
 		 388 aa  65.1  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0027  LuxR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 381 aa  64.7  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5990  LuxR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 367 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0414123 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0560  regulatory protein, LuxR  30 
 
 		 369 aa  63.9  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2073  regulatory protein, LuxR  30.14 
 
 		 381 aa  63.9  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3777  LuxR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 377 aa  63.5  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0201784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2412  hypothetical protein  30.45 
 
 		 377 aa  62.4  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.390021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1529  LuxR family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 383 aa  62  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824388  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2794  LuxR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 378 aa  62  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0499  LuxR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 377 aa  62.4  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.621356  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4474  LuxR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 398 aa  61.2  0.00000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00194673 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3089  LuxR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 416 aa  60.8  0.00000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3046  LuxR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 378 aa  60.8  0.00000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.343471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3316  LuxR family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.764523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0040  transcriptional regulator, LuxR family  24.79 
 
 		 370 aa  60.1  0.00000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.864605  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2538  transcriptional regulator, LuxR family  46.99 
 
 		 188 aa  60.1  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7854  hypothetical protein  27.01 
 
 		 392 aa  60.1  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.265912 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2135  LuxR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 397 aa  59.7  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1379  LuxR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 385 aa  59.7  0.00000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5960  LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 		 379 aa  59.7  0.00000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.37192  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0782  response regulator receiver protein  24.34 
 
 		 370 aa  59.3  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.650923  normal  0.69982 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5178  transcriptional regulator, LuxR family  28.88 
 
 		 411 aa  58.9  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3545  LuxR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 394 aa  57.8  0.0000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1052  regulatory protein, LuxR  29.03 
 
 		 325 aa  55.5  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3054  LuxR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 368 aa  55.5  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1367  regulatory protein, LuxR  43.84 
 
 		 275 aa  54.3  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00210507 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3622  LuxR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 381 aa  53.9  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.75825 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1883  response regulator receiver protein  24.2 
 
 		 374 aa  53.9  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.648739  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2418  LuxR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 191 aa  53.5  0.000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.123391 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3845  LuxR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 372 aa  53.1  0.000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.115586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1992  LuxR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 377 aa  52.8  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0260195 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4636  LuxR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 378 aa  52  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780635  normal  0.0614511 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02650  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  40.68 
 
 		 505 aa  51.6  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6379  LuxR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 380 aa  51.2  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3222  transcriptional regulator, LuxR family  29.03 
 
 		 385 aa  50.8  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.566804  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0035  transcriptional regulator, LuxR family  38.37 
 
 		 187 aa  50.4  0.00005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0538241 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0408  regulatory protein, LuxR  42.53 
 
 		 568 aa  50.4  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2058  regulatory protein, LuxR  23.87 
 
 		 370 aa  50.4  0.00006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0385  regulatory protein LuxR  30.25 
 
 		 378 aa  50.1  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0062  response regulator receiver domain-containing protein  39.74 
 
 		 369 aa  50.1  0.00008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000342742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6522  transcriptional regulator, LuxR family  40.3 
 
 		 368 aa  49.7  0.00009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0440  transcriptional regulator, LuxR family  43.55 
 
 		 526 aa  49.3  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4621  transcriptional regulator, LuxR family  38.1 
 
 		 360 aa  48.5  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.565465  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4118  transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 213 aa  48.9  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2948  response regulator receiver protein  36.49 
 
 		 221 aa  48.5  0.0002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.126231 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5209  LuxR family regulatory protein  26.61 
 
 		 378 aa  48.5  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0612186 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2036  alpha/beta hydrolase fold  45.61 
 
 		 588 aa  48.9  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.743168  normal  0.210367 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4005  transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 213 aa  48.9  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.469867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5486  LuxR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 367 aa  47.8  0.0004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.82971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6838  LuxR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 379 aa  47.8  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1991  LuxR family transcriptional regulator  22.75 
 
 		 375 aa  47.8  0.0004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00358246 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0367  transcriptional regulator, LuxR family  41.38 
 
 		 556 aa  47.4  0.0005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5044  LuxR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 230 aa  47.4  0.0005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.263575  hitchhiker  0.00837426 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0306  two component LuxR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 215 aa  47.4  0.0005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000161342  hitchhiker  0.00000159266 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2035  alpha/beta hydrolase fold  36.27 
 
 		 586 aa  47  0.0006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.420099 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0576  transcriptional regulator, LuxR family  38.71 
 
 		 367 aa  47  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1243  transcriptional regulator, LuxR family  41.38 
 
 		 550 aa  47  0.0007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0768  LuxR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 313 aa  45.8  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3188  LuxR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 368 aa  46.2  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0110301  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3302  LuxR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 221 aa  45.8  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2725  transcriptional regulator, LuxR family  42.25 
 
 		 431 aa  45.8  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1493  transcriptional regulator, LuxR family  29.55 
 
 		 370 aa  45.8  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4266  regulatory protein, LuxR  40.32 
 
 		 330 aa  45.4  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3096  regulatory protein, LuxR  36.49 
 
 		 222 aa  45.4  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.735562  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15290  putative transcriptional regulator  33.71 
 
 		 325 aa  45.1  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0074929  hitchhiker  0.0000000000000265262 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2426  regulatory protein, LuxR  40 
 
 		 578 aa  45.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0946556 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16860  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  34.71 
 
 		 258 aa  45.1  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.85724  normal  0.036031 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0633  LuxR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 224 aa  45.8  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1533  LuxR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 137 aa  45.1  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.717435  normal  0.7082 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0648  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.64 
 
 		 215 aa  45.8  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3539  transcriptional regulator, LuxR family  43.75 
 
 		 229 aa  45.1  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.184303 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4029  ATPase-like protein  44.44 
 
 		 758 aa  45.4  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00633058  normal  0.086403 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>