90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_0408 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_2426  regulatory protein, LuxR  69.78 
 
 		 578 aa  650    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0946556 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0408  regulatory protein, LuxR  100 
 
 		 568 aa  1095    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0768  LuxR family transcriptional regulator  72.95 
 
 		 313 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6131  hypothetical protein  64.53 
 
 		 234 aa  232  2e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3227  LuxR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 545 aa  92  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2035  alpha/beta hydrolase fold  33.03 
 
 		 586 aa  74.3  0.000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.420099 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2036  alpha/beta hydrolase fold  33.33 
 
 		 588 aa  72.8  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.743168  normal  0.210367 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0081  regulatory protein, LuxR  34.44 
 
 		 589 aa  72.8  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.318865  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0293  alpha/beta hydrolase fold protein  39.2 
 
 		 267 aa  68.9  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0813  alpha/beta hydrolase fold  42.65 
 
 		 309 aa  69.3  0.0000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0816  alpha/beta hydrolase fold  40.44 
 
 		 309 aa  64.3  0.000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0721579 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0801  alpha/beta hydrolase fold  40.44 
 
 		 309 aa  64.3  0.000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0087  hypothetical protein  26.38 
 
 		 291 aa  60.5  0.00000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.451342  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2418  LuxR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 191 aa  58.9  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.123391 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5178  transcriptional regulator, LuxR family  36.84 
 
 		 411 aa  57.8  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0592  LuxR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 362 aa  57.4  0.0000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0614  LuxR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 362 aa  57  0.0000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.987495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0601  LuxR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 362 aa  57  0.0000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0424848  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1883  response regulator receiver protein  25.37 
 
 		 374 aa  55.5  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.648739  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0062  response regulator receiver domain-containing protein  39.76 
 
 		 369 aa  55.1  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000342742  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6093  LuxR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 381 aa  54.7  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0040  transcriptional regulator, LuxR family  34.62 
 
 		 370 aa  54.3  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.864605  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0111  alpha/beta hydrolase fold  40.19 
 
 		 321 aa  54.7  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0670852 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0039  LuxR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 369 aa  54.3  0.000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0051974 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2299  alpha/beta hydrolase fold protein  42.42 
 
 		 296 aa  53.9  0.000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5414  LuxR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 191 aa  53.5  0.000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0027  LuxR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 381 aa  53.1  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02602  putative transcription regulator protein  37.72 
 
 		 380 aa  52.4  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.125932  normal  0.252722 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3545  LuxR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 394 aa  52  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4474  LuxR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 398 aa  52  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00194673 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2706  alpha/beta hydrolase fold  38.83 
 
 		 304 aa  51.2  0.00005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1153  Alpha/beta hydrolase fold  35.25 
 
 		 299 aa  51.2  0.00005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2750  alpha/beta hydrolase fold  38.83 
 
 		 304 aa  51.2  0.00005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2736  alpha/beta hydrolase fold  38.83 
 
 		 304 aa  51.2  0.00005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.400855  normal  0.0807859 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0514  regulatory protein, LuxR  30.59 
 
 		 385 aa  51.2  0.00006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2217  hydrolase, alpha/beta hydrolase fold family  40.83 
 
 		 297 aa  50.8  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1870  alpha/beta hydrolase fold  40.83 
 
 		 297 aa  50.8  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.368078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7960  alpha/beta hydrolase fold protein  38.24 
 
 		 300 aa  50.4  0.00009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0782  response regulator receiver protein  40.32 
 
 		 370 aa  50.4  0.00009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.650923  normal  0.69982 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3162  alpha/beta hydrolase fold protein  33.73 
 
 		 294 aa  50.4  0.00009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.571946 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4118  transcriptional regulator, LuxR family  35.71 
 
 		 213 aa  50.1  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1917  alpha/beta hydrolase fold protein  33.33 
 
 		 310 aa  50.1  0.0001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0576  transcriptional regulator, LuxR family  39.02 
 
 		 367 aa  50.4  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0035  transcriptional regulator, LuxR family  39.24 
 
 		 187 aa  49.7  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0538241 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4240  transcriptional regulator, LuxR family  42.53 
 
 		 417 aa  50.4  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4350  transcriptional regulator, LuxR family  42.53 
 
 		 417 aa  50.4  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.626304 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4005  transcriptional regulator, LuxR family  35.71 
 
 		 213 aa  50.1  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.469867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5449  alpha/beta hydrolase fold  38.1 
 
 		 272 aa  49.7  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.343862 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0797  alpha/beta hydrolase fold  43.42 
 
 		 316 aa  49.7  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0173044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3046  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 378 aa  48.5  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.343471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5486  LuxR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 367 aa  48.9  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.82971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0189  alpha/beta family hydrolase  35.77 
 
 		 314 aa  48.5  0.0004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2794  LuxR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 378 aa  48.5  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5960  LuxR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 379 aa  48.1  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.37192  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3565  regulatory protein LuxR  29.03 
 
 		 376 aa  47.8  0.0005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1379  LuxR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 385 aa  47.8  0.0006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3602  hypothetical protein  40.91 
 
 		 374 aa  47.4  0.0007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03074  putative transcription regulator protein  43.1 
 
 		 380 aa  47.4  0.0007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5766  alpha/beta hydrolase fold protein  32.48 
 
 		 302 aa  47  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5256  alpha/beta hydrolase fold  36.46 
 
 		 302 aa  47  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296577  normal  0.181761 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0894  proline iminopeptidase  33.86 
 
 		 311 aa  46.6  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3041  transcriptional regulator, LuxR family  45.31 
 
 		 405 aa  46.6  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.514708  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1122  proline iminopeptidase  32.5 
 
 		 339 aa  47  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.29642  normal  0.0858208 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11215  hypothetical protein  35.92 
 
 		 304 aa  46.6  0.001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00309878  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8768  putative hydrolase  39.52 
 
 		 272 aa  46.6  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2581  proline iminopeptidase  34.4 
 
 		 328 aa  47  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0630978 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2939  regulatory protein LuxR  38.46 
 
 		 128 aa  46.2  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3278  alpha/beta hydrolase fold  32.52 
 
 		 305 aa  45.8  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.654015  normal  0.634842 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13341  hypothetical protein  44.07 
 
 		 308 aa  45.4  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.650315 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05308  conserved hypothetical protein  42.11 
 
 		 137 aa  45.8  0.002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0561  hypothetical protein  41.18 
 
 		 387 aa  45.1  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.930212  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2488  LuxR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 359 aa  45.4  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.008035 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2126  alpha/beta hydrolase fold protein  39.62 
 
 		 263 aa  45.4  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3054  LuxR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 368 aa  45.1  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3435  alpha/beta hydrolase fold  27.31 
 
 		 302 aa  45.4  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.898623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2997  alpha/beta hydrolase fold  33.98 
 
 		 306 aa  45.1  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0607383  normal  0.79762 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1423  LuxR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 227 aa  45.1  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143739 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0516  alpha/beta hydrolase fold protein  43.62 
 
 		 291 aa  45.1  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.241118 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0560  regulatory protein, LuxR  43.75 
 
 		 369 aa  44.3  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2015  response regulator receiver protein  41.67 
 
 		 130 aa  44.7  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.842391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2625  alpha/beta hydrolase fold protein  37.29 
 
 		 302 aa  44.3  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000189214  hitchhiker  0.00302353 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5209  LuxR family regulatory protein  27.89 
 
 		 378 aa  44.3  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0612186 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01230  proline iminopeptidase  28.67 
 
 		 325 aa  44.3  0.006  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2315  prolyl aminopeptidase  32 
 
 		 319 aa  44.3  0.006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000889953  hitchhiker  0.0000338054 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6253  transcriptional regulator, LuxR family  34.43 
 
 		 362 aa  43.9  0.008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3316  LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 207 aa  43.5  0.009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.764523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3540  alpha/beta hydrolase  34.78 
 
 		 295 aa  43.9  0.009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.291632  normal  0.258269 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2133  proline iminopeptidase  32.8 
 
 		 315 aa  43.5  0.01  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2412  hypothetical protein  37.5 
 
 		 377 aa  43.5  0.01  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.390021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2154  alpha/beta hydrolase fold protein  31.71 
 
 		 257 aa  43.5  0.01  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0016859 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>