98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3777 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_3777  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 377 aa  760    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0201784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2794  LuxR family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 378 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5178  transcriptional regulator, LuxR family  30.85 
 
 		 411 aa  167  4e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1379  LuxR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 385 aa  153  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4474  LuxR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 398 aa  152  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00194673 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3222  transcriptional regulator, LuxR family  28.57 
 
 		 385 aa  132  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.566804  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1991  LuxR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 375 aa  104  3e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00358246 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1993  LuxR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 374 aa  99.4  9e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.389797  normal  0.0150442 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6379  LuxR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 380 aa  98.2  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0385  regulatory protein LuxR  26.05 
 
 		 378 aa  95.9  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5497  LuxR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 395 aa  94  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2135  LuxR family transcriptional regulator  22.66 
 
 		 397 aa  92.8  8e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1619  LuxR family transcriptional regulator  24.77 
 
 		 405 aa  92.8  9e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00646137  normal  0.376229 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0601  LuxR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 362 aa  92.4  1e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0424848  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0614  LuxR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 362 aa  92.4  1e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.987495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1992  LuxR family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 377 aa  92.4  1e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0260195 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5209  LuxR family regulatory protein  28 
 
 		 378 aa  91.3  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0612186 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0592  LuxR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 362 aa  90.9  3e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1529  LuxR family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 383 aa  90.1  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824388  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2405  LuxR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 402 aa  89  1e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00445538 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3622  LuxR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 381 aa  87.8  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.75825 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1539  LuxR family transcriptional regulator  22.57 
 
 		 394 aa  87.4  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.183723  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0576  transcriptional regulator, LuxR family  21.98 
 
 		 367 aa  84  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3054  LuxR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 368 aa  82.8  0.000000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1407  LuxR family transcriptional regulator  23.43 
 
 		 391 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5486  LuxR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 367 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.82971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2412  hypothetical protein  25.27 
 
 		 377 aa  81.3  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.390021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1555  regulatory protein, LuxR  22.19 
 
 		 395 aa  80.9  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6838  LuxR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 379 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5960  LuxR family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 379 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.37192  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0040  transcriptional regulator, LuxR family  25.9 
 
 		 370 aa  74.3  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.864605  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3845  LuxR family transcriptional regulator  22.5 
 
 		 372 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.115586  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2379  transcriptional regulator, LuxR family  30 
 
 		 377 aa  68.9  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.207918  decreased coverage  0.00252302 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3041  transcriptional regulator, LuxR family  21.51 
 
 		 405 aa  68.2  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.514708  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0027  LuxR family transcriptional regulator  21.45 
 
 		 381 aa  67.8  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3356  regulatory protein, LuxR  22.61 
 
 		 373 aa  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.734282 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3595  LuxR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 381 aa  65.9  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.351896  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6520  LuxR family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 363 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.514397 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6030  LuxR family transcriptional regulator  23.72 
 
 		 363 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.795046  normal  0.297975 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5666  LuxR family transcriptional regulator  23.72 
 
 		 363 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.547238  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4350  transcriptional regulator, LuxR family  22.93 
 
 		 417 aa  63.5  0.000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.626304 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0561  hypothetical protein  21.69 
 
 		 387 aa  63.9  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.930212  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4240  transcriptional regulator, LuxR family  22.93 
 
 		 417 aa  63.5  0.000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0039  LuxR family transcriptional regulator  24.27 
 
 		 369 aa  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0051974 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6093  LuxR family transcriptional regulator  24.16 
 
 		 381 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7444  LuxR family transcriptional regulator  22.64 
 
 		 363 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3545  LuxR family transcriptional regulator  21.98 
 
 		 394 aa  62  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4636  LuxR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 378 aa  62  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780635  normal  0.0614511 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2272  transcriptional regulator, LuxR family  22.85 
 
 		 388 aa  61.2  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3311  response regulator receiver protein  31.35 
 
 		 321 aa  60.8  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.479786 
 
 
-
 
NC_003296  RS02602  putative transcription regulator protein  23.3 
 
 		 380 aa  59.7  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.125932  normal  0.252722 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1995  regulatory protein LuxR  22.58 
 
 		 388 aa  60.1  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3046  LuxR family transcriptional regulator  24.93 
 
 		 378 aa  59.3  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.343471  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6253  transcriptional regulator, LuxR family  24.21 
 
 		 362 aa  58.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0500  regulatory protein, LuxR  21.97 
 
 		 350 aa  57  0.0000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3288  transcriptional regulator, LuxR family  25.46 
 
 		 375 aa  56.2  0.0000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.272841 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1538  LuxR family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 385 aa  55.8  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.437117 
 
 
-
 
NC_003296  RS03074  putative transcription regulator protein  25.56 
 
 		 380 aa  54.7  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1493  transcriptional regulator, LuxR family  33.65 
 
 		 370 aa  54.3  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5477  regulatory protein, LuxR  24.09 
 
 		 378 aa  53.9  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0906  regulatory protein LuxR  21.28 
 
 		 388 aa  53.1  0.000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6522  transcriptional regulator, LuxR family  24.66 
 
 		 368 aa  52  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3089  LuxR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 416 aa  51.2  0.00003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0560  regulatory protein, LuxR  22.04 
 
 		 369 aa  50.4  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3415  transcriptional regulator, LuxR family  24.54 
 
 		 394 aa  50.4  0.00005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.127954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3095  regulatory protein LuxR  24.54 
 
 		 386 aa  50.1  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3562  regulatory protein, LuxR  27.23 
 
 		 393 aa  50.1  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3333  putative GAF sensor protein  23.08 
 
 		 337 aa  49.7  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000024047  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0499  LuxR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 377 aa  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.621356  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1052  regulatory protein, LuxR  26.25 
 
 		 325 aa  47.4  0.0004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1423  LuxR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 227 aa  47  0.0006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143739 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4098  LuxR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 215 aa  46.2  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000762213 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1964  transcriptional regulator, LuxR family  30.88 
 
 		 194 aa  45.1  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.666792  normal  0.751243 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2035  alpha/beta hydrolase fold  25.9 
 
 		 586 aa  45.4  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.420099 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4220  LuxR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 222 aa  44.3  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.848445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3907  putative transcriptional regulator  24.93 
 
 		 392 aa  44.7  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.488237 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7854  hypothetical protein  25.62 
 
 		 392 aa  44.7  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.265912 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0295  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  41.33 
 
 		 901 aa  44.3  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03222  hypothetical protein  41.33 
 
 		 901 aa  44.3  0.004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00528923  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03270  transcriptional regulator MalT  41.33 
 
 		 901 aa  44.3  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00934962  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3831  transcriptional regulator MalT  41.33 
 
 		 901 aa  44.3  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3616  transcriptional regulator MalT  41.33 
 
 		 901 aa  44.3  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0295  transcriptional regulator MalT  41.33 
 
 		 901 aa  44.3  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.464909 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3714  transcriptional regulator MalT  41.33 
 
 		 901 aa  43.9  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6272  transcriptional regulator, LuxR family  35.71 
 
 		 394 aa  43.9  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.486348 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3789  transcriptional regulator MalT  41.33 
 
 		 901 aa  43.9  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3885  transcriptional regulator MalT  41.33 
 
 		 902 aa  43.9  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3717  transcriptional regulator MalT  41.33 
 
 		 901 aa  43.9  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3823  transcriptional regulator MalT  41.33 
 
 		 901 aa  43.9  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268029  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4229  two component LuxR family transcriptional regulator  46.77 
 
 		 270 aa  43.1  0.007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.104641 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0160  transcriptional regulator MalT  37.23 
 
 		 903 aa  43.1  0.008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.814727  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3994  transcriptional regulator MalT  37.23 
 
 		 903 aa  43.1  0.008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3129  transcriptional regulator MalT  28.48 
 
 		 914 aa  43.1  0.008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0535917  decreased coverage  0.00386402 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3839  regulatory protein, LuxR  48.28 
 
 		 268 aa  43.1  0.009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0514  regulatory protein, LuxR  26.73 
 
 		 385 aa  42.7  0.009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3699  transcriptional regulator MalT  45.83 
 
 		 901 aa  42.7  0.01  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.203267  normal  0.15955 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4637  transcriptional regulator MalT  39.51 
 
 		 904 aa  42.7  0.01  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3894  transcriptional regulator MalT  45.83 
 
 		 901 aa  42.7  0.01  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>