87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2794 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2794  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 378 aa  770    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3777  LuxR family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 377 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0201784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4474  LuxR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 398 aa  162  6e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00194673 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5178  transcriptional regulator, LuxR family  30.79 
 
 		 411 aa  160  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3222  transcriptional regulator, LuxR family  30.61 
 
 		 385 aa  151  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.566804  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1379  LuxR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 385 aa  150  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2412  hypothetical protein  30.2 
 
 		 377 aa  105  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.390021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0592  LuxR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 362 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0614  LuxR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 362 aa  102  1e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.987495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0601  LuxR family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 362 aa  102  1e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0424848  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1993  LuxR family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 374 aa  102  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.389797  normal  0.0150442 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5497  LuxR family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 395 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1991  LuxR family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 375 aa  98.6  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00358246 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1992  LuxR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 377 aa  95.5  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0260195 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0385  regulatory protein LuxR  24.93 
 
 		 378 aa  95.1  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3041  transcriptional regulator, LuxR family  24.45 
 
 		 405 aa  94  3e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.514708  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6379  LuxR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 380 aa  93.2  6e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2135  LuxR family transcriptional regulator  23.04 
 
 		 397 aa  88.2  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0576  transcriptional regulator, LuxR family  22.97 
 
 		 367 aa  87.8  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5960  LuxR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 379 aa  87.4  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.37192  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2379  transcriptional regulator, LuxR family  26.72 
 
 		 377 aa  86.7  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.207918  decreased coverage  0.00252302 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2405  LuxR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 402 aa  85.9  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00445538 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1529  LuxR family transcriptional regulator  24.15 
 
 		 383 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824388  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1619  LuxR family transcriptional regulator  24.1 
 
 		 405 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00646137  normal  0.376229 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3622  LuxR family transcriptional regulator  23.99 
 
 		 381 aa  83.2  0.000000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.75825 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1407  LuxR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 391 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2272  transcriptional regulator, LuxR family  25.41 
 
 		 388 aa  73.2  0.000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1995  regulatory protein LuxR  25.41 
 
 		 388 aa  72.8  0.000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1883  response regulator receiver protein  21.87 
 
 		 374 aa  72  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.648739  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5486  LuxR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 367 aa  69.7  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.82971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0561  hypothetical protein  22.61 
 
 		 387 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.930212  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1539  LuxR family transcriptional regulator  21.05 
 
 		 394 aa  67.8  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.183723  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0514  regulatory protein, LuxR  24.14 
 
 		 385 aa  67  0.0000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0040  transcriptional regulator, LuxR family  25.2 
 
 		 370 aa  67  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.864605  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3845  LuxR family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 372 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.115586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6093  LuxR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 381 aa  63.2  0.000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03074  putative transcription regulator protein  25.46 
 
 		 380 aa  62.4  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02602  putative transcription regulator protein  25.69 
 
 		 380 aa  62.8  0.00000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.125932  normal  0.252722 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3595  LuxR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 381 aa  62.4  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.351896  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4240  transcriptional regulator, LuxR family  26.94 
 
 		 417 aa  62  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0560  regulatory protein, LuxR  21.54 
 
 		 369 aa  61.6  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4350  transcriptional regulator, LuxR family  26.94 
 
 		 417 aa  62  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.626304 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6838  LuxR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 379 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5209  LuxR family regulatory protein  23.58 
 
 		 378 aa  61.2  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0612186 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3415  transcriptional regulator, LuxR family  22.17 
 
 		 394 aa  60.8  0.00000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.127954  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3095  regulatory protein LuxR  22.17 
 
 		 386 aa  60.8  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2073  regulatory protein, LuxR  24.06 
 
 		 381 aa  58.5  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1052  regulatory protein, LuxR  30 
 
 		 325 aa  57  0.0000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1555  regulatory protein, LuxR  21.04 
 
 		 395 aa  56.6  0.0000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0027  LuxR family transcriptional regulator  19.18 
 
 		 381 aa  56.2  0.0000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0782  response regulator receiver protein  20.65 
 
 		 370 aa  55.8  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.650923  normal  0.69982 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3288  transcriptional regulator, LuxR family  21.96 
 
 		 375 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.272841 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1538  LuxR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 385 aa  55.5  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.437117 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0039  LuxR family transcriptional regulator  24.12 
 
 		 369 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0051974 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3356  regulatory protein, LuxR  21.16 
 
 		 373 aa  55.1  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.734282 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7854  hypothetical protein  24.4 
 
 		 392 aa  51.6  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.265912 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4005  transcriptional regulator, LuxR family  39.44 
 
 		 213 aa  50.8  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.469867  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4118  transcriptional regulator, LuxR family  39.44 
 
 		 213 aa  50.8  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1423  LuxR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 227 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143739 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5990  LuxR family transcriptional regulator  20.98 
 
 		 367 aa  50.1  0.00006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0414123 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4636  LuxR family transcriptional regulator  32 
 
 		 378 aa  50.1  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780635  normal  0.0614511 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24540  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  33.33 
 
 		 536 aa  49.7  0.00008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0408  regulatory protein, LuxR  33.73 
 
 		 568 aa  48.5  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2035  alpha/beta hydrolase fold  25.86 
 
 		 586 aa  47.8  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.420099 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3907  putative transcriptional regulator  23.08 
 
 		 392 aa  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.488237 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3562  regulatory protein, LuxR  22.81 
 
 		 393 aa  47.8  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2058  regulatory protein, LuxR  23.53 
 
 		 370 aa  47.8  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04789  putative transcription regulator protein  37.29 
 
 		 232 aa  47  0.0006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.814651  normal  0.0984639 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0440  transcriptional regulator, LuxR family  33.82 
 
 		 526 aa  46.6  0.0007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7444  LuxR family transcriptional regulator  20.65 
 
 		 363 aa  46.2  0.0008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3539  transcriptional regulator, LuxR family  31.07 
 
 		 229 aa  46.2  0.0009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.184303 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0500  regulatory protein, LuxR  19.55 
 
 		 350 aa  45.8  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3333  putative GAF sensor protein  21.56 
 
 		 337 aa  45.8  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000024047  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0906  regulatory protein LuxR  21.79 
 
 		 388 aa  45.1  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0108  transcriptional regulator, LuxR family  32.84 
 
 		 493 aa  45.4  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.44109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3089  LuxR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 416 aa  43.9  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3054  LuxR family transcriptional regulator  22.55 
 
 		 368 aa  43.9  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0520  transcriptional regulator, LuxR family  39.06 
 
 		 520 aa  44.3  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.1412 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1243  transcriptional regulator, LuxR family  41.07 
 
 		 550 aa  43.9  0.004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2290  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 208 aa  43.9  0.005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00802134  hitchhiker  0.000628596 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0529  transcriptional regulator, LuxR family  34.62 
 
 		 518 aa  43.9  0.005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.401207  normal  0.573322 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0615  transcriptional regulator, LuxR family  34.29 
 
 		 462 aa  43.1  0.007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.000000110739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1027  LuxR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 222 aa  43.5  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2873  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 282 aa  43.1  0.008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246205  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0421  transcriptional regulator, LuxR family  30.3 
 
 		 552 aa  42.7  0.009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0413788  hitchhiker  0.00000000225621 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03730  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  38.18 
 
 		 426 aa  43.1  0.009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.532687  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3038  transcriptional regulator, LuxR family  30.88 
 
 		 569 aa  43.1  0.009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>