More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4005 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_4005  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 213 aa  422  1e-117  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.469867  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4118  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 213 aa  422  1e-117  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04789  putative transcription regulator protein  56.13 
 
 		 232 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.814651  normal  0.0984639 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0601  LuxR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 362 aa  65.9  0.0000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0424848  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0614  LuxR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 362 aa  65.9  0.0000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.987495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0592  LuxR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 362 aa  65.9  0.0000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3038  transcriptional regulator, LuxR family  44.07 
 
 		 569 aa  61.2  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2779  transcriptional regulator, LuxR family  45.16 
 
 		 505 aa  61.2  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.980405 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0108  transcriptional regulator, LuxR family  39.34 
 
 		 493 aa  56.2  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.44109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0597  transcriptional regulator, LuxR family  48.21 
 
 		 493 aa  55.8  0.0000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.882562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2696  transcriptional regulator, LuxR family  38.16 
 
 		 535 aa  55.1  0.0000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05580  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  41.94 
 
 		 512 aa  55.5  0.0000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.735856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0040  transcriptional regulator, LuxR family  44.78 
 
 		 370 aa  55.1  0.0000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.864605  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03610  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  46.43 
 
 		 470 aa  54.3  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.166414  normal  0.0491532 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03730  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  43.64 
 
 		 426 aa  54.3  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.532687  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1389  transcriptional regulator, LuxR family  31.91 
 
 		 478 aa  53.5  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.544965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1027  LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 222 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1879  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  49.12 
 
 		 839 aa  53.9  0.000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2786  transcriptional regulator, LuxR family  41.27 
 
 		 511 aa  53.1  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0490323 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13650  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  43.64 
 
 		 464 aa  53.1  0.000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26890  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  37.7 
 
 		 515 aa  52.8  0.000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0027  LuxR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 381 aa  52.8  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4558  LuxR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 266 aa  52.8  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2655  transcriptional regulator, LuxR family  43.64 
 
 		 470 aa  52.8  0.000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.149331 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0506  transcriptional regulator, LuxR family  40.98 
 
 		 519 aa  52.8  0.000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.274884 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0181  transcriptional regulator, LuxR family  48.15 
 
 		 600 aa  52.8  0.000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.294561  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0615  transcriptional regulator, LuxR family  45 
 
 		 462 aa  52.4  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.000000110739  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0062  LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 275 aa  52.4  0.000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00480  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  39.34 
 
 		 606 aa  52.4  0.000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00118843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0436  transcriptional regulator, LuxR family  42.11 
 
 		 501 aa  52  0.000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1616  response regulator receiver  37.04 
 
 		 210 aa  52  0.000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.869432  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0368  transcriptional regulator, LuxR family  36.76 
 
 		 516 aa  52  0.000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3545  LuxR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 394 aa  51.6  0.000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2932  transcriptional regulator, LuxR family  40.98 
 
 		 492 aa  51.2  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23080  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  38.46 
 
 		 545 aa  50.8  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.865531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0039  LuxR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 369 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0051974 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2794  LuxR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 378 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2114  transcriptional regulator, LuxR family  45.45 
 
 		 191 aa  50.8  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000451621  normal  0.459179 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0496  transcriptional regulator, LuxR family  37.29 
 
 		 510 aa  51.2  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.484054 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06810  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  42.37 
 
 		 520 aa  50.8  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.521043 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3046  LuxR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 378 aa  50.8  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.343471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0531  transcriptional regulator, LuxR family  42.11 
 
 		 529 aa  50.8  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.614613  normal  0.848046 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24540  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  38.1 
 
 		 536 aa  50.8  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2699  transcriptional regulator, LuxR family  39.47 
 
 		 478 aa  50.8  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3562  regulatory protein, LuxR  30.77 
 
 		 393 aa  50.8  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2015  response regulator receiver protein  42.62 
 
 		 130 aa  50.4  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.842391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0768  LuxR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 313 aa  50.4  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3089  LuxR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 416 aa  50.4  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0518  transcriptional regulator, LuxR family  43.64 
 
 		 488 aa  50.8  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.982453  normal  0.339001 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0133  transcriptional regulator, LuxR family  45.45 
 
 		 480 aa  50.4  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.384824 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5022  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 947 aa  50.1  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.362862  normal  0.157407 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13550  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  48 
 
 		 506 aa  50.8  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0612  LuxR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 252 aa  50.8  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2426  regulatory protein, LuxR  41.54 
 
 		 578 aa  50.1  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0946556 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1005  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.86 
 
 		 211 aa  50.4  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3356  regulatory protein, LuxR  41.38 
 
 		 373 aa  50.4  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.734282 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3622  LuxR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 381 aa  50.1  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.75825 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3175  response regulator receiver protein  34.92 
 
 		 250 aa  50.4  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000721008  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3847  LuxR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 265 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126392  normal  0.51742 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1191  LuxR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 275 aa  50.1  0.00003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3188  LuxR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 368 aa  50.1  0.00003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0110301  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3498  transcriptional regulator, LuxR family  43.64 
 
 		 73 aa  49.7  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2405  LuxR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 402 aa  50.1  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00445538 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0976  transcriptional regulator, LuxR family  39.06 
 
 		 501 aa  49.7  0.00003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.018057 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20840  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  42.62 
 
 		 524 aa  50.1  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.982335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2589  LuxR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 262 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.658278  normal  0.222146 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0408  regulatory protein, LuxR  35.71 
 
 		 568 aa  50.1  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5486  LuxR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 367 aa  49.7  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.82971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1592  transcriptional regulator, LuxR family  42.62 
 
 		 518 aa  49.3  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355637 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13460  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  43.64 
 
 		 472 aa  49.7  0.00004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0617  transcriptional regulator, LuxR family  42.11 
 
 		 505 aa  49.7  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0935525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11180  putative transcriptional regulator  41.07 
 
 		 222 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0312289  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2795  transcriptional regulator, LuxR family  42.31 
 
 		 468 aa  49.3  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000289432 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0445  transcriptional regulator, LuxR family  37.7 
 
 		 534 aa  49.3  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3022  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  38.6 
 
 		 485 aa  49.3  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.709367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6093  LuxR family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 381 aa  49.3  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0523  transcriptional regulator, LuxR family  38.46 
 
 		 511 aa  49.3  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.500884  normal  0.253762 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4164  LuxR transcriptional regulator  47.17 
 
 		 960 aa  48.9  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.950161  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0440  transcriptional regulator, LuxR family  43.86 
 
 		 526 aa  49.3  0.00005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3907  putative transcriptional regulator  42.62 
 
 		 392 aa  48.9  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.488237 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4160  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.95 
 
 		 215 aa  49.3  0.00005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0201669  normal  0.0925574 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0663  two component LuxR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 219 aa  48.9  0.00005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2108  transcriptional regulator, LuxR family  34.43 
 
 		 516 aa  48.9  0.00005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00926757  normal  0.183235 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4240  transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 417 aa  48.9  0.00006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2723  transcriptional regulator, LuxR family  37.7 
 
 		 509 aa  48.9  0.00006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.397924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1542  putative transcriptional regulator  44.64 
 
 		 262 aa  48.9  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.409159  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16610  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  37.7 
 
 		 491 aa  48.9  0.00006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0119595  normal  0.714327 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17720  LuxR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 261 aa  48.9  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000142633  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0473  transcriptional regulator, LuxR family  38.24 
 
 		 488 aa  48.9  0.00006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.815594  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1008  transcriptional regulator, LuxR family  32 
 
 		 495 aa  48.9  0.00006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.831923  normal  0.0679507 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1423  LuxR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 227 aa  48.9  0.00006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143739 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4350  transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 417 aa  48.9  0.00006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.626304 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0160  response regulator receiver protein  39.29 
 
 		 279 aa  48.5  0.00007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0520  transcriptional regulator, LuxR family  39.34 
 
 		 520 aa  48.5  0.00007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.1412 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12700  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  40 
 
 		 488 aa  48.5  0.00007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0514  transcriptional regulator, LuxR family  32.84 
 
 		 493 aa  48.5  0.00008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.559597 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08650  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  36.36 
 
 		 508 aa  48.5  0.00008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.197798  normal  0.463051 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0289  transcriptional regulator, LuxR family  36.36 
 
 		 498 aa  48.5  0.00008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.797409 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5955  two component LuxR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 215 aa  48.1  0.00008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.132796 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1966  two component transcriptional regulator, LuxR family  36 
 
 		 218 aa  48.1  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>