112 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2073 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_2073  regulatory protein, LuxR  100 
 
 
381 aa  731    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3356  regulatory protein, LuxR  36.77 
 
 
373 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.734282 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3595  LuxR family transcriptional regulator  33.16 
 
 
381 aa  161  2e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.351896  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1539  LuxR family transcriptional regulator  31.17 
 
 
394 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.183723  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1555  regulatory protein, LuxR  30.35 
 
 
395 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1619  LuxR family transcriptional regulator  29.63 
 
 
405 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00646137  normal  0.376229 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1529  LuxR family transcriptional regulator  31.64 
 
 
383 aa  123  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824388  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1407  LuxR family transcriptional regulator  28.97 
 
 
391 aa  123  5e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5497  LuxR family transcriptional regulator  31.23 
 
 
395 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6838  LuxR family transcriptional regulator  26.76 
 
 
379 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02602  putative transcription regulator protein  27.05 
 
 
380 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.125932  normal  0.252722 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3041  transcriptional regulator, LuxR family  28.08 
 
 
405 aa  82  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.514708  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0514  regulatory protein, LuxR  28.69 
 
 
385 aa  77.8  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2135  LuxR family transcriptional regulator  23.99 
 
 
397 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3089  LuxR family transcriptional regulator  32.98 
 
 
416 aa  73.9  0.000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0601  LuxR family transcriptional regulator  33.05 
 
 
362 aa  72.8  0.00000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0424848  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0614  LuxR family transcriptional regulator  33.05 
 
 
362 aa  72.8  0.00000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.987495  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4350  transcriptional regulator, LuxR family  30.14 
 
 
417 aa  72.8  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.626304 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1991  LuxR family transcriptional regulator  26.85 
 
 
375 aa  72.8  0.00000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00358246 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4240  transcriptional regulator, LuxR family  30.14 
 
 
417 aa  72.8  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0592  LuxR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
362 aa  71.2  0.00000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0500  regulatory protein, LuxR  28.53 
 
 
350 aa  68.9  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3907  putative transcriptional regulator  30.05 
 
 
392 aa  69.3  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.488237 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5209  LuxR family regulatory protein  27.72 
 
 
378 aa  68.2  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0612186 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1992  LuxR family transcriptional regulator  24.11 
 
 
377 aa  68.2  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0260195 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3562  regulatory protein, LuxR  29.82 
 
 
393 aa  67  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2794  LuxR family transcriptional regulator  24.06 
 
 
378 aa  66.6  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3340  regulatory protein, LuxR  31.39 
 
 
364 aa  65.5  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.212677 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0782  response regulator receiver protein  20.5 
 
 
370 aa  65.5  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.650923  normal  0.69982 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1993  LuxR family transcriptional regulator  23.12 
 
 
374 aa  64.7  0.000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.389797  normal  0.0150442 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2412  hypothetical protein  31.72 
 
 
377 aa  63.5  0.000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.390021  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6093  LuxR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
381 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3054  LuxR family transcriptional regulator  48.72 
 
 
368 aa  62.8  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5486  LuxR family transcriptional regulator  33.64 
 
 
367 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.82971  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5960  LuxR family transcriptional regulator  30.57 
 
 
379 aa  62  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.37192  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6379  LuxR family transcriptional regulator  28.23 
 
 
380 aa  61.6  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2538  transcriptional regulator, LuxR family  43.04 
 
 
188 aa  60.8  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3622  LuxR family transcriptional regulator  23.91 
 
 
381 aa  60.5  0.00000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.75825 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0040  transcriptional regulator, LuxR family  30.26 
 
 
370 aa  60.5  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.864605  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3316  LuxR family transcriptional regulator  41.77 
 
 
207 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.764523  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1883  response regulator receiver protein  20.46 
 
 
374 aa  58.9  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.648739  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1423  LuxR family transcriptional regulator  45.57 
 
 
227 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000143739 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4636  LuxR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
378 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780635  normal  0.0614511 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0561  hypothetical protein  25.72 
 
 
387 aa  57.4  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.930212  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2405  LuxR family transcriptional regulator  25.13 
 
 
402 aa  57.4  0.0000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00445538 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2272  transcriptional regulator, LuxR family  27.06 
 
 
388 aa  57  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0027  LuxR family transcriptional regulator  27.85 
 
 
381 aa  56.2  0.0000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6522  transcriptional regulator, LuxR family  32.65 
 
 
368 aa  56.2  0.0000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1995  regulatory protein LuxR  27.06 
 
 
388 aa  56.2  0.0000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5414  LuxR family transcriptional regulator  35.65 
 
 
191 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3311  response regulator receiver protein  30.05 
 
 
321 aa  55.1  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.479786 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1493  transcriptional regulator, LuxR family  44 
 
 
370 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03074  putative transcription regulator protein  29.03 
 
 
380 aa  54.7  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3545  LuxR family transcriptional regulator  30.08 
 
 
394 aa  53.9  0.000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1379  LuxR family transcriptional regulator  25 
 
 
385 aa  54.3  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2035  alpha/beta hydrolase fold  51.72 
 
 
586 aa  53.9  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.420099 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0039  LuxR family transcriptional regulator  31 
 
 
369 aa  53.9  0.000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0051974 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3539  transcriptional regulator, LuxR family  40.54 
 
 
229 aa  54.3  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.184303 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0906  regulatory protein LuxR  49.09 
 
 
388 aa  53.5  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2036  alpha/beta hydrolase fold  48.08 
 
 
588 aa  53.9  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.743168  normal  0.210367 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0560  regulatory protein, LuxR  24.39 
 
 
369 aa  52.4  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0499  LuxR family transcriptional regulator  26.32 
 
 
377 aa  52.8  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.621356  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3770  regulatory protein, LuxR  31.86 
 
 
369 aa  51.6  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00240032  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3095  regulatory protein LuxR  30.51 
 
 
386 aa  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3415  transcriptional regulator, LuxR family  30.51 
 
 
394 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.127954  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5178  transcriptional regulator, LuxR family  29.84 
 
 
411 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1320  transcriptional regulator  37.84 
 
 
365 aa  52  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169892  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5990  LuxR family transcriptional regulator  38.61 
 
 
367 aa  51.2  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0414123 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3845  LuxR family transcriptional regulator  26.86 
 
 
372 aa  50.8  0.00004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.115586  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4474  LuxR family transcriptional regulator  41.38 
 
 
398 aa  50.8  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00194673 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0385  regulatory protein LuxR  29.33 
 
 
378 aa  50.4  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1367  regulatory protein, LuxR  41.94 
 
 
275 aa  49.3  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00210507 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3188  LuxR family transcriptional regulator  26.09 
 
 
368 aa  48.1  0.0002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0110301  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3302  LuxR family transcriptional regulator  35.8 
 
 
221 aa  48.1  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24540  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  39.34 
 
 
536 aa  48.5  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2418  LuxR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
191 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.123391 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3288  transcriptional regulator, LuxR family  24.94 
 
 
375 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.272841 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2021  hypothetical protein  35.29 
 
 
280 aa  48.9  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0062  response regulator receiver domain-containing protein  19.68 
 
 
369 aa  47.8  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000342742  normal 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3804  LuxR family transcriptional regulator  47.46 
 
 
329 aa  47.8  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.73714  normal  0.702757 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3222  transcriptional regulator, LuxR family  43.33 
 
 
385 aa  47  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.566804  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0922  transcriptional regulator, LuxR family  40.45 
 
 
378 aa  46.6  0.0008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0062  LuxR family transcriptional regulator  38.33 
 
 
275 aa  45.8  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0576  transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 
367 aa  46.2  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1023  transcriptional regulator, LuxR family  39.68 
 
 
684 aa  46.2  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2762  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  37.78 
 
 
520 aa  45.4  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4572  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.28 
 
 
200 aa  45.1  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.318618  normal  0.115695 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0035  transcriptional regulator, LuxR family  38.46 
 
 
187 aa  44.7  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0538241 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4266  regulatory protein, LuxR  29.19 
 
 
330 aa  44.7  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0506  transcriptional regulator, LuxR family  36.11 
 
 
519 aa  44.3  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.274884 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5666  LuxR family transcriptional regulator  27.09 
 
 
363 aa  44.3  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.547238  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6030  LuxR family transcriptional regulator  27.09 
 
 
363 aa  44.3  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.795046  normal  0.297975 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2446  transcriptional regulator, LuxR family  41.07 
 
 
188 aa  44.3  0.003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3355  two component LuxR family transcriptional regulator  44.62 
 
 
232 aa  44.7  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4031  ATP-dependent transcription regulator LuxR  35.48 
 
 
896 aa  44.7  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.924331  normal  0.36139 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6520  LuxR family transcriptional regulator  27.09 
 
 
363 aa  44.3  0.003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.514397 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0804  two component LuxR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
204 aa  44.7  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0747  transcriptional regulator, LuxR family  43.86 
 
 
176 aa  44.3  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.682098  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4514  LuxR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
263 aa  43.9  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0333975  normal  0.669249 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0711  LuxR family transcriptional regulator  43.86 
 
 
196 aa  43.9  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>