More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3311 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3311  response regulator receiver protein  100 
 
 		 321 aa  638    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.479786 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2873  two component LuxR family transcriptional regulator  46.56 
 
 		 216 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2943  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.58 
 
 		 201 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1673  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.58 
 
 		 201 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.619826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5323  transcriptional regulator two component heavy metal regulatory response ZniR  49.58 
 
 		 206 aa  119  6e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.844748 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4984  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.2 
 
 		 201 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0145131 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2528  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.2 
 
 		 201 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0341229 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3866  response regulator receiver  33.22 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.370865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1441  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.67 
 
 		 308 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1549  LuxR transcriptional regulator  45.9 
 
 		 201 aa  113  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.355184  normal  0.152747 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1250  two component LuxR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 309 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.886948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3585  two component LuxR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 306 aa  109  6e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.295986  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2665  response regulator receiver protein  38.89 
 
 		 133 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0531061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2336  response regulator receiver protein  38.89 
 
 		 133 aa  106  4e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.103968  normal  0.760096 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4715  two component LuxR family transcriptional regulator  46.22 
 
 		 196 aa  106  6e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4179  response regulator receiver protein  29.64 
 
 		 309 aa  105  8e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.15819 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1761  two component LuxR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3499  transcriptional regulator LuxR family  29.87 
 
 		 312 aa  103  3e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2002  two component transcriptional regulator, LuxR family  33 
 
 		 306 aa  102  7e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0974  two component LuxR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 309 aa  102  8e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.883175  normal  0.426964 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0804  two component LuxR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 204 aa  102  9e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0218  two component LuxR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 339 aa  101  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1587  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.38 
 
 		 292 aa  100  3e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.522901  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0562  two component LuxR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 297 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1665  two component LuxR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 307 aa  99  9e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5556  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.38 
 
 		 352 aa  96.7  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.487576  normal  0.0420739 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3553  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.52 
 
 		 348 aa  95.5  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.528491 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0301  two component LuxR family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 231 aa  94.4  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.54347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1040  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  41.18 
 
 		 365 aa  94.4  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3066  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.8 
 
 		 305 aa  93.6  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1271  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  40.65 
 
 		 350 aa  93.2  5e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1083  two component LuxR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 316 aa  93.2  6e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0544  two component transcriptional regulator  38.1 
 
 		 227 aa  92.8  7e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0257  response regulator receiver  41.94 
 
 		 241 aa  92.4  8e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.926332  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2149  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  38.78 
 
 		 407 aa  92.4  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.142048 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2231  two component transcriptional regulator  36.02 
 
 		 234 aa  92  1e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1037  response regulator receiver protein  40.62 
 
 		 247 aa  92  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3321  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.08 
 
 		 305 aa  92  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.536368 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4080  DNA-binding response regulator, LuxR family  41.09 
 
 		 222 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.542388  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4627  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.72 
 
 		 226 aa  90.9  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0671  two component LuxR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 333 aa  91.7  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0205263  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3089  winged helix family two component transcriptional regulator  36.48 
 
 		 224 aa  90.9  3e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.136258  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1445  two component LuxR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 308 aa  90.5  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.446624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8879  response regulator receiver protein  42.86 
 
 		 235 aa  90.5  4e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4491  two component LuxR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 233 aa  90.1  4e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.697305 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2145  two component signal transduction response regulator  31.86 
 
 		 492 aa  89.4  7e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1605  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.58 
 
 		 216 aa  89.4  8e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2844  two component transcriptional regulator  43.7 
 
 		 248 aa  89.4  8e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1580  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.58 
 
 		 216 aa  89.4  8e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3383  response regulator receiver  30.13 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2977  response regulator receiver domain-containing protein  27.92 
 
 		 303 aa  89  1e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3574  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.72 
 
 		 301 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0249095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3692  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.13 
 
 		 300 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.170876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0904  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.06 
 
 		 254 aa  88.2  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.936287  normal  0.32173 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0655  two component transcriptional regulator  39.44 
 
 		 246 aa  88.2  2e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03422  hypothetical protein  41.6 
 
 		 1128 aa  87.8  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3105  DNA-binding response regulator PhoB  34.9 
 
 		 232 aa  87.4  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002587  chitin catabolic cascade sensor histidine kinase ChiS  36.77 
 
 		 1111 aa  87.4  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0720  response regulator receiver domain protein  40.16 
 
 		 246 aa  87  3e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.351492 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1268  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.22 
 
 		 229 aa  87  3e-16  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0789  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 278 aa  87.4  3e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2522  response regulator receiver  35.9 
 
 		 229 aa  87.4  3e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.661278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2459  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.98 
 
 		 489 aa  87  3e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.854352 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0558  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.26 
 
 		 237 aa  87.4  3e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5316  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  38.76 
 
 		 354 aa  87  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.100222 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1812  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 231 aa  86.3  6e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1838  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 231 aa  86.3  6e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 1341 aa  86.3  6e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4323  two component LuxR family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 215 aa  86.3  6e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.115662  normal  0.727411 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01810  transcriptional regulatory protein  39.17 
 
 		 226 aa  86.3  6e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0962  response regulator receiver protein  27.97 
 
 		 304 aa  85.9  7e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512477  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2987  LuxR family two component transcriptional regulator  41.09 
 
 		 231 aa  86.3  7e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1461  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.72 
 
 		 225 aa  86.3  7e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.616357  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2984  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  26.75 
 
 		 295 aa  86.3  7e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.43543  normal  0.546259 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  37.88 
 
 		 1374 aa  85.9  8e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2725  two component transcriptional regulator  34.38 
 
 		 226 aa  85.9  8e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0716975  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0652  two component LuxR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 305 aa  85.9  8e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0800453  normal  0.813173 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0005  response regulator  37.98 
 
 		 243 aa  85.9  8e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.201532  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1522  histidine kinase  35.11 
 
 		 544 aa  85.9  8e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0804  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.33 
 
 		 246 aa  85.9  9e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20650  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  34.62 
 
 		 231 aa  85.9  9e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0260682  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1666  ATP-binding region, ATPase-like  35.23 
 
 		 1427 aa  85.9  9e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.207779 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1878  two component transcriptional regulator  34.08 
 
 		 242 aa  85.1  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.559477 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1860  two component LuxR family transcriptional regulator  39.84 
 
 		 235 aa  85.1  0.000000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.98 
 
 		 1426 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0589  response regulator receiver modulated serine phosphatase  38.64 
 
 		 371 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.420228  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0793  two component transcriptional regulator, winged helix family  35.56 
 
 		 225 aa  85.1  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2956  response regulator receiver protein  32.31 
 
 		 365 aa  85.5  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2266  two component transcriptional regulator PhoB, winged helix family  40.94 
 
 		 230 aa  85.1  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1495  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  36.62 
 
 		 458 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.301103  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03750  PhoP-like protein  42.02 
 
 		 226 aa  84.3  0.000000000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.181369  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  32.73 
 
 		 231 aa  84.3  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1016  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.84 
 
 		 243 aa  84.7  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2980  histidine kinase  38.58 
 
 		 1311 aa  84.7  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.229379  normal  0.450681 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0761  two component transcriptional regulator  37.5 
 
 		 229 aa  84.3  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.179681 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3017  two component transcriptional regulator  41.32 
 
 		 225 aa  85.1  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4657  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.5 
 
 		 240 aa  84.7  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0784  two component transcriptional regulator  39.84 
 
 		 239 aa  84.7  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5207  winged helix family two component transcriptional regulator  39.2 
 
 		 247 aa  84.3  0.000000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1848  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.32 
 
 		 236 aa  84  0.000000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0065624  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>