82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0062 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0062  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 369 aa  763    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000342742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3041  transcriptional regulator, LuxR family  25.72 
 
 		 405 aa  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.514708  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5960  LuxR family transcriptional regulator  22.7 
 
 		 379 aa  89.4  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.37192  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1619  LuxR family transcriptional regulator  21.76 
 
 		 405 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00646137  normal  0.376229 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4474  LuxR family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 398 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00194673 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1539  LuxR family transcriptional regulator  20.99 
 
 		 394 aa  80.9  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.183723  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0782  response regulator receiver protein  23.14 
 
 		 370 aa  80.1  0.00000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.650923  normal  0.69982 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5990  LuxR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 367 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0414123 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6093  LuxR family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 381 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0592  LuxR family transcriptional regulator  22.47 
 
 		 362 aa  75.5  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1883  response regulator receiver protein  24.25 
 
 		 374 aa  75.9  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.648739  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0614  LuxR family transcriptional regulator  22.19 
 
 		 362 aa  74.7  0.000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.987495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0601  LuxR family transcriptional regulator  22.19 
 
 		 362 aa  74.7  0.000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0424848  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0560  regulatory protein, LuxR  21.83 
 
 		 369 aa  72.4  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2405  LuxR family transcriptional regulator  22.66 
 
 		 402 aa  71.2  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00445538 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1407  LuxR family transcriptional regulator  22.22 
 
 		 391 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0385  regulatory protein LuxR  23.5 
 
 		 378 aa  70.1  0.00000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5497  LuxR family transcriptional regulator  20.54 
 
 		 395 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1555  regulatory protein, LuxR  21.88 
 
 		 395 aa  67  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1991  LuxR family transcriptional regulator  21.14 
 
 		 375 aa  64.7  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00358246 
 
 
-
 
NC_003296  RS03074  putative transcription regulator protein  27.38 
 
 		 380 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0576  transcriptional regulator, LuxR family  20.11 
 
 		 367 aa  64.7  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0027  LuxR family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 381 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1529  LuxR family transcriptional regulator  20.49 
 
 		 383 aa  63.9  0.000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824388  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6379  LuxR family transcriptional regulator  23.28 
 
 		 380 aa  63.2  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1993  LuxR family transcriptional regulator  21.47 
 
 		 374 aa  62.4  0.00000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.389797  normal  0.0150442 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2135  LuxR family transcriptional regulator  21.35 
 
 		 397 aa  62.4  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5178  transcriptional regulator, LuxR family  20.42 
 
 		 411 aa  62.4  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0514  regulatory protein, LuxR  24.14 
 
 		 385 aa  62.4  0.00000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5477  regulatory protein, LuxR  24.86 
 
 		 378 aa  62  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7444  LuxR family transcriptional regulator  22.68 
 
 		 363 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1367  regulatory protein, LuxR  26.74 
 
 		 275 aa  60.8  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00210507 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7854  hypothetical protein  21.47 
 
 		 392 aa  61.2  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.265912 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2418  LuxR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 191 aa  59.3  0.00000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.123391 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0906  regulatory protein LuxR  25.96 
 
 		 388 aa  58.9  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2939  regulatory protein LuxR  32.14 
 
 		 128 aa  58.2  0.0000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6030  LuxR family transcriptional regulator  21.8 
 
 		 363 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.795046  normal  0.297975 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5666  LuxR family transcriptional regulator  21.8 
 
 		 363 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.547238  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6520  LuxR family transcriptional regulator  21.53 
 
 		 363 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.514397 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3356  regulatory protein, LuxR  33.33 
 
 		 373 aa  57  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.734282 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1320  transcriptional regulator  21.51 
 
 		 365 aa  57  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169892  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3089  LuxR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 416 aa  57  0.0000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1992  LuxR family transcriptional regulator  22.41 
 
 		 377 aa  55.8  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0260195 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0408  regulatory protein, LuxR  39.76 
 
 		 568 aa  55.5  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5209  LuxR family regulatory protein  22.13 
 
 		 378 aa  54.3  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0612186 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0035  transcriptional regulator, LuxR family  38.89 
 
 		 187 aa  54.3  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0538241 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2058  regulatory protein, LuxR  22.84 
 
 		 370 aa  53.9  0.000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3622  LuxR family transcriptional regulator  20.21 
 
 		 381 aa  53.1  0.000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.75825 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3545  LuxR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 394 aa  53.1  0.000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3907  putative transcriptional regulator  26.63 
 
 		 392 aa  52.8  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.488237 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1493  transcriptional regulator, LuxR family  41.54 
 
 		 370 aa  52.4  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3046  LuxR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 378 aa  51.6  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.343471  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02602  putative transcription regulator protein  26.98 
 
 		 380 aa  52  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.125932  normal  0.252722 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4636  LuxR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 378 aa  50.8  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780635  normal  0.0614511 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2035  alpha/beta hydrolase fold  36.05 
 
 		 586 aa  50.4  0.00005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.420099 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3845  LuxR family transcriptional regulator  22.04 
 
 		 372 aa  50.1  0.00006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.115586  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4240  transcriptional regulator, LuxR family  39.74 
 
 		 417 aa  50.1  0.00007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4350  transcriptional regulator, LuxR family  39.74 
 
 		 417 aa  50.1  0.00007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.626304 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3595  LuxR family transcriptional regulator  20.8 
 
 		 381 aa  49.7  0.00008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.351896  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2538  transcriptional regulator, LuxR family  29.25 
 
 		 188 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2036  alpha/beta hydrolase fold  39.06 
 
 		 588 aa  49.3  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.743168  normal  0.210367 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3562  regulatory protein, LuxR  25.95 
 
 		 393 aa  48.5  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3945  regulatory protein, LuxR  45.16 
 
 		 191 aa  48.9  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.63683  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3602  hypothetical protein  24.91 
 
 		 374 aa  48.5  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3227  LuxR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 545 aa  48.5  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5414  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 191 aa  47.8  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4098  LuxR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 215 aa  47.8  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000762213 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3539  transcriptional regulator, LuxR family  30.21 
 
 		 229 aa  47.4  0.0005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.184303 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2412  hypothetical protein  19.02 
 
 		 377 aa  47  0.0005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.390021  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1995  regulatory protein LuxR  20.91 
 
 		 388 aa  46.6  0.0006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0561  hypothetical protein  19.89 
 
 		 387 aa  46.2  0.0008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.930212  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1021  transcriptional regulator, LuxR family  30.49 
 
 		 347 aa  45.8  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6253  transcriptional regulator, LuxR family  30.77 
 
 		 362 aa  45.4  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6522  transcriptional regulator, LuxR family  38.1 
 
 		 368 aa  45.1  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0039  LuxR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 369 aa  45.1  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0051974 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3316  LuxR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 207 aa  45.4  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.764523  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2379  transcriptional regulator, LuxR family  22.22 
 
 		 377 aa  43.9  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.207918  decreased coverage  0.00252302 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2426  regulatory protein, LuxR  42.59 
 
 		 578 aa  43.5  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0946556 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0768  LuxR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 313 aa  43.5  0.006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03364  hypothetical protein  32.81 
 
 		 221 aa  43.5  0.006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0040  transcriptional regulator, LuxR family  32.05 
 
 		 370 aa  43.1  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.864605  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0499  LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 377 aa  43.1  0.008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.621356  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>