46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3340 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3340  regulatory protein, LuxR  100 
 
 		 364 aa  712    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.212677 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6838  LuxR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 379 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3770  regulatory protein, LuxR  35.9 
 
 		 369 aa  146  6e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00240032  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3622  LuxR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 381 aa  102  8e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.75825 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1407  LuxR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 391 aa  95.9  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1539  LuxR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 394 aa  79.3  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.183723  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1619  LuxR family transcriptional regulator  24.93 
 
 		 405 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00646137  normal  0.376229 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3089  LuxR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 416 aa  72.4  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1555  regulatory protein, LuxR  26.34 
 
 		 395 aa  70.9  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1529  LuxR family transcriptional regulator  26.93 
 
 		 383 aa  70.9  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824388  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3041  transcriptional regulator, LuxR family  27.08 
 
 		 405 aa  70.1  0.00000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.514708  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2135  LuxR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 397 aa  65.1  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5497  LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 395 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3054  LuxR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 368 aa  58.9  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5486  LuxR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 367 aa  58.5  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.82971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0592  LuxR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 362 aa  56.2  0.0000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0601  LuxR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 362 aa  56.2  0.0000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0424848  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0614  LuxR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 362 aa  56.2  0.0000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.987495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2073  regulatory protein, LuxR  31.39 
 
 		 381 aa  55.8  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3539  transcriptional regulator, LuxR family  50.77 
 
 		 229 aa  52.4  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.184303 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3545  LuxR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 394 aa  49.3  0.00009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6093  LuxR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 381 aa  48.9  0.0002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2058  regulatory protein, LuxR  30.19 
 
 		 370 aa  48.9  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1883  response regulator receiver protein  24.14 
 
 		 374 aa  48.5  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.648739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2036  alpha/beta hydrolase fold  41.94 
 
 		 588 aa  47.8  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.743168  normal  0.210367 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3595  LuxR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 381 aa  47.4  0.0004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.351896  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1379  LuxR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 385 aa  47.4  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3356  regulatory protein, LuxR  25.71 
 
 		 373 aa  47  0.0006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.734282 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3222  transcriptional regulator, LuxR family  34.44 
 
 		 385 aa  46.6  0.0007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.566804  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24540  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  40.3 
 
 		 536 aa  46.6  0.0007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3804  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 329 aa  45.8  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.73714  normal  0.702757 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0040  transcriptional regulator, LuxR family  47.46 
 
 		 370 aa  45.8  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.864605  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0560  regulatory protein, LuxR  45.28 
 
 		 369 aa  45.4  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1903  transcriptional regulator, LuxR family  42.03 
 
 		 196 aa  44.7  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000231921 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1253  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.43 
 
 		 203 aa  44.7  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04789  putative transcription regulator protein  46.43 
 
 		 232 aa  44.7  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.814651  normal  0.0984639 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1423  LuxR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 227 aa  43.9  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143739 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6030  LuxR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 363 aa  43.9  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.795046  normal  0.297975 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5666  LuxR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 363 aa  43.9  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.547238  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4005  transcriptional regulator, LuxR family  44.64 
 
 		 213 aa  43.5  0.006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.469867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6520  LuxR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 363 aa  43.5  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.514397 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4118  transcriptional regulator, LuxR family  44.64 
 
 		 213 aa  43.5  0.006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0027  LuxR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 381 aa  43.5  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2035  alpha/beta hydrolase fold  44.44 
 
 		 586 aa  43.1  0.008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.420099 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0533  two component LuxR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 219 aa  42.7  0.009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.405575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2538  transcriptional regulator, LuxR family  46.3 
 
 		 188 aa  42.7  0.01  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>