77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3804 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009956  Dshi_3804  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 329 aa  655    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.73714  normal  0.702757 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0744  transcriptional regulator, LuxR family  36.36 
 
 		 339 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1407  LuxR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 391 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1619  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 405 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00646137  normal  0.376229 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1539  LuxR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 394 aa  69.7  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.183723  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1555  regulatory protein, LuxR  47.25 
 
 		 395 aa  68.9  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2135  LuxR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 397 aa  66.2  0.0000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0592  LuxR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 362 aa  62.8  0.000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0614  LuxR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 362 aa  62  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.987495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0601  LuxR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 362 aa  62  0.00000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0424848  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2036  alpha/beta hydrolase fold  47.69 
 
 		 588 aa  59.3  0.00000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.743168  normal  0.210367 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2035  alpha/beta hydrolase fold  38.54 
 
 		 586 aa  55.8  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.420099 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6838  LuxR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 379 aa  55.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1529  LuxR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 383 aa  55.1  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824388  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5497  LuxR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 395 aa  53.9  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1423  LuxR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 227 aa  53.5  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000143739 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3089  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 416 aa  53.1  0.000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3356  regulatory protein, LuxR  48.28 
 
 		 373 aa  53.1  0.000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.734282 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3595  LuxR family transcriptional regulator  43.42 
 
 		 381 aa  52.4  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.351896  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1883  response regulator receiver protein  40 
 
 		 374 aa  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.648739  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0514  regulatory protein, LuxR  44.44 
 
 		 385 aa  51.6  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0782  response regulator receiver protein  41.54 
 
 		 370 aa  51.6  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.650923  normal  0.69982 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3545  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 394 aa  51.2  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1993  LuxR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 374 aa  51.6  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.389797  normal  0.0150442 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5209  LuxR family regulatory protein  29.61 
 
 		 378 aa  49.7  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0612186 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0560  regulatory protein, LuxR  45 
 
 		 369 aa  49.7  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4474  LuxR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 398 aa  49.7  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00194673 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3316  LuxR family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 207 aa  48.5  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.764523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0027  LuxR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 381 aa  48.9  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0040  transcriptional regulator, LuxR family  46.77 
 
 		 370 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.864605  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2272  transcriptional regulator, LuxR family  32.86 
 
 		 388 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1991  LuxR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 375 aa  48.5  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00358246 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3562  regulatory protein, LuxR  28.07 
 
 		 393 aa  48.1  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1995  regulatory protein LuxR  32.86 
 
 		 388 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3054  LuxR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 368 aa  47.8  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0766  response regulator receiver protein  38.33 
 
 		 364 aa  47.4  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.243196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5960  LuxR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 379 aa  47.4  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.37192  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1992  LuxR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 377 aa  47.4  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.0260195 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6379  LuxR family transcriptional regulator  59.09 
 
 		 380 aa  47.4  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1137  two component LuxR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 214 aa  47  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4005  transcriptional regulator, LuxR family  36.67 
 
 		 213 aa  47  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.469867  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4118  transcriptional regulator, LuxR family  36.67 
 
 		 213 aa  47  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1538  LuxR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 385 aa  47  0.0005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.437117 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1468  transcriptional regulator, LuxR family protein  38.98 
 
 		 356 aa  46.2  0.0007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.468229  hitchhiker  0.0000161531 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5178  transcriptional regulator, LuxR family  38.33 
 
 		 411 aa  45.8  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6382  hypothetical protein  22.95 
 
 		 158 aa  45.8  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.980358 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2538  transcriptional regulator, LuxR family  41.43 
 
 		 188 aa  45.4  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3340  regulatory protein, LuxR  42.86 
 
 		 364 aa  45.8  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.212677 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5486  LuxR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 367 aa  45.4  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.82971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3041  transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 405 aa  45.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.514708  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0561  hypothetical protein  43.94 
 
 		 387 aa  45.1  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.930212  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1595  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.93 
 
 		 203 aa  44.7  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.356259  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7042  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 237 aa  44.7  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395305 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4782  transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 259 aa  44.7  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.122497  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3770  regulatory protein, LuxR  40.32 
 
 		 369 aa  44.7  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00240032  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0906  regulatory protein LuxR  41.94 
 
 		 388 aa  45.1  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1879  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  37.7 
 
 		 839 aa  43.9  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1493  transcriptional regulator, LuxR family  26.25 
 
 		 198 aa  44.3  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1320  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 365 aa  44.3  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169892  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1037  transcriptional regulator, LuxR family  39.19 
 
 		 363 aa  43.9  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.760351 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1027  LuxR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 222 aa  44.3  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2405  LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 402 aa  44.3  0.003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00445538 
 
 
-
 
NC_003296  RS03074  putative transcription regulator protein  36.21 
 
 		 380 aa  43.9  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2015  response regulator receiver protein  36.67 
 
 		 130 aa  43.5  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.842391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0062  LuxR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 275 aa  43.5  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2418  LuxR family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 191 aa  43.5  0.006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.123391 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4099  DNA-binding response regulator GacA  27.81 
 
 		 212 aa  43.1  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.427607  normal  0.0594882 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1765  two component LuxR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 212 aa  43.1  0.007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.456405  hitchhiker  0.00257365 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0333  LuxR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 141 aa  43.1  0.007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.800894  normal  0.0115404 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7047  two component LuxR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 215 aa  42.7  0.008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976007 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5414  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 191 aa  42.7  0.009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0039  LuxR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 369 aa  42.7  0.009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0051974 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6093  LuxR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 381 aa  42.7  0.009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1367  regulatory protein, LuxR  37.1 
 
 		 275 aa  42.7  0.009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00210507 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3925  two component LuxR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 215 aa  42.4  0.01  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3595  two component LuxR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 215 aa  42.4  0.01  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3067  two component LuxR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 208 aa  42.4  0.01  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.598248 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>