63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1320 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1320  transcriptional regulator  100 
 
 		 365 aa  739    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.169892  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1995  regulatory protein LuxR  30.79 
 
 		 388 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2272  transcriptional regulator, LuxR family  30.79 
 
 		 388 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1493  transcriptional regulator, LuxR family  29.2 
 
 		 370 aa  138  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4636  LuxR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 378 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.780635  normal  0.0614511 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0040  transcriptional regulator, LuxR family  26.54 
 
 		 370 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.864605  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5486  LuxR family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.82971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0039  LuxR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 369 aa  100  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0051974 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5209  LuxR family regulatory protein  28.46 
 
 		 378 aa  100  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0612186 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6522  transcriptional regulator, LuxR family  29.78 
 
 		 368 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8187  HNH endonuclease  25.28 
 
 		 276 aa  83.2  0.000000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3288  transcriptional regulator, LuxR family  26.56 
 
 		 375 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.272841 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7854  hypothetical protein  26.22 
 
 		 392 aa  78.2  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.265912 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3054  LuxR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 368 aa  77  0.0000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.811435  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3095  regulatory protein LuxR  26.06 
 
 		 386 aa  70.5  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0062  response regulator receiver domain-containing protein  21.75 
 
 		 369 aa  68.6  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000342742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3041  transcriptional regulator, LuxR family  25 
 
 		 405 aa  68.6  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.514708  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3415  transcriptional regulator, LuxR family  25.8 
 
 		 394 aa  67.4  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.127954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2405  LuxR family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 402 aa  65.5  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00445538 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1883  response regulator receiver protein  20.05 
 
 		 374 aa  65.1  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.648739  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1407  LuxR family transcriptional regulator  20.9 
 
 		 391 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6838  LuxR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 379 aa  62  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6379  LuxR family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 380 aa  61.2  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2036  alpha/beta hydrolase fold  48.57 
 
 		 588 aa  60.1  0.00000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.743168  normal  0.210367 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2021  hypothetical protein  25.42 
 
 		 280 aa  59.7  0.00000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3089  LuxR family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 416 aa  57.4  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2035  alpha/beta hydrolase fold  32.79 
 
 		 586 aa  57  0.0000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.420099 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5414  LuxR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 191 aa  56.6  0.0000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5666  LuxR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 363 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.547238  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6030  LuxR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 363 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.795046  normal  0.297975 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0906  regulatory protein LuxR  23.72 
 
 		 388 aa  56.2  0.0000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7444  LuxR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 363 aa  55.8  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3595  LuxR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 381 aa  55.8  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.351896  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2135  LuxR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 397 aa  55.8  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6520  LuxR family transcriptional regulator  24.61 
 
 		 363 aa  55.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.514397 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1367  regulatory protein, LuxR  39.24 
 
 		 275 aa  55.1  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00210507 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5960  LuxR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 379 aa  53.9  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.37192  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2538  transcriptional regulator, LuxR family  34.78 
 
 		 188 aa  53.1  0.000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0782  response regulator receiver protein  20.94 
 
 		 370 aa  53.1  0.000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.650923  normal  0.69982 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1555  regulatory protein, LuxR  26.06 
 
 		 395 aa  53.1  0.000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6093  LuxR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 381 aa  52.4  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0561  hypothetical protein  24.87 
 
 		 387 aa  52  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.930212  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0499  LuxR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 377 aa  51.6  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.621356  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2418  LuxR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 191 aa  49.7  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.123391 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3316  LuxR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 207 aa  49.7  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.764523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1619  LuxR family transcriptional regulator  23.32 
 
 		 405 aa  49.3  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00646137  normal  0.376229 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0500  regulatory protein, LuxR  22.07 
 
 		 350 aa  48.1  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2939  regulatory protein LuxR  30.59 
 
 		 128 aa  48.1  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3622  LuxR family transcriptional regulator  23.42 
 
 		 381 aa  48.1  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.75825 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0027  LuxR family transcriptional regulator  19.68 
 
 		 381 aa  47.4  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1539  LuxR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 394 aa  47  0.0005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.183723  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0035  transcriptional regulator, LuxR family  30.23 
 
 		 187 aa  45.8  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0538241 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5497  LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 395 aa  45.8  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03074  putative transcription regulator protein  43.4 
 
 		 380 aa  46.2  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1529  LuxR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 383 aa  46.2  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.824388  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1991  LuxR family transcriptional regulator  22.7 
 
 		 375 aa  44.7  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00358246 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3804  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 329 aa  44.3  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.73714  normal  0.702757 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3602  hypothetical protein  36.23 
 
 		 374 aa  43.9  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3539  transcriptional regulator, LuxR family  34.94 
 
 		 229 aa  43.9  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.184303 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0560  regulatory protein, LuxR  38.46 
 
 		 369 aa  43.5  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3770  regulatory protein, LuxR  42.37 
 
 		 369 aa  43.5  0.006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.00240032  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2073  regulatory protein, LuxR  37.84 
 
 		 381 aa  42.7  0.009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2058  regulatory protein, LuxR  33.33 
 
 		 370 aa  42.7  0.009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>