More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS05474 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS05474  transcription regulator protein  100 
 
 		 177 aa  358  3e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.303514 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0851  transcription regulator PRHJ transcription regulator protein  64.71 
 
 		 174 aa  153  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.353607 
 
 
-
 
NC_003296  RS03136  transcription regulator protein  72.15 
 
 		 89 aa  110  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.625217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2375  DNA-binding response regulator, LuxR family  44.3 
 
 		 209 aa  66.2  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.248491  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2656  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.22 
 
 		 226 aa  65.1  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.161573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3846  two component LuxR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 249 aa  64.7  0.0000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.525033  normal  0.770826 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2109  LuxR family DNA-binding response regulator  43.04 
 
 		 209 aa  64.3  0.0000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2048  response regulator  43.04 
 
 		 209 aa  64.3  0.0000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.102554  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2046  response regulator  43.04 
 
 		 209 aa  64.3  0.0000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2265  LuxR family DNA-binding response regulator  43.04 
 
 		 209 aa  64.3  0.0000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2290  DNA-binding response regulator, LuxR family  43.04 
 
 		 209 aa  64.3  0.0000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000736213 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2293  LuxR family DNA-binding response regulator  43.21 
 
 		 211 aa  63.5  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2087  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 213 aa  63.5  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0358431  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2245  DNA-binding response regulator, LuxR family  50 
 
 		 213 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0236  LuxR family two component transcriptional regulator  48.53 
 
 		 218 aa  62.8  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7301  response regulator receiver protein  44 
 
 		 220 aa  63.2  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3078  DNA-binding response regulator, LuxR family  50 
 
 		 213 aa  63.2  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000185138 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1005  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.67 
 
 		 211 aa  63.2  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2846  two component LuxR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 209 aa  62.4  0.000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4781  LuxR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 227 aa  61.6  0.000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0502492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4255  LuxR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 227 aa  61.6  0.000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0102406 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4468  response regulator receiver protein  48.48 
 
 		 219 aa  61.2  0.000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0876299  normal  0.32237 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3249  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.21 
 
 		 211 aa  61.2  0.000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.414819  normal  0.558116 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0609  response regulator receiver protein  44.93 
 
 		 218 aa  60.8  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2028  two component LuxR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 219 aa  60.8  0.000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1810  two component LuxR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 218 aa  60.8  0.000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2352  two component LuxR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 230 aa  60.8  0.000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.139824 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5719  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.44 
 
 		 232 aa  60.8  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0929  two component LuxR family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000567962  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3804  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.57 
 
 		 216 aa  60.5  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.185264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2579  LuxR family transcriptional regulator  48.44 
 
 		 257 aa  60.5  0.00000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.286869  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2232  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.56 
 
 		 302 aa  60.5  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.501029  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0620  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  51.67 
 
 		 209 aa  60.8  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000275655  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2711  transcriptional regulator NarP  43.06 
 
 		 210 aa  60.5  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.281479  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3459  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  33.07 
 
 		 901 aa  60.5  0.00000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000984222  hitchhiker  0.00326143 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0637  two component transcriptional regulator, LuxR family  45 
 
 		 229 aa  59.7  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.565019 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2872  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.16 
 
 		 218 aa  60.1  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1690  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 215 aa  59.7  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104312 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2406  transcriptional regulator NarP  43.06 
 
 		 210 aa  60.1  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2235  regulatory protein, LuxR  38.96 
 
 		 231 aa  59.7  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.422182  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0340  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.44 
 
 		 217 aa  58.9  0.00000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00614189  hitchhiker  0.00317709 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01507  putative transcriptional regulator, LuxR family protein  42.47 
 
 		 159 aa  58.9  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.993499  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0977  two component LuxR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 223 aa  59.3  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00800748  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2409  LuxR family transcriptional regulator  54.72 
 
 		 272 aa  59.3  0.00000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4382  regulatory protein, LuxR  47.76 
 
 		 1006 aa  59.3  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.172901  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2497  two component LuxR family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 229 aa  58.9  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000315398  normal  0.0281112 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4344  two component LuxR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 219 aa  58.9  0.00000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.218307 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0970  two component LuxR family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0307407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4860  two component LuxR family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 219 aa  58.9  0.00000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.452521  normal  0.0798716 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5522  two component LuxR family transcriptional regulator  43.94 
 
 		 219 aa  58.9  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4590  two component LuxR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 258 aa  58.5  0.00000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.038066 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4339  response regulator receiver protein  46.75 
 
 		 233 aa  58.5  0.00000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2730  response regulator receiver  39.44 
 
 		 216 aa  58.5  0.00000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.776601  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4872  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.69 
 
 		 232 aa  58.2  0.00000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.247388  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1769  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.59 
 
 		 219 aa  58.2  0.00000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.221401  normal  0.0578747 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6962  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.66 
 
 		 234 aa  57.8  0.00000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5595  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.15 
 
 		 215 aa  58.2  0.00000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0848  transcriptional regulator, LuxR family  45.83 
 
 		 954 aa  57.8  0.00000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1619  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.97 
 
 		 234 aa  58.2  0.00000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3359  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.97 
 
 		 219 aa  57.8  0.00000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0172663  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0582  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.46 
 
 		 204 aa  57.8  0.00000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4479  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.1 
 
 		 224 aa  57.4  0.00000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.518456  normal  0.598935 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0228  LuxR family two component transcriptional regulator  45.45 
 
 		 206 aa  57.8  0.00000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1401  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.62 
 
 		 217 aa  57.4  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3219  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.83 
 
 		 208 aa  57.4  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3490  two component LuxR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 210 aa  57.4  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0559776  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0541  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 221 aa  57  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.318618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0465  two component transcriptional regulator  40.26 
 
 		 239 aa  57  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5878  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.64 
 
 		 441 aa  57  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.464013 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2486  two component LuxR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 208 aa  57.4  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1142  two component LuxR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 222 aa  57  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.661777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1550  two component LuxR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03540  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  38.16 
 
 		 226 aa  57  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2794  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  46.55 
 
 		 209 aa  57  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0858473 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1384  two component LuxR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 209 aa  57  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4377  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.17 
 
 		 237 aa  57.4  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.237342  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1270  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  46.55 
 
 		 209 aa  57  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.214676  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0533  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 219 aa  57.4  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.405575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1903  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.11 
 
 		 225 aa  57.4  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.202425  normal  0.182857 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7377  response regulator receiver protein  43.84 
 
 		 216 aa  57  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.92051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0842  two component LuxR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 209 aa  57  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000336278  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5644  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.12 
 
 		 225 aa  57.4  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.114252 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2842  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.32 
 
 		 226 aa  57.4  0.0000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.622781  decreased coverage  0.00305681 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4260  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.23 
 
 		 217 aa  57  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003036  tetrathionate reductase two-component response regulator  40.62 
 
 		 200 aa  57  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10690  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  39.68 
 
 		 215 aa  57.4  0.0000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2599  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.94 
 
 		 211 aa  57  0.0000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4008  LuxR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0193  transcriptional regulator, LuxR family  33.91 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000210245  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4883  transcriptional regulator, LuxR family  33.91 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1106  two component LuxR family transcriptional regulator  44.87 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.584765  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0236  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.51 
 
 		 224 aa  56.2  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0691  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.1 
 
 		 190 aa  56.6  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4778  two component LuxR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 208 aa  56.6  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000269792  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3170  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  34.62 
 
 		 227 aa  56.2  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4349  two component LuxR family transcriptional regulator  50.88 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.20794  normal  0.534464 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0250  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.12 
 
 		 260 aa  56.6  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.664516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3643  two component LuxR family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 215 aa  56.6  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.516516  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3004  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.22 
 
 		 223 aa  56.2  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0522265  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6525  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.42 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>