More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03136 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS03136  transcription regulator protein  100 
 
 		 89 aa  184  5e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.625217  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05474  transcription regulator protein  72.15 
 
 		 177 aa  110  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.303514 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0851  transcription regulator PRHJ transcription regulator protein  68.92 
 
 		 174 aa  101  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.353607 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2375  DNA-binding response regulator, LuxR family  58.93 
 
 		 209 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.248491  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3078  DNA-binding response regulator, LuxR family  57.14 
 
 		 213 aa  64.7  0.0000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000185138 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2245  DNA-binding response regulator, LuxR family  57.14 
 
 		 213 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2087  two component LuxR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 213 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0358431  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2293  LuxR family DNA-binding response regulator  57.14 
 
 		 211 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2109  LuxR family DNA-binding response regulator  57.14 
 
 		 209 aa  62.8  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2048  response regulator  57.14 
 
 		 209 aa  62.8  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.102554  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2046  response regulator  57.14 
 
 		 209 aa  62.8  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2265  LuxR family DNA-binding response regulator  57.14 
 
 		 209 aa  62.8  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2290  DNA-binding response regulator, LuxR family  57.14 
 
 		 209 aa  62.8  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000736213 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3846  two component LuxR family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 249 aa  61.6  0.000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.525033  normal  0.770826 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4339  response regulator receiver protein  47.37 
 
 		 233 aa  59.7  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0094  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.16 
 
 		 220 aa  60.1  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0609  response regulator receiver protein  42.86 
 
 		 218 aa  58.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5499  response regulator receiver protein  46.38 
 
 		 213 aa  58.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00659712  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1005  two component transcriptional regulator, LuxR family  58 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0676  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.93 
 
 		 215 aa  58.5  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4872  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.08 
 
 		 232 aa  58.2  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.247388  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0228  LuxR family two component transcriptional regulator  46.97 
 
 		 206 aa  58.2  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2846  two component LuxR family transcriptional regulator  46.48 
 
 		 209 aa  57.8  0.00000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5719  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.44 
 
 		 232 aa  57.8  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0404  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.9 
 
 		 218 aa  57.4  0.00000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0987348  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2494  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.75 
 
 		 208 aa  57.4  0.00000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.890127  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2225  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.47 
 
 		 209 aa  57.4  0.00000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3490  two component LuxR family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 210 aa  57.4  0.00000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0559776  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2232  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.51 
 
 		 302 aa  57  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.501029  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0533  two component LuxR family transcriptional regulator  52 
 
 		 219 aa  57  0.00000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.405575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2235  regulatory protein, LuxR  42.47 
 
 		 231 aa  56.2  0.0000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.422182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1690  two component LuxR family transcriptional regulator  52.46 
 
 		 215 aa  56.2  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104312 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2794  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  49.09 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0858473 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1422  DNA-binding response regulator VraR  49.23 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.871667  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2028  two component LuxR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 219 aa  55.5  0.0000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4133  two component LuxR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 240 aa  56.2  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1619  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.38 
 
 		 234 aa  55.5  0.0000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6525  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.43 
 
 		 216 aa  55.5  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1384  two component LuxR family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2079  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.91 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1938  two component LuxR family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1972  response regulator receiver  49.23 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1270  nitrate/nitrite response regulator protein NarP  49.09 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.214676  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4227  two component LuxR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 213 aa  55.8  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.624898 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3219  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.77 
 
 		 208 aa  55.8  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01507  putative transcriptional regulator, LuxR family protein  51.92 
 
 		 159 aa  55.1  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.993499  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0655  two component LuxR family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 194 aa  55.1  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0692  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.61 
 
 		 213 aa  55.1  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0620  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  48.39 
 
 		 209 aa  55.5  0.0000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000275655  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2352  two component LuxR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 230 aa  55.5  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.139824 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6085  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.26 
 
 		 217 aa  55.1  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4937  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.27 
 
 		 224 aa  55.1  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.570807  normal  0.210467 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2711  transcriptional regulator NarP  44.83 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.281479  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5287  transcriptional regulator, LuxR family  45.9 
 
 		 206 aa  55.5  0.0000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7117  two component LuxR family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 214 aa  55.1  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0184  regulatory protein LuxR  48.28 
 
 		 489 aa  54.7  0.0000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1563  DNA-binding response regulator  50 
 
 		 210 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000942452  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1348  DNA-binding response regulator  50 
 
 		 210 aa  54.7  0.0000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000440829  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1322  response regulator  50 
 
 		 210 aa  54.7  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  7.30192e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1321  response regulator  50 
 
 		 210 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000332221  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1601  DNA-binding response regulator  50 
 
 		 210 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000136266  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1393  ATP-dependent transcription regulator LuxR  43.33 
 
 		 913 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1457  DNA-binding response regulator  50 
 
 		 210 aa  54.7  0.0000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000538049  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2406  transcriptional regulator NarP  44.83 
 
 		 210 aa  54.7  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4468  response regulator receiver protein  48.39 
 
 		 219 aa  54.7  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0876299  normal  0.32237 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7377  response regulator receiver protein  46.67 
 
 		 216 aa  55.1  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.92051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1363  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 210 aa  54.7  0.0000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0039551  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1981  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.44 
 
 		 230 aa  54.7  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2469  two component transcriptional regulator, LuxR family  56 
 
 		 214 aa  54.7  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.126163  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0544  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 215 aa  54.7  0.0000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3849  DNA-binding response regulator  50 
 
 		 210 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000308683  hitchhiker  0.000000000350245 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1531  DNA-binding response regulator  50 
 
 		 210 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.64189e-24 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1384  LuxR family DNA-binding response regulator  47.27 
 
 		 207 aa  54.3  0.0000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000639089  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4096  two component LuxR family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 237 aa  54.3  0.0000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.811447  normal  0.807841 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1619  two component LuxR family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 163 aa  54.3  0.0000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.113726  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1903  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.67 
 
 		 225 aa  54.3  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.202425  normal  0.182857 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3643  two component LuxR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 215 aa  54.3  0.0000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.516516  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1644  two component LuxR family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 163 aa  54.3  0.0000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3249  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.46 
 
 		 211 aa  54.3  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.414819  normal  0.558116 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1592  two component LuxR family transcriptional regulator  56.25 
 
 		 162 aa  54.3  0.0000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2601  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.19 
 
 		 234 aa  54.3  0.0000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.1212  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0300  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.9 
 
 		 224 aa  54.3  0.0000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5202  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.37 
 
 		 225 aa  54.3  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.677169  normal  0.920773 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2514  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.15 
 
 		 230 aa  54.3  0.0000006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.135771  normal  0.887193 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1495  DNA-binding response regulator  50 
 
 		 210 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000174821  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1927  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.12 
 
 		 221 aa  53.9  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1954  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.12 
 
 		 221 aa  53.9  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.682063 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2518  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.3 
 
 		 225 aa  53.9  0.0000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1160  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 210 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1374  LuxR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 267 aa  53.9  0.0000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7161  two component LuxR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 225 aa  53.9  0.0000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0588186  normal  0.118819 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0236  LuxR family two component transcriptional regulator  41.56 
 
 		 218 aa  53.9  0.0000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4214  two component LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 228 aa  53.5  0.0000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0601429  normal  0.0532868 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2730  response regulator receiver  48.08 
 
 		 216 aa  53.9  0.0000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.776601  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3824  response regulator receiver  42.62 
 
 		 228 aa  53.5  0.0000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.206519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39200  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  47.17 
 
 		 218 aa  53.5  0.0000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.254077 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0214  two component LuxR family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 220 aa  53.5  0.0000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4115  response regulator receiver protein  45.31 
 
 		 216 aa  53.5  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.071707  normal  0.0608108 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3973  putative GAF sensor protein  48.21 
 
 		 399 aa  53.5  0.0000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.057323  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0236  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.75 
 
 		 224 aa  53.5  0.0000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>