50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6308 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6308  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 268 aa  546  1e-154  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.220056  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2728  LuxR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 272 aa  87.8  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.108423  normal  0.0203812 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10980  hypothetical protein  28.79 
 
 		 284 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.741598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4124  LuxR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 269 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000894771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4190  LuxR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 272 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0876  LuxR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 269 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.118506  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1220  LuxR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 272 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.581514 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0800  LuxR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 296 aa  68.9  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0888  LuxR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 204 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.227634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2821  LuxR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 295 aa  68.6  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.842744  normal  0.196867 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1446  response regulator receiver protein  34.81 
 
 		 284 aa  67  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.292382 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3411  LuxR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 290 aa  63.2  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0444105 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5386  transcriptional regulator, LuxR family  29.93 
 
 		 272 aa  62.4  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.953712  normal  0.0884729 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5547  putative LuxR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 276 aa  57  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4782  transcriptional regulator, LuxR family  27.99 
 
 		 259 aa  55.5  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.122497  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7684  LuxR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 277 aa  54.7  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.986809  normal  0.332592 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0774  regulatory protein, LuxR  46.03 
 
 		 242 aa  55.5  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.652298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3769  regulatory protein, LuxR  32.48 
 
 		 257 aa  52.8  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.997171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3042  LuxR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 257 aa  52.8  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.494353  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6270  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 262 aa  52.8  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6064  LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 277 aa  52.4  0.000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4009  LuxR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 288 aa  52  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.676622 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2833  transcriptional regulator, LuxR family  33.6 
 
 		 222 aa  52  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0855  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 223 aa  50.8  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.082304  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7524  LuxR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 285 aa  50.8  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4862  response regulator receiver protein  33.88 
 
 		 250 aa  51.2  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1234  LuxR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 856 aa  49.3  0.00006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1172  LuxR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 285 aa  47.4  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.244501 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0670  regulatory protein, LuxR  40 
 
 		 890 aa  48.1  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10861  nitrate/nitrite response transcriptional regulatory protein narL  51.92 
 
 		 216 aa  47.8  0.0002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000061441 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4239  regulatory protein, LuxR  44.23 
 
 		 312 aa  47.4  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.117477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2216  LuxR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 259 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000111969  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3764  response regulator receiver  45.61 
 
 		 217 aa  46.6  0.0004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.321181  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2601  regulatory protein, LuxR  39.68 
 
 		 284 aa  47  0.0004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.119177 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2578  regulatory protein, LuxR  31.2 
 
 		 226 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.242735 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6466  LuxR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 284 aa  46.2  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24540  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  36.46 
 
 		 536 aa  45.8  0.0007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3824  LuxR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 267 aa  45.8  0.0008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00247699  normal  0.327982 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3120  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.78 
 
 		 218 aa  45.4  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.954631  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0973  two component LuxR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 216 aa  44.3  0.002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.255067  normal  0.404517 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2602  regulatory protein, LuxR  27.13 
 
 		 268 aa  44.7  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.718  normal  0.21056 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1008  transcriptional regulator, LuxR family  45.61 
 
 		 495 aa  43.5  0.004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.831923  normal  0.0679507 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0016  LuxR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 267 aa  43.1  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4871  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.1 
 
 		 222 aa  42.7  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.134443  normal  0.31614 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0461  transcriptional regulator, LuxR family  43.86 
 
 		 542 aa  42.7  0.007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2781  LuxR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 276 aa  42.4  0.008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2093  two component LuxR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 206 aa  42.4  0.009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000328625  normal  0.180863 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2210  LuxR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 264 aa  42.4  0.009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7761  two component LuxR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 213 aa  42  0.01  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0851  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.44 
 
 		 232 aa  42  0.01  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>