85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4862 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4862  response regulator receiver protein  100 
 
 		 250 aa  485  1e-136  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3411  LuxR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 290 aa  98.6  9e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0444105 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2728  LuxR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 272 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.108423  normal  0.0203812 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4124  LuxR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 269 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000894771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0888  LuxR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 204 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.227634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0876  LuxR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 269 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.118506  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4190  LuxR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 272 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1446  response regulator receiver protein  27.35 
 
 		 284 aa  72.4  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.292382 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5386  transcriptional regulator, LuxR family  32.45 
 
 		 272 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.953712  normal  0.0884729 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1220  LuxR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 272 aa  70.1  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.581514 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5001  transcriptional regulator, LuxR family  24.8 
 
 		 271 aa  69.3  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2821  LuxR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 295 aa  63.9  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.842744  normal  0.196867 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2578  regulatory protein, LuxR  30.09 
 
 		 226 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.242735 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0800  LuxR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 296 aa  58.2  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7684  LuxR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 277 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.986809  normal  0.332592 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6270  LuxR family transcriptional regulator  28 
 
 		 262 aa  57.4  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10980  hypothetical protein  31.2 
 
 		 284 aa  57.4  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.741598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6064  LuxR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 277 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2833  transcriptional regulator, LuxR family  28.32 
 
 		 222 aa  56.2  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0774  regulatory protein, LuxR  45.59 
 
 		 242 aa  55.1  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.652298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0016  LuxR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 267 aa  53.5  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4633  response regulator receiver protein  26.72 
 
 		 273 aa  53.5  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3847  LuxR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 265 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126392  normal  0.51742 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2587  LuxR family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 280 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0358062  normal  0.430196 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3251  LuxR family transcriptional regulator  23.44 
 
 		 280 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.139103 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1172  LuxR family transcriptional regulator  24.38 
 
 		 285 aa  51.6  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.244501 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5547  putative LuxR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 276 aa  51.2  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6308  transcriptional regulator, LuxR family  33.88 
 
 		 268 aa  50.8  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.220056  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3718  response regulator receiver protein  27.37 
 
 		 264 aa  50.8  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4514  LuxR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 263 aa  50.4  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0333975  normal  0.669249 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4854  response regulator receiver protein  23.11 
 
 		 262 aa  50.1  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3129  LuxR family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 303 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4239  regulatory protein, LuxR  32.35 
 
 		 312 aa  49.3  0.00006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.117477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1019  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 271 aa  48.5  0.00009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.268856 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4009  LuxR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 288 aa  48.5  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.676622 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4796  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.17 
 
 		 206 aa  48.5  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00878953 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1191  LuxR family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 275 aa  48.1  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3042  LuxR family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 257 aa  48.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.494353  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3769  regulatory protein, LuxR  24.9 
 
 		 257 aa  48.1  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.997171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2781  LuxR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 276 aa  48.1  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3108  LuxR response regulator receiver  36.59 
 
 		 202 aa  47.4  0.0002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.786061  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4114  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.46 
 
 		 208 aa  46.6  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0576718  normal  0.109105 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2216  LuxR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 259 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000111969  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6179  transcriptional regulator, LuxR family  36.51 
 
 		 267 aa  46.2  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2608  LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 269 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.237341  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2589  LuxR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 262 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.658278  normal  0.222146 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000650  transcriptional regulator LuxR family  25.19 
 
 		 292 aa  46.2  0.0005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2399  response regulator receiver protein  45.9 
 
 		 201 aa  45.8  0.0006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.635003 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2088  transcriptional regulator, LuxR family  44 
 
 		 135 aa  45.8  0.0006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0377  transcriptional regulator, LuxR family  41.77 
 
 		 134 aa  45.8  0.0006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4527  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.11 
 
 		 223 aa  45.8  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.658241 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2873  LuxR family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 282 aa  45.4  0.0008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246205  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6399  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.11 
 
 		 214 aa  45.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.139442 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3824  LuxR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 267 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00247699  normal  0.327982 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5235  transcriptional regulator, LuxR family  41.56 
 
 		 134 aa  45.4  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.183919  normal  0.452557 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30580  LuxR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 268 aa  45.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2579  LuxR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 257 aa  44.7  0.002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.286869  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2086  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.31 
 
 		 220 aa  43.9  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.963114 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4558  LuxR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 266 aa  43.5  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1691  two component LuxR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 208 aa  43.5  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0637899 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7524  LuxR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 285 aa  43.5  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0062  LuxR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 275 aa  43.9  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4782  transcriptional regulator, LuxR family  26.34 
 
 		 259 aa  43.5  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.122497  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1542  putative transcriptional regulator  26.32 
 
 		 262 aa  43.1  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.409159  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5845  LuxR response regulator receiver  40.74 
 
 		 214 aa  43.1  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0966  transcriptional regulator, LuxR family  41.27 
 
 		 134 aa  43.1  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.159258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3713  two component LuxR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 208 aa  43.5  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222966  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2962  response regulator receiver  44.23 
 
 		 206 aa  42.7  0.005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.117851  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5287  transcriptional regulator, LuxR family  49.02 
 
 		 206 aa  43.1  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4209  LuxR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 266 aa  42.7  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.602642  normal  0.235438 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4851  GAF modulated transcriptional regulator, LuxR family  36.92 
 
 		 237 aa  42.7  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0743346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4652  two component LuxR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 208 aa  42.7  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.398364  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2371  two component LuxR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 209 aa  42.7  0.005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.820742  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6466  LuxR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 284 aa  42.7  0.005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1969  two component LuxR family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 199 aa  42.7  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0986563 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1808  two component LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 207 aa  42.7  0.006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000516369  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4769  transcriptional regulator, LuxR family  25.37 
 
 		 284 aa  42.4  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.141742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2282  two component LuxR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 199 aa  42.4  0.007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.203996 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0930  LuxR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 246 aa  42.4  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.6214  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2335  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.62 
 
 		 209 aa  42  0.008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.938318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3735  LuxR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 266 aa  42.4  0.008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0804  two component LuxR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 204 aa  42  0.009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1686  LuxR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 266 aa  42  0.009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158074  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1389  transcriptional regulator, LuxR family  40.38 
 
 		 320 aa  42  0.01  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3818  LuxR family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 264 aa  42  0.01  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000221432 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>