More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2086 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2086  two component transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 220 aa  442  1e-123  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.963114 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1286  two component transcriptional regulator, LuxR family  58.88 
 
 		 215 aa  260  1e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.13459  normal  0.233078 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5301  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.41 
 
 		 212 aa  199  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0298564 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2335  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.8 
 
 		 209 aa  187  1e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.938318  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4796  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.69 
 
 		 206 aa  176  2e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00878953 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4114  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.35 
 
 		 208 aa  166  2e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0576718  normal  0.109105 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1284  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.35 
 
 		 209 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.108206  normal  0.346883 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1508  two component LuxR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 236 aa  142  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2656  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.82 
 
 		 210 aa  138  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.756738  normal  0.520546 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1460  two component LuxR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 210 aa  136  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.39219  normal  0.352919 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1662  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.04 
 
 		 199 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.214082  normal  0.496902 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2078  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.98 
 
 		 210 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2158  two component LuxR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 210 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0301144 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6235  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.29 
 
 		 210 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.612124 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2172  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.98 
 
 		 210 aa  126  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1762  two component LuxR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 210 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1400  two component LuxR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 205 aa  125  4.0000000000000003e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2571  transmission activator LetA  33.33 
 
 		 219 aa  125  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1216  two component LuxR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 215 aa  125  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2966  two component LuxR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 218 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.288922 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3100  two component LuxR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 218 aa  124  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.650822  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2699  transmission activator LetA  32.84 
 
 		 219 aa  124  1e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7047  two component LuxR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 215 aa  124  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976007 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0097  two component LuxR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 218 aa  124  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.605108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5813  two component LuxR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 215 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.118405 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1400  two component LuxR family transcriptional regulator  33 
 
 		 216 aa  123  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.973321  normal  0.0605156 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2450  two component LuxR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 214 aa  124  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00539256  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0901  two component LuxR family transcriptional regulator  35 
 
 		 235 aa  123  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2227  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.76 
 
 		 217 aa  122  3e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.632961  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5584  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.49 
 
 		 215 aa  122  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.282667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1850  two component LuxR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 216 aa  122  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4347  two component LuxR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 218 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.705126 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0374  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.85 
 
 		 218 aa  122  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6314  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.51 
 
 		 216 aa  122  6e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2237  two component LuxR family transcriptional regulator  38.31 
 
 		 211 aa  122  6e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0209  LuxR family DNA-binding response regulator  35.86 
 
 		 218 aa  121  8e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0790  two component LuxR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 214 aa  121  8e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.870503  normal  0.997505 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5755  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.96 
 
 		 202 aa  121  8e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.15816  normal  0.181841 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1285  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.24 
 
 		 209 aa  121  9e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0996283  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1276  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.29 
 
 		 209 aa  121  9e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.161375  normal  0.335829 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1732  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.32 
 
 		 218 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000321601  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2192  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.55 
 
 		 216 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.889776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1725  response regulator  35.32 
 
 		 218 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000351159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1041  response regulator  35.32 
 
 		 218 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644757  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02748  response regulator  35.32 
 
 		 214 aa  120  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1572  two component LuxR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 218 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.972408 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2686  response regulator  35.32 
 
 		 218 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000957663  normal  0.053055 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2147  response regulator  35.32 
 
 		 218 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000040455  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2012  response regulator  35.32 
 
 		 218 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124814  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2441  two component LuxR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 218 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2649  response regulator  33.95 
 
 		 214 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3055  two component LuxR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 218 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.327843  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1269  response regulator  35.32 
 
 		 218 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000584326  hitchhiker  0.00198125 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3074  two component LuxR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 218 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6403  two component LuxR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 271 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.285313 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7764  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 210 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.527093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0608  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.54 
 
 		 209 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.631365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1565  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.07 
 
 		 214 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5903  two component LuxR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 215 aa  118  6e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.68975  normal  0.398777 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3052  two component LuxR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 218 aa  118  6e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.317078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6196  two component LuxR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 215 aa  118  6e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.280791  normal  0.522243 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4516  two component LuxR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 214 aa  118  7.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0463384  normal  0.0270495 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4248  two component LuxR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 215 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.206342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3774  two component LuxR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 215 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.329832 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00485  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.92 
 
 		 210 aa  117  9e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0610  transcriptional regulator FimZ  30.92 
 
 		 210 aa  117  9e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00490  hypothetical protein  30.92 
 
 		 210 aa  117  9e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3087  transcriptional regulator FimZ  30.92 
 
 		 210 aa  117  9e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3078  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.92 
 
 		 210 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0121  two component LuxR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 210 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.830531  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1450  response regulator  34.83 
 
 		 218 aa  117  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0636  transcriptional regulator FimZ  30.92 
 
 		 210 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.931873  normal  0.250092 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1247  LuxR family DNA-binding response regulator  31.82 
 
 		 215 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.32702  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6558  two component LuxR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 210 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.458284 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0945  two component LuxR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 210 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1089  two component LuxR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 210 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0577  transcriptional regulator FimZ  30.92 
 
 		 210 aa  117  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4256  two component LuxR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 215 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.282152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1909  response regulator receiver protein  36.1 
 
 		 220 aa  116  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.631594  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0580  transcriptional regulator FimZ  30.92 
 
 		 210 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3481  two component LuxR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 212 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.016753  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1714  two component LuxR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 213 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.975164  hitchhiker  0.000785935 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4628  two component LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 219 aa  117  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1551  two component LuxR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 229 aa  117  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.460798 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1137  two component LuxR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 214 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1824  response regulator  32.55 
 
 		 229 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.152948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2455  response regulator  33.95 
 
 		 214 aa  116  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.140183  normal  0.431169 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0998  response regulator  34.98 
 
 		 214 aa  116  3e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2180  two component LuxR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 209 aa  116  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.876214 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1652  two component LuxR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 215 aa  116  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.187578  normal  0.308689 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0292  response regulator transcription regulator protein  34.72 
 
 		 210 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0320  two component LuxR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 221 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.15389  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0896  LuxR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 214 aa  115  5e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2103  response regulator  33.33 
 
 		 218 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0532421  hitchhiker  0.00988724 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1296  response regulator  33.33 
 
 		 218 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0547167  hitchhiker  0.00000564902 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2162  response regulator  33.33 
 
 		 218 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.284818  hitchhiker  0.000000016111 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1173  response regulator  33.33 
 
 		 218 aa  115  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000706228  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5126  two component LuxR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 209 aa  115  6e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.135043  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2520  two component LuxR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 214 aa  115  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.943169  normal  0.310419 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4365  two component LuxR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 215 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.902614  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>