More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1400 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1400  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 205 aa  409  1e-113  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1402  two component LuxR family transcriptional regulator  51.47 
 
 		 211 aa  204  7e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1634  LuxR family DNA-binding response regulator  45.32 
 
 		 215 aa  176  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1551  LuxR family DNA-binding response regulator  45.32 
 
 		 215 aa  176  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0127  LuxR family DNA-binding response regulator  45.32 
 
 		 215 aa  176  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.914848  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1247  LuxR family DNA-binding response regulator  44.83 
 
 		 215 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.32702  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0790  two component LuxR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 214 aa  173  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.870503  normal  0.997505 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6235  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.41 
 
 		 210 aa  171  9e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.612124 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7764  two component LuxR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 210 aa  170  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.527093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5584  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.95 
 
 		 215 aa  169  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.282667  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0121  two component LuxR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 210 aa  168  6e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.830531  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1460  two component LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 210 aa  168  6e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.39219  normal  0.352919 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1850  two component LuxR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 216 aa  167  8e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6314  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.14 
 
 		 216 aa  167  9e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0090  two component LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 210 aa  167  9e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2656  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.69 
 
 		 210 aa  167  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.756738  normal  0.520546 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1572  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 218 aa  166  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.972408 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1588  two component LuxR family transcriptional regulator  43.63 
 
 		 215 aa  166  2e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.731747  normal  0.987016 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2237  two component LuxR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 211 aa  166  2e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5903  two component LuxR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 215 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.68975  normal  0.398777 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1400  two component LuxR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 216 aa  165  2.9999999999999998e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.973321  normal  0.0605156 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4256  two component LuxR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 215 aa  165  5e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.282152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4248  two component LuxR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 215 aa  165  5e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.206342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6196  two component LuxR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 215 aa  165  5e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.280791  normal  0.522243 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3774  two component LuxR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 215 aa  165  5e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.329832 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3595  two component LuxR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 215 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5330  two component LuxR family transcriptional regulator  45.81 
 
 		 215 aa  164  8e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.858277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6558  two component LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 210 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.458284 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1228  LuxR family DNA-binding response regulator  42.16 
 
 		 215 aa  163  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0904383  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3925  two component LuxR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 215 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0703  LuxR family DNA-binding response regulator  42.16 
 
 		 215 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.533722  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0760  LuxR family DNA-binding response regulator  42.16 
 
 		 215 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1570  LuxR family DNA-binding response regulator  42.16 
 
 		 215 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.17909  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0209  LuxR family DNA-binding response regulator  40.2 
 
 		 218 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1154  LuxR family DNA-binding response regulator  42.16 
 
 		 215 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.324728  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1725  LuxR family DNA-binding response regulator  42.16 
 
 		 215 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3391  LuxR family DNA-binding response regulator  39.71 
 
 		 218 aa  162  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2955  LuxR family DNA-binding response regulator  39.71 
 
 		 218 aa  162  3e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0231  LuxR family DNA-binding response regulator  39.71 
 
 		 218 aa  162  3e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.214964  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0425  LuxR family DNA-binding response regulator  39.71 
 
 		 218 aa  162  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0536791  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0243  LuxR family DNA-binding response regulator  39.71 
 
 		 218 aa  162  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2133  LuxR family DNA-binding response regulator  39.71 
 
 		 218 aa  162  3e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2427  LuxR family DNA-binding response regulator  42.16 
 
 		 282 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6403  two component LuxR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 271 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.285313 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5989  two component LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 215 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1652  two component LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 215 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.187578  normal  0.308689 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2520  two component LuxR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 214 aa  161  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.943169  normal  0.310419 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4365  two component LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 215 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.902614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1137  two component LuxR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 214 aa  161  6e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4002  two component LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 215 aa  161  6e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2441  two component LuxR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 218 aa  161  7e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3055  two component LuxR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 218 aa  161  7e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.327843  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3074  two component LuxR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 218 aa  161  7e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1336  two component LuxR family transcriptional regulator  38.42 
 
 		 208 aa  161  8.000000000000001e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2202  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.71 
 
 		 213 aa  160  9e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3290  LuxR family DNA-binding response regulator  39.71 
 
 		 455 aa  160  1e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0945  two component LuxR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 210 aa  160  1e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1089  two component LuxR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 210 aa  160  1e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2966  two component LuxR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 218 aa  160  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.288922 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3100  two component LuxR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 218 aa  160  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.650822  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1290  two component LuxR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 209 aa  160  2e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.542915  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1987  two component LuxR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 215 aa  159  2e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0949899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2501  response regulator  38.73 
 
 		 218 aa  159  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000242353  normal  0.495647 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3052  two component LuxR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 218 aa  159  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.317078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0097  two component LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 218 aa  158  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.605108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0901  two component LuxR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 235 aa  157  9e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2455  response regulator  37.25 
 
 		 214 aa  157  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.140183  normal  0.431169 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0292  response regulator transcription regulator protein  40.2 
 
 		 210 aa  156  2e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1508  two component LuxR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 236 aa  156  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3862  two component LuxR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 210 aa  156  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.734244  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4108  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.24 
 
 		 210 aa  156  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.755468  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2832  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.22 
 
 		 210 aa  155  3e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.988429  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0374  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.69 
 
 		 218 aa  155  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0153  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.2 
 
 		 210 aa  155  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2227  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.32 
 
 		 217 aa  156  3e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.632961  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3509  two component LuxR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 239 aa  155  3e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.325902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1953  response regulator  36.76 
 
 		 214 aa  155  4e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00404481  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1824  response regulator  37.25 
 
 		 229 aa  155  4e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.152948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0922  two component LuxR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 210 aa  155  5.0000000000000005e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.114328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5813  two component LuxR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 215 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.118405 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7047  two component LuxR family transcriptional regulator  38.92 
 
 		 215 aa  154  6e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976007 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2158  two component LuxR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 210 aa  154  6e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0301144 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3494  two component LuxR family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 226 aa  154  6e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.514045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4296  two component LuxR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 214 aa  154  7e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.891496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4516  two component LuxR family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 214 aa  154  7e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0463384  normal  0.0270495 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2669  response regulator  38.92 
 
 		 218 aa  154  8e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000700042  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1594  response regulator  38.92 
 
 		 218 aa  154  8e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0145  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.71 
 
 		 210 aa  154  9e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1782  response regulator  37.25 
 
 		 214 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0381154  hitchhiker  0.0000000750596 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1762  two component LuxR family transcriptional regulator  43.41 
 
 		 210 aa  153  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2562  response regulator  37.25 
 
 		 214 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0171044  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2600  response regulator  37.25 
 
 		 214 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000388579  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1547  response regulator  37.25 
 
 		 214 aa  153  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000288339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1614  response regulator  37.25 
 
 		 214 aa  154  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000746753  normal  0.505035 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2677  response regulator  37.25 
 
 		 214 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0738952  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1608  response regulator  37.25 
 
 		 214 aa  153  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000660452  normal  0.150334 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1235  two component LuxR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 211 aa  153  2e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1725  response regulator  37.25 
 
 		 218 aa  153  2e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000351159  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1269  response regulator  37.25 
 
 		 218 aa  153  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000584326  hitchhiker  0.00198125 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1041  response regulator  37.25 
 
 		 218 aa  153  2e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644757  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>