More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1286 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1286  two component transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 215 aa  436  9.999999999999999e-123  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.13459  normal  0.233078 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2086  two component transcriptional regulator, LuxR family  58.88 
 
 		 220 aa  260  8.999999999999999e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.963114 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5301  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.83 
 
 		 212 aa  235  3e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0298564 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4114  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.15 
 
 		 208 aa  177  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0576718  normal  0.109105 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4796  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.23 
 
 		 206 aa  169  2e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00878953 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2335  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.16 
 
 		 209 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.938318  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1284  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.38 
 
 		 209 aa  161  8.000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.108206  normal  0.346883 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1662  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.53 
 
 		 199 aa  143  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.214082  normal  0.496902 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1285  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.61 
 
 		 209 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0996283  normal  0.344284 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1460  two component LuxR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 210 aa  129  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.39219  normal  0.352919 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2656  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.67 
 
 		 210 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.756738  normal  0.520546 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1508  two component LuxR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 236 aa  125  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2237  two component LuxR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 211 aa  124  8.000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3668  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.96 
 
 		 213 aa  121  6e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0121  two component LuxR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 210 aa  121  9e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.830531  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02748  response regulator  33.33 
 
 		 214 aa  119  3e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0945  two component LuxR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 210 aa  119  3e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1089  two component LuxR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 210 aa  119  3e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4347  two component LuxR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 218 aa  119  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.705126 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0090  two component LuxR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 210 aa  119  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1450  response regulator  33.33 
 
 		 218 aa  118  7e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2141  response regulator  32.34 
 
 		 214 aa  118  7e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.126922  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2192  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.95 
 
 		 216 aa  118  7e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.889776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0901  two component LuxR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 235 aa  117  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2227  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.56 
 
 		 217 aa  117  9.999999999999999e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.632961  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5584  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.28 
 
 		 215 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.282667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2966  two component LuxR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 218 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.288922 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3100  two component LuxR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 218 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.650822  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0374  two component transcriptional regulator, LuxR family  34 
 
 		 218 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1873  two component LuxR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 219 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1850  two component LuxR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 216 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7047  two component LuxR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 215 aa  116  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.976007 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0828  response regulator  30.62 
 
 		 216 aa  116  3e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0183204  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1168  LuxR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 216 aa  116  3e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2562  response regulator  31.78 
 
 		 214 aa  115  5e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0171044  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2677  response regulator  31.78 
 
 		 214 aa  115  5e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0738952  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1782  response regulator  31.78 
 
 		 214 aa  115  5e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0381154  hitchhiker  0.0000000750596 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2600  response regulator  31.78 
 
 		 214 aa  115  5e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000388579  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0651  two component LuxR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 209 aa  115  6e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.713834 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1436  response regulator  32.09 
 
 		 214 aa  115  6e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.794512  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1547  response regulator  31.78 
 
 		 214 aa  115  6e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000288339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1608  response regulator  31.78 
 
 		 214 aa  115  6e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000660452  normal  0.150334 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1909  response regulator receiver protein  33.48 
 
 		 220 aa  115  6.9999999999999995e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.631594  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3481  two component LuxR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 212 aa  114  7.999999999999999e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.016753  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1518  response regulator  33.5 
 
 		 220 aa  114  8.999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.121615  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6314  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.28 
 
 		 216 aa  114  8.999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1639  response regulator  33.02 
 
 		 226 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00137195  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1860  response regulator  31.78 
 
 		 214 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0097  two component LuxR family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 218 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.605108  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0608  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.65 
 
 		 209 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.631365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1614  response regulator  31.31 
 
 		 214 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000746753  normal  0.505035 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0292  response regulator transcription regulator protein  33.16 
 
 		 210 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2902  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 212 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.255362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2455  response regulator  32.56 
 
 		 214 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.140183  normal  0.431169 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2649  response regulator  31.63 
 
 		 214 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4382  two component LuxR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 209 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1551  two component LuxR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 229 aa  112  3e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.460798 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2160  LuxR family DNA-binding response regulator  31.53 
 
 		 210 aa  113  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6403  two component LuxR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 271 aa  112  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.285313 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0153  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.49 
 
 		 210 aa  112  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1848  response regulator  31.84 
 
 		 218 aa  112  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0524957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2269  two component LuxR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 210 aa  113  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0833  response regulator  31.31 
 
 		 227 aa  113  3e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000189156  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1572  two component LuxR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 218 aa  112  4.0000000000000004e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.972408 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0145  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.49 
 
 		 210 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1247  LuxR family DNA-binding response regulator  31.79 
 
 		 215 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.32702  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1570  LuxR family DNA-binding response regulator  30.77 
 
 		 215 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.17909  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0209  LuxR family DNA-binding response regulator  34 
 
 		 218 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4256  two component LuxR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 215 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.282152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4248  two component LuxR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 215 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.206342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1137  two component LuxR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 214 aa  112  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1824  response regulator  30.33 
 
 		 229 aa  112  5e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.152948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3068  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.66 
 
 		 209 aa  112  5e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.44153  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3774  two component LuxR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 215 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.329832 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1607  response regulator  31.31 
 
 		 214 aa  112  5e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000106395  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3794  two component LuxR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 209 aa  112  5e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0760  LuxR family DNA-binding response regulator  30.77 
 
 		 215 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0703  LuxR family DNA-binding response regulator  30.77 
 
 		 215 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.533722  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1154  LuxR family DNA-binding response regulator  30.77 
 
 		 215 aa  112  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.324728  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1725  LuxR family DNA-binding response regulator  30.77 
 
 		 215 aa  112  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1652  two component LuxR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 215 aa  111  7.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.187578  normal  0.308689 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3052  two component LuxR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 218 aa  111  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.317078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2427  LuxR family DNA-binding response regulator  30.77 
 
 		 282 aa  111  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2669  response regulator  30.85 
 
 		 218 aa  111  8.000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000700042  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0563  two component LuxR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 209 aa  111  8.000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1953  response regulator  29.91 
 
 		 214 aa  111  9e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00404481  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2158  two component LuxR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 210 aa  111  9e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0301144 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2113  LuxR family DNA-binding response regulator  31.53 
 
 		 210 aa  111  9e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.616678 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1571  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.31 
 
 		 223 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1595  two component LuxR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 209 aa  110  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00167261 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5755  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.18 
 
 		 202 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.15816  normal  0.181841 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1228  LuxR family DNA-binding response regulator  30.77 
 
 		 215 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0904383  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2520  two component LuxR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 214 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.943169  normal  0.310419 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4002  two component LuxR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 215 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2172  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.54 
 
 		 210 aa  110  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1594  response regulator  30.85 
 
 		 218 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1725  response regulator  31.84 
 
 		 218 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000351159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0881  two component LuxR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 210 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464883  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2613  response regulator GacA  29.35 
 
 		 214 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.466832  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4250  two component LuxR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.59923 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>