More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_1608 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_2677  response regulator  99.53 
 
 		 214 aa  440  1e-123  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0738952  normal  0.957867 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2562  response regulator  99.53 
 
 		 214 aa  440  1e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0171044  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2600  response regulator  99.53 
 
 		 214 aa  440  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000388579  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1547  response regulator  100 
 
 		 214 aa  441  1e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000288339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1782  response regulator  99.53 
 
 		 214 aa  440  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0381154  hitchhiker  0.0000000750596 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1608  response regulator  100 
 
 		 214 aa  441  1e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000660452  normal  0.150334 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1860  response regulator  99.53 
 
 		 214 aa  438  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1639  response regulator  98.6 
 
 		 226 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00137195  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1614  response regulator  99.53 
 
 		 214 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000746753  normal  0.505035 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2455  response regulator  91.12 
 
 		 214 aa  409  1e-113  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.140183  normal  0.431169 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2150  response regulator  90.28 
 
 		 216 aa  404  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0590135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2649  response regulator  90.65 
 
 		 214 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1953  response regulator  89.25 
 
 		 214 aa  402  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00404481  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1824  response regulator  88.79 
 
 		 229 aa  402  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.152948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1436  response regulator  89.25 
 
 		 214 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.794512  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1607  response regulator  84.58 
 
 		 214 aa  383  1e-105  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000106395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2141  response regulator  78.2 
 
 		 214 aa  348  4e-95  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.126922  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02748  response regulator  77.73 
 
 		 214 aa  345  3e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0833  response regulator  77.14 
 
 		 227 aa  339  2e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000189156  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1848  response regulator  71.56 
 
 		 218 aa  323  1e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0524957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2103  response regulator  71.7 
 
 		 218 aa  317  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0532421  hitchhiker  0.00988724 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1296  response regulator  71.7 
 
 		 218 aa  317  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0547167  hitchhiker  0.00000564902 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1173  response regulator  71.7 
 
 		 218 aa  317  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000706228  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2162  response regulator  71.7 
 
 		 218 aa  317  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.284818  hitchhiker  0.000000016111 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1518  response regulator  69.01 
 
 		 220 aa  314  6e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.121615  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2253  response regulator  69.19 
 
 		 218 aa  314  7e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000726498  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2356  response regulator  69.19 
 
 		 218 aa  314  7e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.996954  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2052  response regulator  69.19 
 
 		 218 aa  314  7e-85  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000052182  hitchhiker  0.00148564 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1450  response regulator  68.25 
 
 		 218 aa  313  8e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1732  two component transcriptional regulator, LuxR family  71.23 
 
 		 218 aa  313  9e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000321601  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2147  response regulator  71.23 
 
 		 218 aa  313  9e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000040455  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1269  response regulator  71.23 
 
 		 218 aa  313  9e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000584326  hitchhiker  0.00198125 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2012  response regulator  71.23 
 
 		 218 aa  313  9e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124814  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2686  response regulator  71.23 
 
 		 218 aa  313  9e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000957663  normal  0.053055 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1041  response regulator  71.23 
 
 		 218 aa  313  9e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000644757  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2110  response regulator  71.23 
 
 		 218 aa  313  9.999999999999999e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.167551  hitchhiker  0.00000000000000238763 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1725  response regulator  70.75 
 
 		 218 aa  311  4.999999999999999e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000351159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2501  response regulator  71.09 
 
 		 218 aa  311  5.999999999999999e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000242353  normal  0.495647 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2669  response regulator  66.82 
 
 		 218 aa  308  4e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000700042  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1594  response regulator  66.82 
 
 		 218 aa  308  5e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1192  transcriptional regulator of LuxR family protein  69.34 
 
 		 214 aa  307  9e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003098  BarA-associated response regulator UvrY  77.84 
 
 		 188 aa  301  7.000000000000001e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000268807  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3271  response regulator  66.51 
 
 		 214 aa  292  2e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0222898  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01869  hypothetical protein  70.27 
 
 		 191 aa  270  9e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000330184  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2613  response regulator GacA  60.09 
 
 		 214 aa  270  1e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.466832  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2450  two component LuxR family transcriptional regulator  59.72 
 
 		 214 aa  270  1e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00539256  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30650  response regulator GacA  60.09 
 
 		 214 aa  270  1e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00700013 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3067  two component LuxR family transcriptional regulator  60.68 
 
 		 208 aa  265  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.598248 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3375  two component LuxR family transcriptional regulator  59.72 
 
 		 212 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4099  DNA-binding response regulator GacA  59.24 
 
 		 212 aa  259  1e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.427607  normal  0.0594882 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1765  two component LuxR family transcriptional regulator  59.24 
 
 		 212 aa  259  1e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.456405  hitchhiker  0.00257365 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2897  LuxR response regulator receiver  58.02 
 
 		 222 aa  259  3e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.017691  normal  0.317002 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3024  DNA-binding response regulator GacA  58.02 
 
 		 214 aa  258  4e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.26082  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2375  two component LuxR family transcriptional regulator  58.49 
 
 		 214 aa  258  4e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.405291  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25030  Response regulator GacA  60.39 
 
 		 209 aa  255  3e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1191  two component LuxR family transcriptional regulator  54.63 
 
 		 219 aa  244  9e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.259161  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01879  response regulator  70.55 
 
 		 169 aa  239  2.9999999999999997e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000614586  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2132  two component LuxR family transcriptional regulator  52.13 
 
 		 214 aa  236  3e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0449794  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2571  transmission activator LetA  49.52 
 
 		 219 aa  228  7e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2699  transmission activator LetA  49.52 
 
 		 219 aa  226  2e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3672  two component LuxR family transcriptional regulator  58.24 
 
 		 181 aa  218  5e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.309643  hitchhiker  0.000000290511 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1909  response regulator receiver protein  50.7 
 
 		 220 aa  209  2e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.631594  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3242  two component LuxR family transcriptional regulator  48.83 
 
 		 213 aa  201  7e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000371761  hitchhiker  0.000468813 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0023  two component LuxR family transcriptional regulator  44.08 
 
 		 216 aa  199  1.9999999999999998e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1429  two component LuxR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 211 aa  196  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.85494 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0998  response regulator  42.38 
 
 		 214 aa  195  4.0000000000000005e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0896  LuxR family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 214 aa  195  4.0000000000000005e-49  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1526  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.02 
 
 		 215 aa  194  9e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.88337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0828  response regulator  42.38 
 
 		 216 aa  193  2e-48  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0183204  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0703  LuxR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 211 aa  193  2e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000151408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1168  LuxR family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 216 aa  193  2e-48  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0677  two component LuxR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 211 aa  193  2e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00533706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01515  transcriptional regulator LuxR/uhpA family  44.02 
 
 		 215 aa  191  6e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.422594  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2054  response regulator receiver domain-containing protein  51.03 
 
 		 198 aa  191  1e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.595634 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0815  two component LuxR family transcriptional regulator  44.5 
 
 		 213 aa  190  2e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0726  response regulator  40.67 
 
 		 211 aa  181  6e-45  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2177  response regulator receiver protein  42.93 
 
 		 220 aa  181  6e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.430622  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2089  two component LuxR family transcriptional regulator  42.93 
 
 		 220 aa  181  6e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.954326  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0830  transcriptional regulator  40.19 
 
 		 211 aa  179  2.9999999999999997e-44  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1714  two component LuxR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 213 aa  176  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.975164  hitchhiker  0.000785935 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3862  two component LuxR family transcriptional regulator  41.71 
 
 		 210 aa  176  3e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.734244  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4382  two component LuxR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 209 aa  175  4e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3509  two component LuxR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 239 aa  174  8e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.325902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2832  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.23 
 
 		 210 aa  174  9e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.988429  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1809  two component LuxR family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 210 aa  173  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1093  response regulator  40.95 
 
 		 217 aa  173  1.9999999999999998e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.120555  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0986  LuxR family transcriptional regulator  40.95 
 
 		 217 aa  173  1.9999999999999998e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0032  two component LuxR family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 210 aa  172  3.9999999999999995e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.245451  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0127  LuxR family DNA-binding response regulator  38.21 
 
 		 215 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.914848  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1634  LuxR family DNA-binding response regulator  38.21 
 
 		 215 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1551  LuxR family DNA-binding response regulator  38.21 
 
 		 215 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3060  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.31 
 
 		 215 aa  171  5.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0242  two component LuxR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 211 aa  171  5.999999999999999e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000159114 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1030  two component LuxR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 215 aa  171  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1588  two component LuxR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 215 aa  170  1e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.731747  normal  0.987016 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4108  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.05 
 
 		 210 aa  170  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.755468  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3043  LuxR family DNA binding response regulator  40.76 
 
 		 209 aa  169  3e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1247  LuxR family DNA-binding response regulator  37.74 
 
 		 215 aa  168  5e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.32702  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0881  two component LuxR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 210 aa  168  5e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464883  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5330  two component LuxR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 215 aa  168  5e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.858277  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>