81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6466 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008392  Bamb_6466  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 284 aa  577  1e-164  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2602  regulatory protein, LuxR  41.39 
 
 		 268 aa  205  6e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.718  normal  0.21056 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2210  LuxR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 264 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2607  regulatory protein, LuxR  40.22 
 
 		 276 aa  196  3e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0221488  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2575  regulatory protein, LuxR  39.49 
 
 		 257 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.940771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6468  LuxR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2828  transcriptional regulator SyrR  38.83 
 
 		 257 aa  142  5e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00104787  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2216  LuxR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 259 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000111969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2601  regulatory protein, LuxR  34.41 
 
 		 284 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.119177 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3394  LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 		 294 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4122  LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 		 294 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.161266 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5198  LuxR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 301 aa  94.4  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5172  LuxR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 278 aa  93.6  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.245144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4773  LuxR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 270 aa  93.6  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3335  LuxR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 277 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2786  LuxR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 294 aa  91.3  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2781  LuxR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 276 aa  90.5  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2833  transcriptional regulator, LuxR family  36.88 
 
 		 222 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1019  LuxR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 271 aa  88.6  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.268856 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2578  regulatory protein, LuxR  36.11 
 
 		 226 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.242735 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7684  LuxR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 277 aa  67  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.986809  normal  0.332592 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6064  LuxR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 277 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7524  LuxR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 285 aa  60.8  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4124  LuxR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 269 aa  50.8  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000894771  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0342  LuxR family DNA-binding response regulator  40 
 
 		 213 aa  50.8  0.00003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0601944  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0358  LuxR family DNA-binding response regulator  40 
 
 		 213 aa  50.8  0.00003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.363  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0774  regulatory protein, LuxR  41.1 
 
 		 242 aa  49.7  0.00005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.652298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0443  two component LuxR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 213 aa  48.5  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2728  LuxR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 272 aa  48.9  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.108423  normal  0.0203812 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0888  LuxR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 204 aa  48.9  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.227634  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6308  transcriptional regulator, LuxR family  29.55 
 
 		 268 aa  47.4  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.220056  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1220  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 272 aa  47.4  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.581514 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0656  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.44 
 
 		 218 aa  47  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.214241 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28320  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  46.3 
 
 		 220 aa  47.4  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0876  LuxR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 269 aa  47.4  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.118506  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10980  hypothetical protein  32.31 
 
 		 284 aa  47  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.741598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5547  putative LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 		 276 aa  46.6  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4862  response regulator receiver protein  37.63 
 
 		 250 aa  46.6  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2543  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.3 
 
 		 217 aa  46.6  0.0004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.473476  normal  0.787864 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6270  LuxR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 262 aa  47  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17340  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  44.44 
 
 		 232 aa  46.6  0.0005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3033  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.44 
 
 		 232 aa  45.8  0.0008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.666463  hitchhiker  0.000783277 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5726  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.89 
 
 		 228 aa  45.8  0.0009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.451347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5386  transcriptional regulator, LuxR family  31.75 
 
 		 272 aa  45.4  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.953712  normal  0.0884729 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1446  response regulator receiver protein  40.3 
 
 		 284 aa  45.4  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.292382 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4782  transcriptional regulator, LuxR family  33.04 
 
 		 259 aa  45.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.122497  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2710  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.3 
 
 		 226 aa  45.4  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0104012 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2998  two component LuxR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 228 aa  44.7  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1769  putative response regulator  42.11 
 
 		 231 aa  44.7  0.002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10861  nitrate/nitrite response transcriptional regulatory protein narL  45 
 
 		 216 aa  44.7  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000061441 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2759  response regulator receiver protein  40.74 
 
 		 211 aa  43.5  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.550861  normal  0.145492 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1880  LuxR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 210 aa  43.9  0.003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2327  regulatory protein, LuxR  40.74 
 
 		 210 aa  44.3  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1517  transcriptional regulator, LuxR family protein  40.74 
 
 		 210 aa  43.9  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.776537  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0800  LuxR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 296 aa  43.5  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2917  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.38 
 
 		 216 aa  43.5  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2345  two component transcriptional regulator  42.59 
 
 		 220 aa  43.1  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.499423  normal  0.134206 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2332  response regulator receiver protein  38.89 
 
 		 211 aa  43.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6085  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.6 
 
 		 217 aa  43.1  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2725  LuxR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 211 aa  42.7  0.006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0277  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.59 
 
 		 228 aa  42.7  0.006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0542563  normal  0.0298075 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2316  LuxR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 211 aa  42.7  0.006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0642505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2386  LuxR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 211 aa  42.7  0.006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2509  LuxR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 211 aa  42.7  0.006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.592216  hitchhiker  0.00000482381 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0710  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.59 
 
 		 226 aa  43.1  0.006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.614335  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1726  LuxR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 208 aa  42.7  0.007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.474249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4514  LuxR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 263 aa  42.7  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0333975  normal  0.669249 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2490  transcriptional regulator, LuxR family  38.89 
 
 		 211 aa  42.4  0.008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.230305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4190  LuxR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 272 aa  42.7  0.008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1832  LuxR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 211 aa  42.4  0.008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2180  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.5 
 
 		 222 aa  42.4  0.008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.384012 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1788  response regulator receiver protein  38.89 
 
 		 211 aa  42.4  0.008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1796  response regulator receiver protein  38.89 
 
 		 211 aa  42.4  0.008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2495  response regulator receiver protein  33.65 
 
 		 163 aa  42.4  0.008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1446  response regulator receiver protein  40.74 
 
 		 210 aa  42.7  0.008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0398792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4214  two component LuxR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 228 aa  42.4  0.009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0601429  normal  0.0532868 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3668  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.35 
 
 		 213 aa  42  0.01  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1651  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.09 
 
 		 227 aa  42  0.01  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.705317  normal  0.304873 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3606  regulatory protein, LuxR  40.35 
 
 		 229 aa  42  0.01  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.527821  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3764  response regulator receiver  42.59 
 
 		 217 aa  42.4  0.01  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.321181  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5233  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.89 
 
 		 223 aa  42.4  0.01  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.114456  hitchhiker  0.000738291 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>