65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2828 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2828  transcriptional regulator SyrR  100 
 
 		 257 aa  523  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00104787  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2575  regulatory protein, LuxR  85.16 
 
 		 257 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.940771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2210  LuxR family transcriptional regulator  58.1 
 
 		 264 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2602  regulatory protein, LuxR  44.22 
 
 		 268 aa  192  4e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.718  normal  0.21056 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2607  regulatory protein, LuxR  41 
 
 		 276 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0221488  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6466  LuxR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 284 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6468  LuxR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 296 aa  118  9e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2216  LuxR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 259 aa  103  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000111969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2601  regulatory protein, LuxR  28.79 
 
 		 284 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.119177 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5172  LuxR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 278 aa  99.8  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.245144  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2786  LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 		 294 aa  98.2  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3335  LuxR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 277 aa  95.9  5e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5198  LuxR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 301 aa  95.1  9e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3394  LuxR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 294 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4122  LuxR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 294 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.161266 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4773  LuxR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 270 aa  90.5  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2833  transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 222 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2578  regulatory protein, LuxR  40.48 
 
 		 226 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.242735 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2781  LuxR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 276 aa  85.5  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1019  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 271 aa  85.5  7e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.268856 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7684  LuxR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 277 aa  70.5  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.986809  normal  0.332592 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6064  LuxR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 277 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2728  LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 272 aa  54.3  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.108423  normal  0.0203812 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7524  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 285 aa  53.9  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2759  response regulator receiver protein  38.67 
 
 		 211 aa  49.7  0.00004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.550861  normal  0.145492 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1446  response regulator receiver protein  44.07 
 
 		 210 aa  49.3  0.00007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0398792  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00210  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  46.55 
 
 		 221 aa  48.5  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.133182 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1788  response regulator receiver protein  40.98 
 
 		 211 aa  46.6  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1832  LuxR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 211 aa  46.6  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2490  transcriptional regulator, LuxR family  40.98 
 
 		 211 aa  46.6  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.230305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1220  LuxR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 272 aa  47.4  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.581514 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4124  LuxR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 269 aa  47.4  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000894771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1796  response regulator receiver protein  40.98 
 
 		 211 aa  46.6  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0358  LuxR family DNA-binding response regulator  42.59 
 
 		 213 aa  46.2  0.0005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.363  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1517  transcriptional regulator, LuxR family protein  43.1 
 
 		 210 aa  46.2  0.0005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.776537  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0342  LuxR family DNA-binding response regulator  42.59 
 
 		 213 aa  46.2  0.0005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0601944  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2725  LuxR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 211 aa  45.4  0.0008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2332  response regulator receiver protein  39.34 
 
 		 211 aa  45.4  0.0008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1880  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 210 aa  45.4  0.0009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0137892 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5726  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.07 
 
 		 228 aa  45.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.451347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2509  LuxR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 211 aa  45.4  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.592216  hitchhiker  0.00000482381 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2327  regulatory protein, LuxR  41.82 
 
 		 210 aa  45.4  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3813  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.54 
 
 		 202 aa  45.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5386  transcriptional regulator, LuxR family  32.5 
 
 		 272 aa  45.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.953712  normal  0.0884729 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2386  LuxR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 211 aa  45.4  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3506  response regulator receiver  40.54 
 
 		 202 aa  45.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.32714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2316  LuxR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 211 aa  45.4  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0642505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0800  LuxR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 296 aa  43.9  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1746  response regulator receiver protein  28.99 
 
 		 217 aa  44.3  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.59096  normal  0.157721 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0888  LuxR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 204 aa  44.3  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.227634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1817  LuxR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 211 aa  44.3  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.596206  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0443  two component LuxR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 213 aa  43.5  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1726  LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 208 aa  43.5  0.003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.474249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0876  LuxR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 269 aa  43.1  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.118506  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0062  LuxR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 275 aa  43.1  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28320  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  39.44 
 
 		 220 aa  43.1  0.004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3938  response regulator receiver protein  36.9 
 
 		 295 aa  43.1  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal  0.0101023 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4334  response regulator receiver protein  39.39 
 
 		 200 aa  43.5  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.574495  normal  0.636855 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4190  LuxR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 272 aa  42.7  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1769  putative response regulator  44.64 
 
 		 231 aa  42.7  0.006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2345  two component transcriptional regulator  40.74 
 
 		 220 aa  42.4  0.007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.499423  normal  0.134206 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1234  LuxR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 856 aa  42.4  0.007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1446  response regulator receiver protein  42.59 
 
 		 284 aa  42.4  0.007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.292382 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0656  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.35 
 
 		 218 aa  42  0.009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.214241 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17340  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  39.34 
 
 		 232 aa  42  0.01  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>