More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1349 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_1389  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 181 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.261896  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1349  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 181 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1785  LuxR family transcriptional regulator  94.48 
 
 		 228 aa  354  3.9999999999999996e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1442  LuxR family transcriptional regulator  93.37 
 
 		 181 aa  353  5.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4609  LuxR family transcriptional regulator  93.92 
 
 		 181 aa  352  2e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187636  normal  0.5658 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0982  LuxR family transcriptional regulator  93.37 
 
 		 228 aa  352  2e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1464  LuxR family transcriptional regulator  93.37 
 
 		 228 aa  352  2e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1109  LuxR family transcriptional regulator  88.4 
 
 		 181 aa  333  9e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0705073  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1876  LuxR family transcriptional regulator  88.4 
 
 		 181 aa  333  9e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0402354  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0949  LuxR family transcriptional regulator  88.4 
 
 		 181 aa  333  9e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.359362  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2609  LuxR family transcriptional regulator  88.4 
 
 		 181 aa  333  9e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1551  LuxR family transcriptional regulator  88.4 
 
 		 181 aa  333  9e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1723  sensory box transcriptional regulator  88.4 
 
 		 181 aa  333  9e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0214  LuxR family transcriptional regulator  88.4 
 
 		 181 aa  333  9e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.231548  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1698  PAS  88.4 
 
 		 181 aa  333  9e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.361141  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1564  LuxR family transcriptional regulator  79.01 
 
 		 181 aa  300  7.000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2762  transcriptional regulator, LuxR family  78.45 
 
 		 181 aa  295  2e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1365  LuxR family transcriptional regulator  77.9 
 
 		 181 aa  295  2e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1268  LuxR family transcriptional regulator  65.19 
 
 		 181 aa  254  4e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.550511  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1984  transcriptional regulator, LuxR family  66.85 
 
 		 181 aa  254  4e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1654  transcriptional regulator, LuxR family  66.3 
 
 		 181 aa  253  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00914552  normal  0.0273292 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1569  putative transcription regulator protein  65.75 
 
 		 181 aa  251  4.0000000000000004e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1152  LuxR family transcriptional regulator  65.19 
 
 		 181 aa  251  4.0000000000000004e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1761  transcriptional regulator, LuxR family  59.44 
 
 		 181 aa  229  2e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247672  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1960  LuxR family transcriptional regulator  59.44 
 
 		 181 aa  229  2e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2659  putative PAS/PAC sensor protein  59.44 
 
 		 184 aa  222  2e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1904  LuxR family transcriptional regulator  59.67 
 
 		 184 aa  220  8e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1985  LuxR family transcriptional regulator  59.56 
 
 		 185 aa  218  3.9999999999999997e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000655544 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4267  LuxR family transcriptional regulator  56.82 
 
 		 180 aa  218  5e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2636  LuxR family transcriptional regulator  58.19 
 
 		 206 aa  216  1e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3128  LuxR family transcriptional regulator  55.31 
 
 		 181 aa  215  2.9999999999999998e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3263  transcriptional regulator, LuxR family  53.23 
 
 		 188 aa  207  6e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1455  LuxR family transcriptional regulator  56.52 
 
 		 197 aa  204  7e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.231735  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2463  LuxR family transcriptional regulator  52.22 
 
 		 423 aa  201  4e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3282  LuxR family transcriptional regulator  49.45 
 
 		 202 aa  181  6e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2686  LuxR family regulatory protein  50 
 
 		 203 aa  177  9e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3273  LuxR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 185 aa  160  9e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1516  LuxR family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 182 aa  154  4e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0300196  normal  0.667528 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3436  LuxR family transcriptional regulator  40.11 
 
 		 190 aa  149  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5257  LuxR family transcriptional regulator  40.11 
 
 		 201 aa  148  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272579  normal  0.17702 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22220  Transcriptional regulator, LuxR family  41.52 
 
 		 188 aa  142  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.339277  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4682  putative PAS/PAC sensor protein  36.36 
 
 		 192 aa  114  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.706561 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.06 
 
 		 740 aa  76.6  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.06 
 
 		 756 aa  76.6  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.1 
 
 		 736 aa  62.4  0.000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.12 
 
 		 1093 aa  62.4  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0741  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.78 
 
 		 1193 aa  62  0.000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000131287 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.95 
 
 		 617 aa  61.6  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0534  response regulator receiver protein  35.11 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0241  LuxR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 216 aa  58.9  0.00000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3862  response regulator receiver protein  35.11 
 
 		 200 aa  58.5  0.00000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3602  LuxR response regulator receiver  37.72 
 
 		 206 aa  58.2  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.66617  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3517  two component LuxR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 201 aa  58.2  0.00000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.751217  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4157  DNA-binding response regulator  34.04 
 
 		 202 aa  57  0.0000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.23 
 
 		 743 aa  57.4  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0478  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.04 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0451  response regulator receiver protein  34.04 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6109  two component LuxR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 210 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0504113 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0467  two component LuxR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0400  two component LuxR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 202 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2335  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.09 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.938318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2093  two component LuxR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000328625  normal  0.180863 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3697  two component LuxR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 201 aa  55.8  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3815  response regulator receiver protein  43.4 
 
 		 212 aa  55.5  0.0000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4877  PAS sensor protein  52 
 
 		 643 aa  54.7  0.0000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5362  two component transcriptional regulator, LuxR family  52 
 
 		 643 aa  54.7  0.0000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3192  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.13 
 
 		 212 aa  54.7  0.0000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.513085  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0436  two component LuxR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 202 aa  54.7  0.0000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09690  putative two-component response regulator  44.23 
 
 		 214 aa  54.7  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000807943  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5743  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.02 
 
 		 212 aa  54.7  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3104  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.62 
 
 		 700 aa  54.3  0.0000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3143  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.33 
 
 		 652 aa  53.9  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.417887  normal  0.0487579 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3506  response regulator receiver  50.85 
 
 		 202 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.32714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3813  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.85 
 
 		 202 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2795  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.33 
 
 		 652 aa  53.9  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.950985 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0132  two component LuxR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 196 aa  53.9  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.401597  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0936  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.21 
 
 		 803 aa  53.5  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0173561 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2380  response regulator receiver protein  47.17 
 
 		 208 aa  53.5  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2095  response regulator receiver protein  38.33 
 
 		 216 aa  54.3  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1438  LuxR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 204 aa  53.1  0.000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.607012 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2788  response regulator FixJ  45.28 
 
 		 205 aa  53.1  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0210669  normal  0.0766422 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2960  LuxR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 249 aa  53.1  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00617969  normal  0.0717872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2387  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.45 
 
 		 207 aa  52.8  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.132486  normal  0.384012 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2977  response regulator receiver protein  54 
 
 		 208 aa  52.8  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.286368 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1499  LuxR family two component transcriptional regulator  42.86 
 
 		 209 aa  52.4  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2117  response regulator FixJ  39.81 
 
 		 205 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2222  response regulator FixJ  37.68 
 
 		 205 aa  52.4  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446915  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3891  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.33 
 
 		 213 aa  52.8  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4080  transcriptional regulatory protein UhpA  38.96 
 
 		 196 aa  52  0.000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3850  two component LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 209 aa  52  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4132  two-component system response regulator  38.96 
 
 		 196 aa  52  0.000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.249835 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4087  LuxR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 183 aa  52.4  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0386906 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0913  PAS sensor protein  24.82 
 
 		 2035 aa  52  0.000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.271495  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0034  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.64 
 
 		 196 aa  52  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1293  LuxR family DNA-binding response regulator  42.59 
 
 		 216 aa  52  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1521  response regulator  39.29 
 
 		 212 aa  52  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410508 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5099  DNA-binding transcriptional activator UhpA  44.64 
 
 		 196 aa  52  0.000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0828785 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3882  DNA-binding transcriptional activator UhpA  44.64 
 
 		 196 aa  52  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4034  DNA-binding transcriptional activator UhpA  44.64 
 
 		 196 aa  52  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.383338 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1500  response regulator  39.29 
 
 		 212 aa  52  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000401264 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>