More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2659 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2659  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 		 184 aa  383  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1904  LuxR family transcriptional regulator  87.85 
 
 		 184 aa  343  7e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3128  LuxR family transcriptional regulator  75.96 
 
 		 181 aa  296  1e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1761  transcriptional regulator, LuxR family  75.41 
 
 		 181 aa  293  1e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247672  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1960  LuxR family transcriptional regulator  75.41 
 
 		 181 aa  293  1e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2636  LuxR family transcriptional regulator  75.69 
 
 		 206 aa  290  9e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4267  LuxR family transcriptional regulator  75.14 
 
 		 180 aa  286  1e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130529  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3263  transcriptional regulator, LuxR family  69.57 
 
 		 188 aa  271  3e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1268  LuxR family transcriptional regulator  67.6 
 
 		 181 aa  257  6e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.550511  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1152  LuxR family transcriptional regulator  67.04 
 
 		 181 aa  256  1e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2762  transcriptional regulator, LuxR family  63.33 
 
 		 181 aa  244  4.9999999999999997e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1455  LuxR family transcriptional regulator  63.24 
 
 		 197 aa  244  6e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.231735  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1985  LuxR family transcriptional regulator  60.77 
 
 		 185 aa  239  1e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000655544 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1569  putative transcription regulator protein  63.33 
 
 		 181 aa  239  2e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1984  transcriptional regulator, LuxR family  62.78 
 
 		 181 aa  238  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1564  LuxR family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 181 aa  238  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1654  transcriptional regulator, LuxR family  62.22 
 
 		 181 aa  237  6.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00914552  normal  0.0273292 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1365  LuxR family transcriptional regulator  62.22 
 
 		 181 aa  236  9e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1785  LuxR family transcriptional regulator  62.57 
 
 		 228 aa  233  1.0000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1442  LuxR family transcriptional regulator  61.11 
 
 		 181 aa  230  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1109  LuxR family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 181 aa  230  8.000000000000001e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0705073  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1876  LuxR family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 181 aa  230  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0402354  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0949  LuxR family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 181 aa  230  8.000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.359362  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1723  sensory box transcriptional regulator  61.67 
 
 		 181 aa  230  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2609  LuxR family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 181 aa  230  8.000000000000001e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1698  PAS  61.67 
 
 		 181 aa  230  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.361141  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0214  LuxR family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 181 aa  230  8.000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.231548  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1551  LuxR family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 181 aa  230  8.000000000000001e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4609  LuxR family transcriptional regulator  60.89 
 
 		 181 aa  229  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187636  normal  0.5658 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0982  LuxR family transcriptional regulator  61.45 
 
 		 228 aa  229  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1464  LuxR family transcriptional regulator  61.45 
 
 		 228 aa  229  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1389  LuxR family transcriptional regulator  59.44 
 
 		 181 aa  222  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.261896  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1349  LuxR family transcriptional regulator  59.44 
 
 		 181 aa  222  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2463  LuxR family transcriptional regulator  50.83 
 
 		 423 aa  201  6e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2686  LuxR family regulatory protein  48.04 
 
 		 203 aa  176  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3282  LuxR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 202 aa  173  9.999999999999999e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3436  LuxR family transcriptional regulator  46.45 
 
 		 190 aa  160  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3273  LuxR family transcriptional regulator  48.57 
 
 		 185 aa  159  2e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5257  LuxR family transcriptional regulator  46.45 
 
 		 201 aa  159  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272579  normal  0.17702 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1516  LuxR family transcriptional regulator  48.85 
 
 		 182 aa  158  4e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0300196  normal  0.667528 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22220  Transcriptional regulator, LuxR family  47.19 
 
 		 188 aa  151  5.9999999999999996e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.339277  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4682  putative PAS/PAC sensor protein  36.67 
 
 		 192 aa  117  7.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.706561 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.88 
 
 		 740 aa  83.6  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.88 
 
 		 756 aa  83.6  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3517  two component LuxR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 201 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.751217  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.41 
 
 		 1093 aa  68.9  0.00000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4157  DNA-binding response regulator  38.3 
 
 		 202 aa  68.6  0.00000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.41 
 
 		 743 aa  68.2  0.00000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3697  two component LuxR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 201 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.13 
 
 		 736 aa  66.6  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0436  two component LuxR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 202 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1268  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 220 aa  65.9  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6109  two component LuxR family transcriptional regulator  60.38 
 
 		 210 aa  65.5  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0504113 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.05 
 
 		 617 aa  64.7  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0534  response regulator receiver protein  36.17 
 
 		 200 aa  64.7  0.0000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3862  response regulator receiver protein  37.89 
 
 		 200 aa  63.5  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2774  LuxR family DNA-binding response regulator  54.55 
 
 		 216 aa  62  0.000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3891  two component transcriptional regulator, LuxR family  60 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0241  LuxR family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 216 aa  62  0.000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0451  response regulator receiver protein  36.84 
 
 		 200 aa  61.6  0.000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0467  two component LuxR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 200 aa  61.6  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0478  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.84 
 
 		 200 aa  61.2  0.000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0400  two component LuxR family transcriptional regulator  57.63 
 
 		 202 aa  61.2  0.000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1204  two component LuxR family transcriptional regulator  53.57 
 
 		 213 aa  60.8  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1127  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.09 
 
 		 742 aa  60.8  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.799055 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2791  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.48 
 
 		 213 aa  60.1  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0590322  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0903  putative two-component response regulator  53.85 
 
 		 212 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.96795  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4101  two component LuxR family transcriptional regulator  53.57 
 
 		 229 aa  59.7  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.878116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3506  response regulator receiver  58.18 
 
 		 202 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.32714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3813  two component transcriptional regulator, LuxR family  58.18 
 
 		 202 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4067  two component LuxR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 209 aa  58.5  0.00000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1854  LuxR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 310 aa  57.8  0.00000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1438  LuxR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 204 aa  57  0.0000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.607012 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2117  response regulator FixJ  44.58 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0741  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.05 
 
 		 1193 aa  56.2  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000131287 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4219  two component LuxR family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.186755  normal  0.698621 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3275  response regulator FixJ  49.28 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0936  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.84 
 
 		 803 aa  55.8  0.0000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0173561 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1135  two component LuxR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 201 aa  55.8  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.564331  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3082  two component LuxR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 201 aa  55.8  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0470395  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4282  two component LuxR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 217 aa  55.8  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0872  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 		 500 aa  55.8  0.0000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.3427  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.7 
 
 		 940 aa  55.5  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1722  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.64 
 
 		 1007 aa  55.5  0.0000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.608863  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  30.07 
 
 		 437 aa  55.1  0.0000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1719  response regulator receiver  48.08 
 
 		 231 aa  55.1  0.0000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760885  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3796  two component LuxR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 209 aa  55.1  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1707  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  44.64 
 
 		 1057 aa  55.1  0.0000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09690  putative two-component response regulator  48.08 
 
 		 214 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000807943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2093  two component LuxR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 206 aa  55.1  0.0000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000328625  normal  0.180863 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3173  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.17 
 
 		 696 aa  55.1  0.0000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000648957 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2371  two component LuxR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 209 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.820742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0530  two component LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 211 aa  54.7  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3815  response regulator receiver protein  45.28 
 
 		 212 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  53.57 
 
 		 214 aa  53.9  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1499  LuxR family two component transcriptional regulator  47.54 
 
 		 209 aa  53.5  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1552  response regulator receiver protein  46.15 
 
 		 199 aa  53.9  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0975  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 508 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1484  response regulator  41.07 
 
 		 212 aa  53.9  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.923295  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4877  PAS sensor protein  53.7 
 
 		 643 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>