More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3436 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3436  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
190 aa  393  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5257  LuxR family transcriptional regulator  99.47 
 
 
201 aa  391  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272579  normal  0.17702 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1569  putative transcription regulator protein  45.6 
 
 
181 aa  172  1.9999999999999998e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1984  transcriptional regulator, LuxR family  43.96 
 
 
181 aa  168  5e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1654  transcriptional regulator, LuxR family  43.41 
 
 
181 aa  166  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00914552  normal  0.0273292 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1268  LuxR family transcriptional regulator  44.75 
 
 
181 aa  166  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.550511  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1152  LuxR family transcriptional regulator  44.75 
 
 
181 aa  164  5.9999999999999996e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3128  LuxR family transcriptional regulator  45.25 
 
 
181 aa  161  4.0000000000000004e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2762  transcriptional regulator, LuxR family  42.31 
 
 
181 aa  160  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2659  putative PAS/PAC sensor protein  46.45 
 
 
184 aa  160  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610305  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2636  LuxR family transcriptional regulator  45.56 
 
 
206 aa  159  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1904  LuxR family transcriptional regulator  45.11 
 
 
184 aa  159  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1985  LuxR family transcriptional regulator  44.5 
 
 
185 aa  159  3e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000655544 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1698  PAS  42.31 
 
 
181 aa  157  6e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.361141  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0214  LuxR family transcriptional regulator  42.31 
 
 
181 aa  157  6e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.231548  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1109  LuxR family transcriptional regulator  42.31 
 
 
181 aa  157  6e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0705073  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1723  sensory box transcriptional regulator  42.31 
 
 
181 aa  157  6e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1876  LuxR family transcriptional regulator  42.31 
 
 
181 aa  157  6e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0402354  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2609  LuxR family transcriptional regulator  42.31 
 
 
181 aa  157  6e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1551  LuxR family transcriptional regulator  42.31 
 
 
181 aa  157  6e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0949  LuxR family transcriptional regulator  42.31 
 
 
181 aa  157  6e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.359362  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1564  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
181 aa  157  9e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3263  transcriptional regulator, LuxR family  41.8 
 
 
188 aa  156  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1761  transcriptional regulator, LuxR family  44.69 
 
 
181 aa  156  2e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247672  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2463  LuxR family transcriptional regulator  43.39 
 
 
423 aa  155  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4267  LuxR family transcriptional regulator  42.78 
 
 
180 aa  155  2e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130529  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1960  LuxR family transcriptional regulator  44.69 
 
 
181 aa  156  2e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1442  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
181 aa  155  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1785  LuxR family transcriptional regulator  41.85 
 
 
228 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1365  LuxR family transcriptional regulator  41.76 
 
 
181 aa  154  6e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4609  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
181 aa  154  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187636  normal  0.5658 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0982  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
228 aa  154  7e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1464  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
228 aa  154  7e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1389  LuxR family transcriptional regulator  40.11 
 
 
181 aa  149  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.261896  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1349  LuxR family transcriptional regulator  40.11 
 
 
181 aa  149  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1455  LuxR family transcriptional regulator  41.85 
 
 
197 aa  147  6e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.231735  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3273  LuxR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
185 aa  124  6e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2686  LuxR family regulatory protein  37.43 
 
 
203 aa  123  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1516  LuxR family transcriptional regulator  38.37 
 
 
182 aa  118  3.9999999999999996e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0300196  normal  0.667528 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22220  Transcriptional regulator, LuxR family  34.68 
 
 
188 aa  117  9e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.339277  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4682  putative PAS/PAC sensor protein  37.43 
 
 
192 aa  115  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.706561 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3282  LuxR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
202 aa  114  6.9999999999999995e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.3 
 
 
740 aa  60.1  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.3 
 
 
756 aa  59.7  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1204  two component LuxR family transcriptional regulator  51.85 
 
 
213 aa  59.3  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1062  transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 
234 aa  59.3  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1063  LuxR family DNA-binding response regulator  39.53 
 
 
232 aa  58.9  0.00000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.815436  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4101  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 
229 aa  58.9  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.878116  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_934  DNA-binding response regulator, LuxR family  38.37 
 
 
232 aa  58.5  0.00000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.717523  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  46.88 
 
 
214 aa  58.9  0.00000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0945  two component LuxR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
232 aa  57.4  0.0000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2791  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.09 
 
 
213 aa  57.4  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0590322  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0400  two component LuxR family transcriptional regulator  51.85 
 
 
202 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3891  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.85 
 
 
213 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0700  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.59 
 
 
218 aa  57  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00980919  normal  0.316207 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4282  two component LuxR family transcriptional regulator  48.15 
 
 
217 aa  55.8  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5090  two component LuxR family transcriptional regulator  47.17 
 
 
214 aa  55.5  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.159727  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2117  response regulator FixJ  42.05 
 
 
205 aa  55.8  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3796  two component LuxR family transcriptional regulator  36.05 
 
 
209 aa  55.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1878  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.29 
 
 
208 aa  55.5  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3181  two component LuxR family transcriptional regulator  47.17 
 
 
214 aa  55.5  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.246114  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5186  two component LuxR family transcriptional regulator  47.17 
 
 
214 aa  55.5  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0233056 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4618  two component LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
224 aa  55.5  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01901  hypothetical protein  29.91 
 
 
261 aa  55.5  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6109  two component LuxR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
210 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0504113 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.27 
 
 
736 aa  55.1  0.0000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0903  putative two-component response regulator  43.1 
 
 
212 aa  54.7  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.96795  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0819  LuxR family two component transcriptional regulator  47.27 
 
 
227 aa  54.7  0.0000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.633548  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2380  response regulator receiver protein  47.17 
 
 
208 aa  54.7  0.0000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3813  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 
202 aa  54.7  0.0000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3506  response regulator receiver  50 
 
 
202 aa  54.7  0.0000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.32714  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3850  two component LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
209 aa  54.3  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4157  DNA-binding response regulator  40.74 
 
 
202 aa  53.9  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1499  LuxR family two component transcriptional regulator  42.86 
 
 
209 aa  54.3  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2222  response regulator FixJ  43.86 
 
 
205 aa  53.9  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446915  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2093  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 
206 aa  53.9  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000328625  normal  0.180863 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5693  two component LuxR family transcriptional regulator  45.28 
 
 
224 aa  54.3  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.247452 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6273  response regulator FixJ  43.1 
 
 
204 aa  53.1  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.664827  normal  0.544702 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0241  LuxR family transcriptional regulator  48.08 
 
 
216 aa  53.5  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3365  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.77 
 
 
216 aa  53.5  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.7758  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6835  transcriptional regulator, LuxR family  50.94 
 
 
222 aa  53.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80633  normal  0.285546 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3747  two component LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
206 aa  53.5  0.000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1561  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.45 
 
 
199 aa  52.8  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1719  response regulator receiver  46.15 
 
 
231 aa  53.1  0.000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760885  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3517  two component LuxR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
201 aa  52.8  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.751217  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2968  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 
207 aa  53.1  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.138 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4015  response regulator receiver protein  45.16 
 
 
216 aa  52.4  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2437  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.61 
 
 
218 aa  52.4  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0276  two component transcription LuxR family regulatory protein  45.61 
 
 
224 aa  52.4  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00306595  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1272  transcriptional regulator, LuxR family  38.67 
 
 
967 aa  52.4  0.000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.47802  normal  0.275164 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2884  two component LuxR family transcriptional regulator  41.51 
 
 
229 aa  52.4  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.538425 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3697  two component LuxR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
201 aa  52.4  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4179  DNA-binding transcriptional activator UhpA  50.98 
 
 
196 aa  52  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.59 
 
 
1093 aa  52  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3108  LuxR response regulator receiver  44.64 
 
 
202 aa  52.4  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.786061  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4071  DNA-binding transcriptional activator UhpA  50.98 
 
 
196 aa  52  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4000  DNA-binding transcriptional activator UhpA  50.98 
 
 
196 aa  52  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.348805  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3839  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.4 
 
 
210 aa  52  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.287356  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0530  two component LuxR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
211 aa  52  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4121  DNA-binding transcriptional activator UhpA  50.98 
 
 
196 aa  52  0.000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.97066  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>