More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_1960 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008782  Ajs_1960  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 181 aa  374  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1761  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 181 aa  374  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247672  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3128  LuxR family transcriptional regulator  88.4 
 
 		 181 aa  338  2e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4267  LuxR family transcriptional regulator  87.01 
 
 		 180 aa  326  1.0000000000000001e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1904  LuxR family transcriptional regulator  76.8 
 
 		 184 aa  295  3e-79  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2659  putative PAS/PAC sensor protein  75.41 
 
 		 184 aa  293  1e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2636  LuxR family transcriptional regulator  74.58 
 
 		 206 aa  291  5e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1152  LuxR family transcriptional regulator  67.04 
 
 		 181 aa  266  2e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1268  LuxR family transcriptional regulator  64.8 
 
 		 181 aa  259  1e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.550511  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3263  transcriptional regulator, LuxR family  65.76 
 
 		 188 aa  258  4e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2762  transcriptional regulator, LuxR family  65 
 
 		 181 aa  257  7e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1569  putative transcription regulator protein  65 
 
 		 181 aa  254  4e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1564  LuxR family transcriptional regulator  62.22 
 
 		 181 aa  248  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1984  transcriptional regulator, LuxR family  62.78 
 
 		 181 aa  249  2e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1365  LuxR family transcriptional regulator  63.33 
 
 		 181 aa  248  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1654  transcriptional regulator, LuxR family  62.22 
 
 		 181 aa  247  5e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00914552  normal  0.0273292 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0949  LuxR family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 181 aa  240  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.359362  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1109  LuxR family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 181 aa  240  1e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0705073  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1723  sensory box transcriptional regulator  61.67 
 
 		 181 aa  240  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1876  LuxR family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 181 aa  240  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0402354  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0214  LuxR family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 181 aa  240  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.231548  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1551  LuxR family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 181 aa  240  1e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2609  LuxR family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 181 aa  240  1e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1698  PAS  61.67 
 
 		 181 aa  240  1e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.361141  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1785  LuxR family transcriptional regulator  62.01 
 
 		 228 aa  238  5e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1455  LuxR family transcriptional regulator  63.24 
 
 		 197 aa  236  2e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.231735  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1985  LuxR family transcriptional regulator  60 
 
 		 185 aa  231  3e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000655544 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1389  LuxR family transcriptional regulator  59.44 
 
 		 181 aa  229  2e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.261896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4609  LuxR family transcriptional regulator  59.22 
 
 		 181 aa  229  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187636  normal  0.5658 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1349  LuxR family transcriptional regulator  59.44 
 
 		 181 aa  229  2e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1442  LuxR family transcriptional regulator  60.57 
 
 		 181 aa  228  4e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0982  LuxR family transcriptional regulator  60.57 
 
 		 228 aa  226  1e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1464  LuxR family transcriptional regulator  60.57 
 
 		 228 aa  226  1e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2463  LuxR family transcriptional regulator  51.41 
 
 		 423 aa  202  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3282  LuxR family transcriptional regulator  46.29 
 
 		 202 aa  176  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2686  LuxR family regulatory protein  46.29 
 
 		 203 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3273  LuxR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 185 aa  167  6e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3436  LuxR family transcriptional regulator  44.69 
 
 		 190 aa  156  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5257  LuxR family transcriptional regulator  44.69 
 
 		 201 aa  156  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272579  normal  0.17702 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1516  LuxR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 182 aa  152  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0300196  normal  0.667528 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22220  Transcriptional regulator, LuxR family  45.4 
 
 		 188 aa  148  5e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.339277  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4682  putative PAS/PAC sensor protein  37.21 
 
 		 192 aa  124  6e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.706561 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.5 
 
 		 740 aa  83.6  0.000000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.5 
 
 		 756 aa  83.6  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.34 
 
 		 1093 aa  81.3  0.000000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.27 
 
 		 736 aa  71.6  0.000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3173  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.21 
 
 		 696 aa  70.5  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000648957 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.8 
 
 		 743 aa  70.5  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3517  two component LuxR family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 201 aa  68.9  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.751217  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4157  DNA-binding response regulator  42.39 
 
 		 202 aa  67.8  0.00000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3697  two component LuxR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 201 aa  66.6  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0436  two component LuxR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 202 aa  65.1  0.0000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.02 
 
 		 617 aa  63.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.07 
 
 		 940 aa  64.3  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0534  response regulator receiver protein  38.04 
 
 		 200 aa  63.2  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1854  LuxR family transcriptional regulator  53.7 
 
 		 310 aa  61.2  0.000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1127  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.77 
 
 		 742 aa  61.6  0.000000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.799055 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3862  response regulator receiver protein  39.13 
 
 		 200 aa  60.8  0.000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0936  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.1 
 
 		 803 aa  60.8  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0173561 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0467  two component LuxR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 200 aa  60.5  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0451  response regulator receiver protein  39.13 
 
 		 200 aa  60.5  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0478  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.13 
 
 		 200 aa  60.1  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0241  LuxR family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 216 aa  60.1  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0872  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.08 
 
 		 500 aa  59.7  0.00000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.3427  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3796  two component LuxR family transcriptional regulator  51.61 
 
 		 209 aa  60.1  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0400  two component LuxR family transcriptional regulator  59.32 
 
 		 202 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1722  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.27 
 
 		 1007 aa  59.7  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.608863  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0530  two component LuxR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 211 aa  58.5  0.00000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6109  two component LuxR family transcriptional regulator  56.6 
 
 		 210 aa  58.5  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0504113 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1204  two component LuxR family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 213 aa  58.5  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1438  LuxR family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 204 aa  57.4  0.0000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.607012 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3850  two component LuxR family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 209 aa  57  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4087  LuxR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 183 aa  57.4  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0386906 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3891  two component transcriptional regulator, LuxR family  57.38 
 
 		 213 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1499  LuxR family two component transcriptional regulator  49.18 
 
 		 209 aa  57  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2774  LuxR family DNA-binding response regulator  52.73 
 
 		 216 aa  56.6  0.0000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1878  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.18 
 
 		 208 aa  56.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3506  response regulator receiver  55.74 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.32714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1421  putative PAS/PAC sensor protein  26.02 
 
 		 588 aa  55.8  0.0000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0454368  normal  0.405903 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3813  two component transcriptional regulator, LuxR family  55.74 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1258  response regulator VieA  44.26 
 
 		 584 aa  56.2  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.204001  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0209  two component LuxR family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 225 aa  55.5  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.641351 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5362  two component transcriptional regulator, LuxR family  57.41 
 
 		 643 aa  55.1  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4877  PAS sensor protein  57.41 
 
 		 643 aa  55.1  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1900  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.96 
 
 		 405 aa  55.1  0.0000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.56282  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0943  two component LuxR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 214 aa  55.1  0.0000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2093  two component LuxR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 206 aa  55.1  0.0000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000328625  normal  0.180863 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0903  putative two-component response regulator  51.92 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.96795  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0975  two component transcriptional regulator, LuxR family  55.56 
 
 		 508 aa  55.1  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1268  two component LuxR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 220 aa  54.7  0.0000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4101  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 229 aa  54.7  0.0000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.878116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0961  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.4 
 
 		 1611 aa  54.7  0.0000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100608  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0630  response regulator FixJ  42.57 
 
 		 204 aa  54.3  0.0000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.136769  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_003296  RS02316  transcription regulator protein  46.27 
 
 		 227 aa  53.9  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.499262 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1135  two component LuxR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 201 aa  53.5  0.000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.564331  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2788  response regulator FixJ  47.27 
 
 		 205 aa  53.9  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0210669  normal  0.0766422 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.34 
 
 		 1767 aa  54.3  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.34 
 
 		 1767 aa  54.3  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  25.81 
 
 		 437 aa  54.3  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2095  response regulator receiver protein  34.15 
 
 		 216 aa  54.3  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>