More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3282 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3282  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 202 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2686  LuxR family regulatory protein  77.66 
 
 		 203 aa  304  6e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2463  LuxR family transcriptional regulator  51.34 
 
 		 423 aa  208  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1268  LuxR family transcriptional regulator  49.43 
 
 		 181 aa  188  4e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.550511  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1551  LuxR family transcriptional regulator  51.14 
 
 		 181 aa  186  2e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1723  sensory box transcriptional regulator  51.14 
 
 		 181 aa  186  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1109  LuxR family transcriptional regulator  51.14 
 
 		 181 aa  186  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0705073  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1698  PAS  51.14 
 
 		 181 aa  186  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.361141  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1876  LuxR family transcriptional regulator  51.14 
 
 		 181 aa  186  2e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0402354  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0949  LuxR family transcriptional regulator  51.14 
 
 		 181 aa  186  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.359362  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2609  LuxR family transcriptional regulator  51.14 
 
 		 181 aa  186  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0214  LuxR family transcriptional regulator  51.14 
 
 		 181 aa  186  2e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.231548  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2762  transcriptional regulator, LuxR family  49.45 
 
 		 181 aa  185  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4609  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 181 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187636  normal  0.5658 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1152  LuxR family transcriptional regulator  47.16 
 
 		 181 aa  182  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1442  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 181 aa  181  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1785  LuxR family transcriptional regulator  48.68 
 
 		 228 aa  181  6e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1389  LuxR family transcriptional regulator  49.45 
 
 		 181 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.261896  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1349  LuxR family transcriptional regulator  49.45 
 
 		 181 aa  181  8.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0982  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 228 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1464  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 228 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1365  LuxR family transcriptional regulator  48.35 
 
 		 181 aa  180  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1564  LuxR family transcriptional regulator  48.35 
 
 		 181 aa  179  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1984  transcriptional regulator, LuxR family  46.7 
 
 		 181 aa  179  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1654  transcriptional regulator, LuxR family  46.15 
 
 		 181 aa  177  7e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00914552  normal  0.0273292 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3128  LuxR family transcriptional regulator  46.86 
 
 		 181 aa  177  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1569  putative transcription regulator protein  45.6 
 
 		 181 aa  176  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1904  LuxR family transcriptional regulator  46.7 
 
 		 184 aa  176  3e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1960  LuxR family transcriptional regulator  46.29 
 
 		 181 aa  176  3e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1761  transcriptional regulator, LuxR family  46.29 
 
 		 181 aa  176  3e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247672  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3273  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 185 aa  174  9.999999999999999e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2659  putative PAS/PAC sensor protein  46.67 
 
 		 184 aa  173  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2636  LuxR family transcriptional regulator  43.09 
 
 		 206 aa  169  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4267  LuxR family transcriptional regulator  45.14 
 
 		 180 aa  167  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1455  LuxR family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 197 aa  161  8.000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.231735  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1985  LuxR family transcriptional regulator  45.25 
 
 		 185 aa  158  4e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000655544 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3263  transcriptional regulator, LuxR family  41.94 
 
 		 188 aa  158  5e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1516  LuxR family transcriptional regulator  42.44 
 
 		 182 aa  136  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0300196  normal  0.667528 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22220  Transcriptional regulator, LuxR family  41.44 
 
 		 188 aa  135  4e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.339277  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4682  putative PAS/PAC sensor protein  34.83 
 
 		 192 aa  129  4.0000000000000003e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.706561 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3436  LuxR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 190 aa  114  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5257  LuxR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 201 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272579  normal  0.17702 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.84 
 
 		 1093 aa  77  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.77 
 
 		 756 aa  76.6  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.77 
 
 		 740 aa  76.6  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.8 
 
 		 736 aa  73.9  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.52 
 
 		 743 aa  72.4  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.15 
 
 		 617 aa  70.1  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2093  two component LuxR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 206 aa  65.5  0.0000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000328625  normal  0.180863 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0530  two component LuxR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 211 aa  65.1  0.0000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3296  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  26.23 
 
 		 650 aa  63.2  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.11 
 
 		 940 aa  62  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  29.81 
 
 		 437 aa  62.4  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0241  LuxR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 216 aa  62  0.000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0741  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  26.09 
 
 		 1193 aa  61.6  0.000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000131287 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3850  two component LuxR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 209 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1499  LuxR family two component transcriptional regulator  48.08 
 
 		 209 aa  60.5  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1878  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.08 
 
 		 208 aa  60.1  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3796  two component LuxR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 209 aa  59.7  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0514  LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 206 aa  59.7  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.520301 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0317  LuxR family DNA-binding response regulator  44.83 
 
 		 250 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0309445  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3357  two component LuxR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 238 aa  58.2  0.00000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.1255  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3192  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.07 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.513085  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2343  two component LuxR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 211 aa  57.4  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.999882  normal  0.0841394 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1744  response regulator receiver protein  47.54 
 
 		 213 aa  56.6  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.933486  normal  0.721753 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3104  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.62 
 
 		 700 aa  57  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1135  two component LuxR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 201 aa  57  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.564331  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3082  two component LuxR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 201 aa  57  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0470395  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2911  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.08 
 
 		 209 aa  57  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0105  two component LuxR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 215 aa  56.6  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0303042  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3602  LuxR response regulator receiver  39.71 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.66617  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0907  two component LuxR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 202 aa  56.2  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.285724  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1229  two component LuxR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 502 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2567  response regulator receiver protein  43.28 
 
 		 202 aa  56.2  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.94208 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1038  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.64 
 
 		 215 aa  56.2  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.942109  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4290  two component LuxR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 218 aa  56.2  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4126  response regulator receiver protein  56.86 
 
 		 202 aa  56.2  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2117  response regulator FixJ  47.17 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3389  response regulator receiver protein  39.24 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4087  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0386906 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2131  diguanylate cyclase  28.8 
 
 		 760 aa  55.1  0.0000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.24997  normal  0.523134 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3910  two component LuxR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.855973 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  46.15 
 
 		 214 aa  55.1  0.0000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1438  LuxR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 204 aa  55.1  0.0000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.607012 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3108  LuxR response regulator receiver  38.98 
 
 		 202 aa  55.1  0.0000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.786061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2505  two component LuxR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.382458  normal  0.897172 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1500  Signal transduction histidine kinase (STHK) with CheB and CheR activity  47.17 
 
 		 1483 aa  55.1  0.0000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0975  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.92 
 
 		 508 aa  55.1  0.0000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5346  two component LuxR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0593225  normal  0.752943 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3610  two component LuxR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 210 aa  55.1  0.0000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.603365  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1385  two component LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 212 aa  54.7  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6248  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 633 aa  54.7  0.0000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.713882 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1655  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.29 
 
 		 208 aa  54.7  0.0000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2127  two component LuxR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 208 aa  54.7  0.0000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.583598  normal  0.797665 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2782  two component LuxR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 214 aa  54.7  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.834695  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2674  two component LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 208 aa  54.3  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1552  response regulator receiver protein  47.17 
 
 		 199 aa  54.3  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1644  two component LuxR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 207 aa  54.3  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0578076 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3982  two component LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 216 aa  54.3  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0179399 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0400  two component LuxR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 202 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>