More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1654 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1654  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 
181 aa  377  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00914552  normal  0.0273292 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1984  transcriptional regulator, LuxR family  98.9 
 
 
181 aa  373  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1569  putative transcription regulator protein  94.48 
 
 
181 aa  363  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1152  LuxR family transcriptional regulator  76.24 
 
 
181 aa  300  9e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1268  LuxR family transcriptional regulator  76.24 
 
 
181 aa  299  1e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.550511  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2762  transcriptional regulator, LuxR family  69.61 
 
 
181 aa  274  4e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1365  LuxR family transcriptional regulator  68.51 
 
 
181 aa  270  7e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1109  LuxR family transcriptional regulator  67.4 
 
 
181 aa  262  2e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0705073  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1723  sensory box transcriptional regulator  67.4 
 
 
181 aa  262  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1876  LuxR family transcriptional regulator  67.4 
 
 
181 aa  262  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0402354  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2609  LuxR family transcriptional regulator  67.4 
 
 
181 aa  262  2e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0949  LuxR family transcriptional regulator  67.4 
 
 
181 aa  262  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.359362  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1698  PAS  67.4 
 
 
181 aa  262  2e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.361141  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0214  LuxR family transcriptional regulator  67.4 
 
 
181 aa  262  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.231548  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1551  LuxR family transcriptional regulator  67.4 
 
 
181 aa  262  2e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1564  LuxR family transcriptional regulator  64.64 
 
 
181 aa  259  1e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1785  LuxR family transcriptional regulator  66.3 
 
 
228 aa  256  1e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4609  LuxR family transcriptional regulator  65.75 
 
 
181 aa  255  2e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187636  normal  0.5658 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1349  LuxR family transcriptional regulator  66.3 
 
 
181 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1389  LuxR family transcriptional regulator  66.3 
 
 
181 aa  253  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.261896  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1442  LuxR family transcriptional regulator  65.19 
 
 
181 aa  252  3e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0982  LuxR family transcriptional regulator  65.19 
 
 
228 aa  250  7e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1464  LuxR family transcriptional regulator  65.19 
 
 
228 aa  250  7e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1761  transcriptional regulator, LuxR family  62.22 
 
 
181 aa  247  5e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247672  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1960  LuxR family transcriptional regulator  62.22 
 
 
181 aa  247  5e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4267  LuxR family transcriptional regulator  63.07 
 
 
180 aa  245  2e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130529  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2659  putative PAS/PAC sensor protein  62.22 
 
 
184 aa  237  6.999999999999999e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610305  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3128  LuxR family transcriptional regulator  58.66 
 
 
181 aa  235  2e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1904  LuxR family transcriptional regulator  60.77 
 
 
184 aa  234  6e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1985  LuxR family transcriptional regulator  60.66 
 
 
185 aa  229  2e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000655544 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2636  LuxR family transcriptional regulator  59.32 
 
 
206 aa  228  4e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1455  LuxR family transcriptional regulator  57.07 
 
 
197 aa  219  9.999999999999999e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.231735  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3263  transcriptional regulator, LuxR family  54.3 
 
 
188 aa  210  7e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2463  LuxR family transcriptional regulator  49.72 
 
 
423 aa  197  9e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3282  LuxR family transcriptional regulator  46.15 
 
 
202 aa  177  5.999999999999999e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2686  LuxR family regulatory protein  47.73 
 
 
203 aa  177  7e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3436  LuxR family transcriptional regulator  43.41 
 
 
190 aa  166  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5257  LuxR family transcriptional regulator  43.41 
 
 
201 aa  165  2.9999999999999998e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272579  normal  0.17702 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3273  LuxR family transcriptional regulator  45.93 
 
 
185 aa  163  1.0000000000000001e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1516  LuxR family transcriptional regulator  43.58 
 
 
182 aa  147  9e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0300196  normal  0.667528 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22220  Transcriptional regulator, LuxR family  43.35 
 
 
188 aa  139  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.339277  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4682  putative PAS/PAC sensor protein  36.93 
 
 
192 aa  116  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.706561 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.23 
 
 
756 aa  73.2  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.23 
 
 
740 aa  73.2  0.000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.93 
 
 
736 aa  68.9  0.00000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1127  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.91 
 
 
742 aa  65.5  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.799055 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0534  response regulator receiver protein  37 
 
 
200 aa  63.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3862  response regulator receiver protein  37.86 
 
 
200 aa  62.4  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.53 
 
 
617 aa  62.8  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.36 
 
 
1093 aa  62  0.000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3891  two component transcriptional regulator, LuxR family  58.18 
 
 
213 aa  62  0.000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.17 
 
 
743 aa  61.6  0.000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3517  two component LuxR family transcriptional regulator  37 
 
 
201 aa  61.6  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.751217  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09690  putative two-component response regulator  54.72 
 
 
214 aa  61.6  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000807943  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0400  two component LuxR family transcriptional regulator  58.49 
 
 
202 aa  61.6  0.000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3813  two component transcriptional regulator, LuxR family  56.36 
 
 
202 aa  61.2  0.000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3506  response regulator receiver  56.36 
 
 
202 aa  61.2  0.000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.32714  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4157  DNA-binding response regulator  37 
 
 
202 aa  60.8  0.000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2977  response regulator receiver protein  54.72 
 
 
208 aa  60.8  0.000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.286368 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0478  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.89 
 
 
200 aa  60.5  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1854  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 
310 aa  60.8  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0903  putative two-component response regulator  50.94 
 
 
212 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.96795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0467  two component LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 
200 aa  59.7  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0451  response regulator receiver protein  36 
 
 
200 aa  59.7  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2579  response regulator FixJ  55.74 
 
 
205 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  27.07 
 
 
437 aa  59.3  0.00000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.95 
 
 
940 aa  59.3  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25360  Response regulator, LuxR family  52.83 
 
 
246 aa  59.3  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3697  two component LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 
201 aa  59.3  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1717  two component LuxR family transcriptional regulator  54.72 
 
 
205 aa  58.9  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6109  two component LuxR family transcriptional regulator  54.72 
 
 
210 aa  58.5  0.00000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0504113 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  42.27 
 
 
214 aa  58.9  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2117  response regulator FixJ  54.55 
 
 
205 aa  58.5  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5362  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.7 
 
 
643 aa  58.2  0.00000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3815  response regulator receiver protein  51.92 
 
 
212 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4877  PAS sensor protein  53.7 
 
 
643 aa  58.2  0.00000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2788  response regulator FixJ  46.55 
 
 
205 aa  57.8  0.00000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0210669  normal  0.0766422 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0436  two component LuxR family transcriptional regulator  35 
 
 
202 aa  57.8  0.00000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3229  LuxR family DNA-binding response regulator  31.94 
 
 
229 aa  57.4  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0241  LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 
216 aa  57.4  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1999  diguanylate cyclase  29.41 
 
 
612 aa  57  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3275  response regulator FixJ  54.1 
 
 
205 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1204  two component LuxR family transcriptional regulator  48.21 
 
 
213 aa  56.6  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3745  response regulator receiver protein  43.86 
 
 
203 aa  57  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.311585 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003036  tetrathionate reductase two-component response regulator  45.16 
 
 
200 aa  57  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2371  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 
209 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.820742  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3240  two component LuxR family transcriptional regulator  46.88 
 
 
207 aa  55.8  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.989265 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3602  LuxR response regulator receiver  46.15 
 
 
206 aa  56.2  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.66617  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3295  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.91 
 
 
810 aa  55.8  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7761  two component LuxR family transcriptional regulator  32.61 
 
 
213 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1363  response regulator FixJ  43.86 
 
 
205 aa  55.5  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1369  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.37 
 
 
218 aa  55.5  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.380225  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1775  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.37 
 
 
209 aa  55.5  0.0000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.814588  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0530  two component LuxR family transcriptional regulator  41.54 
 
 
211 aa  55.5  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5293  two component LuxR family transcriptional regulator  50.91 
 
 
203 aa  55.1  0.0000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3551  LuxR family DNA-binding response regulator  47.17 
 
 
210 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.178316  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2223  response regulator receiver protein  47.17 
 
 
210 aa  55.1  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1499  LuxR family two component transcriptional regulator  44.26 
 
 
209 aa  55.1  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4727  response regulator FixJ  43.86 
 
 
203 aa  55.1  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3796  two component LuxR family transcriptional regulator  43.08 
 
 
209 aa  54.7  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>