More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_1564 on replicon NC_010622
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010622  Bphy_1564  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 181 aa  372  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1365  LuxR family transcriptional regulator  88.4 
 
 		 181 aa  333  7.999999999999999e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2762  transcriptional regulator, LuxR family  87.85 
 
 		 181 aa  328  2e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0949  LuxR family transcriptional regulator  83.98 
 
 		 181 aa  319  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.359362  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1109  LuxR family transcriptional regulator  83.98 
 
 		 181 aa  319  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0705073  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1876  LuxR family transcriptional regulator  83.98 
 
 		 181 aa  319  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0402354  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2609  LuxR family transcriptional regulator  83.98 
 
 		 181 aa  319  9.999999999999999e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0214  LuxR family transcriptional regulator  83.98 
 
 		 181 aa  319  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.231548  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1723  sensory box transcriptional regulator  83.98 
 
 		 181 aa  319  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1551  LuxR family transcriptional regulator  83.98 
 
 		 181 aa  319  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1698  PAS  83.98 
 
 		 181 aa  319  9.999999999999999e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.361141  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1785  LuxR family transcriptional regulator  81.22 
 
 		 228 aa  309  2e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1442  LuxR family transcriptional regulator  79.56 
 
 		 181 aa  305  3e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0982  LuxR family transcriptional regulator  79.56 
 
 		 228 aa  304  4.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1464  LuxR family transcriptional regulator  79.56 
 
 		 228 aa  304  4.0000000000000004e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1389  LuxR family transcriptional regulator  79.01 
 
 		 181 aa  300  7.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.261896  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1349  LuxR family transcriptional regulator  79.01 
 
 		 181 aa  300  7.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4609  LuxR family transcriptional regulator  78.45 
 
 		 181 aa  299  1e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187636  normal  0.5658 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1268  LuxR family transcriptional regulator  67.96 
 
 		 181 aa  270  1e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.550511  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1152  LuxR family transcriptional regulator  67.4 
 
 		 181 aa  266  1e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1569  putative transcription regulator protein  66.3 
 
 		 181 aa  263  1e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1654  transcriptional regulator, LuxR family  64.64 
 
 		 181 aa  259  1e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00914552  normal  0.0273292 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1984  transcriptional regulator, LuxR family  64.64 
 
 		 181 aa  259  1e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1761  transcriptional regulator, LuxR family  62.22 
 
 		 181 aa  248  2e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247672  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1960  LuxR family transcriptional regulator  62.22 
 
 		 181 aa  248  2e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3128  LuxR family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 181 aa  240  7.999999999999999e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4267  LuxR family transcriptional regulator  61.36 
 
 		 180 aa  239  2e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2659  putative PAS/PAC sensor protein  61.67 
 
 		 184 aa  238  2.9999999999999997e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1904  LuxR family transcriptional regulator  61.33 
 
 		 184 aa  235  3e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2636  LuxR family transcriptional regulator  60.45 
 
 		 206 aa  233  1.0000000000000001e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1985  LuxR family transcriptional regulator  61.75 
 
 		 185 aa  230  7.000000000000001e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000655544 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3263  transcriptional regulator, LuxR family  53.76 
 
 		 188 aa  220  8e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1455  LuxR family transcriptional regulator  55.43 
 
 		 197 aa  210  7e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.231735  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2463  LuxR family transcriptional regulator  50.28 
 
 		 423 aa  199  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2686  LuxR family regulatory protein  50.57 
 
 		 203 aa  181  3e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3282  LuxR family transcriptional regulator  48.35 
 
 		 202 aa  179  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3273  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 185 aa  167  1e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1516  LuxR family transcriptional regulator  48.04 
 
 		 182 aa  157  6e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0300196  normal  0.667528 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3436  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 190 aa  157  8e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5257  LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 201 aa  156  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272579  normal  0.17702 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22220  Transcriptional regulator, LuxR family  45.03 
 
 		 188 aa  149  2e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.339277  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4682  putative PAS/PAC sensor protein  38.64 
 
 		 192 aa  125  5e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.706561 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.4 
 
 		 756 aa  77.4  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.4 
 
 		 740 aa  77  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.91 
 
 		 1093 aa  72.8  0.000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.82 
 
 		 743 aa  67  0.0000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.31 
 
 		 617 aa  66.2  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.45 
 
 		 736 aa  66.2  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0936  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.88 
 
 		 803 aa  63.9  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0173561 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3517  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 201 aa  62  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.751217  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4157  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 		 202 aa  61.2  0.000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3697  two component LuxR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 201 aa  60.1  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0534  response regulator receiver protein  33.33 
 
 		 200 aa  59.3  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3173  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.21 
 
 		 696 aa  58.2  0.00000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000648957 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3862  response regulator receiver protein  32.32 
 
 		 200 aa  57.8  0.00000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0436  two component LuxR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 202 aa  57.8  0.00000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  27.32 
 
 		 437 aa  57.4  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0451  response regulator receiver protein  32.35 
 
 		 200 aa  56.2  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2335  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.09 
 
 		 209 aa  56.6  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.938318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0400  two component LuxR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 202 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0467  two component LuxR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0741  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  24.6 
 
 		 1193 aa  56.6  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000131287 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3506  response regulator receiver  52.54 
 
 		 202 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.32714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3813  two component transcriptional regulator, LuxR family  52.54 
 
 		 202 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2117  response regulator FixJ  44.93 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3192  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.58 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.513085  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0478  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.31 
 
 		 200 aa  55.8  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0872  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.37 
 
 		 500 aa  55.5  0.0000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.3427  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3891  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1438  LuxR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 204 aa  54.7  0.0000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.607012 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3104  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.67 
 
 		 700 aa  54.7  0.0000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1484  response regulator  42.86 
 
 		 212 aa  54.7  0.0000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.923295  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2579  response regulator FixJ  37.39 
 
 		 205 aa  54.7  0.0000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3602  LuxR response regulator receiver  43.08 
 
 		 206 aa  54.7  0.0000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.66617  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0241  LuxR family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 216 aa  54.7  0.0000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6109  two component LuxR family transcriptional regulator  48.33 
 
 		 210 aa  54.3  0.0000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0504113 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  38.28 
 
 		 214 aa  53.9  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4067  two component LuxR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 209 aa  53.5  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2095  response regulator receiver protein  35.24 
 
 		 216 aa  53.9  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1127  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.57 
 
 		 742 aa  53.9  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.799055 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1389  transcriptional regulator, LuxR family  46.55 
 
 		 320 aa  53.9  0.000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.64 
 
 		 940 aa  53.1  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3275  response regulator FixJ  46.88 
 
 		 205 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1743  two component LuxR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 209 aa  53.1  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.518394 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4873  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  23.73 
 
 		 704 aa  53.1  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.924462  normal  0.691601 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1500  response regulator  41.07 
 
 		 212 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000401264 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1363  response regulator FixJ  45.28 
 
 		 205 aa  53.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3850  two component LuxR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 209 aa  52.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3796  two component LuxR family transcriptional regulator  43.86 
 
 		 209 aa  53.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4053  response regulator FixJ  47.17 
 
 		 205 aa  53.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3683  two component LuxR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 205 aa  53.1  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00690698  normal  0.306381 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1499  LuxR family two component transcriptional regulator  44.64 
 
 		 209 aa  52.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2960  LuxR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 249 aa  53.1  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00617969  normal  0.0717872 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1955  response regulator  41.07 
 
 		 206 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00159918 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1784  response regulator  41.07 
 
 		 206 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1521  response regulator  41.07 
 
 		 212 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410508 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0209  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 225 aa  53.5  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.641351 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2371  two component LuxR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 209 aa  52.4  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.820742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0530  two component LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 211 aa  52.4  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2977  response regulator receiver protein  52 
 
 		 208 aa  52.8  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.286368 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>