More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3263 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3263  transcriptional regulator, LuxR family  100 
 
 		 188 aa  387  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2659  putative PAS/PAC sensor protein  69.57 
 
 		 184 aa  271  3e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1904  LuxR family transcriptional regulator  68.82 
 
 		 184 aa  270  1e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3128  LuxR family transcriptional regulator  65.43 
 
 		 181 aa  266  2e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1960  LuxR family transcriptional regulator  65.76 
 
 		 181 aa  258  4e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1761  transcriptional regulator, LuxR family  65.76 
 
 		 181 aa  258  4e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247672  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2636  LuxR family transcriptional regulator  65.05 
 
 		 206 aa  256  1e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4267  LuxR family transcriptional regulator  62.37 
 
 		 180 aa  252  3e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1985  LuxR family transcriptional regulator  57.98 
 
 		 185 aa  228  6e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000655544 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1268  LuxR family transcriptional regulator  55.91 
 
 		 181 aa  227  6e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.550511  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1152  LuxR family transcriptional regulator  56.99 
 
 		 181 aa  225  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2762  transcriptional regulator, LuxR family  56.45 
 
 		 181 aa  225  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0214  LuxR family transcriptional regulator  55.91 
 
 		 181 aa  222  3e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.231548  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1109  LuxR family transcriptional regulator  55.91 
 
 		 181 aa  222  3e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0705073  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1551  LuxR family transcriptional regulator  55.91 
 
 		 181 aa  222  3e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1876  LuxR family transcriptional regulator  55.91 
 
 		 181 aa  222  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0402354  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1698  PAS  55.91 
 
 		 181 aa  222  3e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.361141  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1723  sensory box transcriptional regulator  55.91 
 
 		 181 aa  222  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2609  LuxR family transcriptional regulator  55.91 
 
 		 181 aa  222  3e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0949  LuxR family transcriptional regulator  55.91 
 
 		 181 aa  222  3e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.359362  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1455  LuxR family transcriptional regulator  60.32 
 
 		 197 aa  221  4e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.231735  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1564  LuxR family transcriptional regulator  53.76 
 
 		 181 aa  220  9e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1365  LuxR family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 181 aa  217  6e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1569  putative transcription regulator protein  55.38 
 
 		 181 aa  215  4e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1785  LuxR family transcriptional regulator  54.3 
 
 		 228 aa  213  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1984  transcriptional regulator, LuxR family  54.3 
 
 		 181 aa  211  3.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1654  transcriptional regulator, LuxR family  54.3 
 
 		 181 aa  210  7.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00914552  normal  0.0273292 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1442  LuxR family transcriptional regulator  52.15 
 
 		 181 aa  210  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0982  LuxR family transcriptional regulator  52.15 
 
 		 228 aa  208  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1464  LuxR family transcriptional regulator  52.15 
 
 		 228 aa  208  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4609  LuxR family transcriptional regulator  52.15 
 
 		 181 aa  207  6e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187636  normal  0.5658 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1389  LuxR family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 181 aa  207  7e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.261896  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1349  LuxR family transcriptional regulator  53.23 
 
 		 181 aa  207  7e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2463  LuxR family transcriptional regulator  47.57 
 
 		 423 aa  181  6e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2686  LuxR family regulatory protein  43.32 
 
 		 203 aa  159  3e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3282  LuxR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 202 aa  158  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3436  LuxR family transcriptional regulator  41.8 
 
 		 190 aa  156  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5257  LuxR family transcriptional regulator  41.8 
 
 		 201 aa  155  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272579  normal  0.17702 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3273  LuxR family transcriptional regulator  46.07 
 
 		 185 aa  153  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1516  LuxR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 182 aa  152  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0300196  normal  0.667528 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22220  Transcriptional regulator, LuxR family  44.13 
 
 		 188 aa  144  6e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.339277  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4682  putative PAS/PAC sensor protein  36.61 
 
 		 192 aa  117  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.706561 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.33 
 
 		 740 aa  78.2  0.00000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.33 
 
 		 756 aa  78.2  0.00000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.91 
 
 		 736 aa  68.9  0.00000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3517  two component LuxR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 201 aa  67  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.751217  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4157  DNA-binding response regulator  38.54 
 
 		 202 aa  65.1  0.0000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0241  LuxR family transcriptional regulator  60.38 
 
 		 216 aa  65.1  0.0000000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3697  two component LuxR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 201 aa  64.3  0.0000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.34 
 
 		 1093 aa  63.9  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2093  two component LuxR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 206 aa  63.5  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000328625  normal  0.180863 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1854  LuxR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 310 aa  62.8  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.82 
 
 		 743 aa  62.8  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0436  two component LuxR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 202 aa  62.4  0.000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0534  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 200 aa  61.6  0.000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1484  response regulator  48.21 
 
 		 212 aa  61.2  0.000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.923295  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2371  two component LuxR family transcriptional regulator  50.88 
 
 		 209 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.820742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3862  response regulator receiver protein  39.18 
 
 		 200 aa  60.5  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0467  two component LuxR family transcriptional regulator  48.21 
 
 		 200 aa  60.5  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0478  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.21 
 
 		 200 aa  60.5  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0451  response regulator receiver protein  48.21 
 
 		 200 aa  60.5  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1438  LuxR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 204 aa  60.5  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.607012 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1955  response regulator  48.21 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00159918 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1784  response regulator  48.21 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1521  response regulator  48.21 
 
 		 212 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000410508 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1500  response regulator  48.21 
 
 		 212 aa  60.1  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000401264 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.49 
 
 		 617 aa  60.5  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1268  two component LuxR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 220 aa  59.7  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3602  LuxR response regulator receiver  49.23 
 
 		 206 aa  59.3  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.66617  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0903  putative two-component response regulator  50.88 
 
 		 212 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.96795  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1204  two component LuxR family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 213 aa  58.9  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4101  two component LuxR family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 229 aa  58.2  0.00000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.878116  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1719  response regulator receiver  50.94 
 
 		 231 aa  58.2  0.00000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760885  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3551  LuxR family DNA-binding response regulator  49.12 
 
 		 210 aa  57.8  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.178316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2223  response regulator receiver protein  49.12 
 
 		 210 aa  57.8  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4282  two component LuxR family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 217 aa  57.4  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4877  PAS sensor protein  55.56 
 
 		 643 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4219  two component LuxR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.186755  normal  0.698621 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5362  two component transcriptional regulator, LuxR family  55.56 
 
 		 643 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3815  response regulator receiver protein  45.76 
 
 		 212 aa  57  0.0000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09690  putative two-component response regulator  49.12 
 
 		 214 aa  57  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000807943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0943  two component LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 214 aa  57.8  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02672  hypothetical protein  35.05 
 
 		 198 aa  57  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3192  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.79 
 
 		 212 aa  56.2  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.513085  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1065  two component LuxR family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 206 aa  56.6  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175211 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2774  LuxR family DNA-binding response regulator  49.09 
 
 		 216 aa  55.8  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2791  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.62 
 
 		 213 aa  56.2  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0590322  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2482  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.06 
 
 		 211 aa  55.5  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3891  two component transcriptional regulator, LuxR family  54.55 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4087  LuxR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 183 aa  55.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0386906 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2117  response regulator FixJ  48.33 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5458  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 213 aa  55.1  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0682828  normal  0.0164406 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5189  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 213 aa  55.1  0.0000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.814448  normal  0.223105 
 
 
-
 
NC_003296  RS02316  transcription regulator protein  46.67 
 
 		 227 aa  55.1  0.0000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.499262 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0530  two component LuxR family transcriptional regulator  50.94 
 
 		 211 aa  54.7  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4067  two component LuxR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 209 aa  54.7  0.0000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2407  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.44 
 
 		 220 aa  54.7  0.0000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2282  two component LuxR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 199 aa  54.7  0.0000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.203996 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2358  response regulator receiver protein  52.83 
 
 		 233 aa  54.7  0.0000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.119902  normal  0.5156 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1779  response regulator receiver protein  45.16 
 
 		 208 aa  53.9  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.264941  hitchhiker  0.00228897 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>