More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1985 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1985  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 185 aa  377  1e-104  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000655544 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2636  LuxR family transcriptional regulator  63.39 
 
 		 206 aa  249  1e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1904  LuxR family transcriptional regulator  62.3 
 
 		 184 aa  247  6e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2659  putative PAS/PAC sensor protein  60.77 
 
 		 184 aa  239  1e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4267  LuxR family transcriptional regulator  61.2 
 
 		 180 aa  236  1e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2762  transcriptional regulator, LuxR family  62.84 
 
 		 181 aa  236  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1268  LuxR family transcriptional regulator  60.87 
 
 		 181 aa  235  3e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.550511  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1365  LuxR family transcriptional regulator  62.3 
 
 		 181 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1960  LuxR family transcriptional regulator  60 
 
 		 181 aa  231  3e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1761  transcriptional regulator, LuxR family  60 
 
 		 181 aa  231  3e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247672  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1569  putative transcription regulator protein  61.75 
 
 		 181 aa  231  5e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3128  LuxR family transcriptional regulator  60.77 
 
 		 181 aa  231  5e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1564  LuxR family transcriptional regulator  61.75 
 
 		 181 aa  230  7.000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1984  transcriptional regulator, LuxR family  61.2 
 
 		 181 aa  230  8.000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1152  LuxR family transcriptional regulator  59.78 
 
 		 181 aa  229  1e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1455  LuxR family transcriptional regulator  61.41 
 
 		 197 aa  229  2e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.231735  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1654  transcriptional regulator, LuxR family  60.66 
 
 		 181 aa  229  2e-59  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00914552  normal  0.0273292 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3263  transcriptional regulator, LuxR family  57.98 
 
 		 188 aa  228  6e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0214  LuxR family transcriptional regulator  61.75 
 
 		 181 aa  226  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.231548  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1109  LuxR family transcriptional regulator  61.75 
 
 		 181 aa  226  1e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0705073  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0949  LuxR family transcriptional regulator  61.75 
 
 		 181 aa  226  1e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.359362  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1876  LuxR family transcriptional regulator  61.75 
 
 		 181 aa  226  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0402354  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2609  LuxR family transcriptional regulator  61.75 
 
 		 181 aa  226  1e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1551  LuxR family transcriptional regulator  61.75 
 
 		 181 aa  226  1e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1698  PAS  61.75 
 
 		 181 aa  226  1e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.361141  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1723  sensory box transcriptional regulator  61.75 
 
 		 181 aa  226  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1442  LuxR family transcriptional regulator  60.11 
 
 		 181 aa  221  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0982  LuxR family transcriptional regulator  60.11 
 
 		 228 aa  221  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1464  LuxR family transcriptional regulator  60.11 
 
 		 228 aa  221  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4609  LuxR family transcriptional regulator  59.56 
 
 		 181 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187636  normal  0.5658 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1389  LuxR family transcriptional regulator  59.56 
 
 		 181 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.261896  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1349  LuxR family transcriptional regulator  59.56 
 
 		 181 aa  218  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1785  LuxR family transcriptional regulator  59.02 
 
 		 228 aa  217  7e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2463  LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 423 aa  176  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2686  LuxR family regulatory protein  46.15 
 
 		 203 aa  166  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5257  LuxR family transcriptional regulator  45.03 
 
 		 201 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272579  normal  0.17702 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3282  LuxR family transcriptional regulator  45.25 
 
 		 202 aa  158  3e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3436  LuxR family transcriptional regulator  44.5 
 
 		 190 aa  159  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3273  LuxR family transcriptional regulator  45.98 
 
 		 185 aa  152  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1516  LuxR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 182 aa  145  2.0000000000000003e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0300196  normal  0.667528 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22220  Transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 188 aa  142  4e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.339277  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4682  putative PAS/PAC sensor protein  37.22 
 
 		 192 aa  107  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.706561 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.8 
 
 		 740 aa  76.3  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.8 
 
 		 756 aa  76.3  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.77 
 
 		 1093 aa  71.2  0.000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.4 
 
 		 736 aa  63.5  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2222  response regulator FixJ  45.71 
 
 		 205 aa  62.4  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446915  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3517  two component LuxR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 201 aa  62  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.751217  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.62 
 
 		 743 aa  62  0.000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1065  two component LuxR family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 206 aa  61.2  0.000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175211 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.94 
 
 		 617 aa  60.8  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3697  two component LuxR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 201 aa  60.5  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4157  DNA-binding response regulator  36.17 
 
 		 202 aa  60.1  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2482  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.9 
 
 		 211 aa  58.9  0.00000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0534  response regulator receiver protein  37.76 
 
 		 200 aa  58.9  0.00000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4101  two component LuxR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 229 aa  58.5  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.878116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1204  two component LuxR family transcriptional regulator  47.46 
 
 		 213 aa  58.2  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0436  two component LuxR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 202 aa  58.5  0.00000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3891  two component transcriptional regulator, LuxR family  55.93 
 
 		 213 aa  58.2  0.00000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09690  putative two-component response regulator  46.55 
 
 		 214 aa  57.8  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000807943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2371  two component LuxR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 209 aa  57.8  0.00000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.820742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1775  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.94 
 
 		 209 aa  57.4  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.814588  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1369  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.77 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.380225  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3275  response regulator FixJ  48.48 
 
 		 205 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1719  response regulator receiver  51.92 
 
 		 231 aa  57.4  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760885  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2117  response regulator FixJ  44.29 
 
 		 205 aa  57  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3815  response regulator receiver protein  44.83 
 
 		 212 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1363  response regulator FixJ  48.08 
 
 		 205 aa  56.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4727  response regulator FixJ  40.51 
 
 		 203 aa  56.6  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3862  response regulator receiver protein  40 
 
 		 200 aa  57  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5156  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.12 
 
 		 208 aa  56.2  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.497351  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2499  two component LuxR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.449467  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2402  LuxR family DNA-binding response regulator  37.23 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000137953  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3506  response regulator receiver  53.7 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.32714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1688  LuxR family DNA-binding response regulator  37.23 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000202542  normal  0.0533619 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3813  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.7 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2093  two component LuxR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 206 aa  56.2  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000328625  normal  0.180863 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4067  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4053  response regulator FixJ  48.08 
 
 		 205 aa  55.5  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0630  response regulator FixJ  39.51 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.136769  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0276  two component transcription LuxR family regulatory protein  45.61 
 
 		 224 aa  55.5  0.0000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.00306595  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2788  response regulator FixJ  50 
 
 		 205 aa  55.1  0.0000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0210669  normal  0.0766422 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0467  two component LuxR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 200 aa  55.5  0.0000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0478  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.08 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0451  response regulator receiver protein  36.08 
 
 		 200 aa  55.5  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4015  response regulator receiver protein  48.33 
 
 		 216 aa  54.7  0.0000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2380  response regulator receiver protein  48.39 
 
 		 208 aa  54.7  0.0000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5362  two component transcriptional regulator, LuxR family  51.85 
 
 		 643 aa  54.7  0.0000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6835  transcriptional regulator, LuxR family  39.44 
 
 		 222 aa  54.7  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.80633  normal  0.285546 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4877  PAS sensor protein  51.85 
 
 		 643 aa  54.3  0.0000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4282  two component LuxR family transcriptional regulator  43.08 
 
 		 217 aa  54.3  0.0000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2041  response regulator receiver protein  46.97 
 
 		 214 aa  53.9  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.212509  hitchhiker  0.00400016 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3365  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.67 
 
 		 216 aa  53.9  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.7758  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1484  response regulator  41.82 
 
 		 212 aa  53.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.923295  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0400  two component LuxR family transcriptional regulator  53.85 
 
 		 202 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2960  LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 249 aa  53.9  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  hitchhiker  0.00617969  normal  0.0717872 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0903  putative two-component response regulator  44.83 
 
 		 212 aa  54.3  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.96795  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2579  response regulator FixJ  46.97 
 
 		 205 aa  54.3  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2791  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.68 
 
 		 213 aa  54.3  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0590322  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1906  response regulator FixJ  46.3 
 
 		 205 aa  53.1  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.700153  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>