More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4267 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4267  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 180 aa  372  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1761  transcriptional regulator, LuxR family  87.01 
 
 		 181 aa  326  1.0000000000000001e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.247672  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1960  LuxR family transcriptional regulator  87.01 
 
 		 181 aa  326  1.0000000000000001e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3128  LuxR family transcriptional regulator  82.87 
 
 		 181 aa  317  5e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2636  LuxR family transcriptional regulator  75 
 
 		 206 aa  294  4e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1904  LuxR family transcriptional regulator  72.28 
 
 		 184 aa  289  1e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.490701 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2659  putative PAS/PAC sensor protein  75.14 
 
 		 184 aa  286  1e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.610305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1152  LuxR family transcriptional regulator  68.36 
 
 		 181 aa  267  7e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1268  LuxR family transcriptional regulator  67.23 
 
 		 181 aa  262  2e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.550511  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3263  transcriptional regulator, LuxR family  62.37 
 
 		 188 aa  252  2.0000000000000002e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19467  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1569  putative transcription regulator protein  64.77 
 
 		 181 aa  249  2e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1984  transcriptional regulator, LuxR family  63.64 
 
 		 181 aa  247  7e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1654  transcriptional regulator, LuxR family  63.07 
 
 		 181 aa  245  2e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00914552  normal  0.0273292 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2762  transcriptional regulator, LuxR family  62.5 
 
 		 181 aa  244  6e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.449206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1564  LuxR family transcriptional regulator  61.36 
 
 		 181 aa  239  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1985  LuxR family transcriptional regulator  61.2 
 
 		 185 aa  236  1e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000655544 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1365  LuxR family transcriptional regulator  60.8 
 
 		 181 aa  236  2e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1109  LuxR family transcriptional regulator  60.23 
 
 		 181 aa  231  3e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0705073  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0214  LuxR family transcriptional regulator  60.23 
 
 		 181 aa  231  3e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.231548  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1876  LuxR family transcriptional regulator  60.23 
 
 		 181 aa  231  3e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0402354  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1698  PAS  60.23 
 
 		 181 aa  231  3e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.361141  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2609  LuxR family transcriptional regulator  60.23 
 
 		 181 aa  231  3e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1723  sensory box transcriptional regulator  60.23 
 
 		 181 aa  231  3e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0949  LuxR family transcriptional regulator  60.23 
 
 		 181 aa  231  3e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.359362  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1551  LuxR family transcriptional regulator  60.23 
 
 		 181 aa  231  3e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.955987  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1455  LuxR family transcriptional regulator  60.75 
 
 		 197 aa  231  4.0000000000000004e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.231735  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1785  LuxR family transcriptional regulator  59.09 
 
 		 228 aa  226  1e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1442  LuxR family transcriptional regulator  58.76 
 
 		 181 aa  225  2e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0982  LuxR family transcriptional regulator  58.76 
 
 		 228 aa  224  5.0000000000000005e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1464  LuxR family transcriptional regulator  58.76 
 
 		 228 aa  224  5.0000000000000005e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4609  LuxR family transcriptional regulator  57.95 
 
 		 181 aa  223  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187636  normal  0.5658 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1389  LuxR family transcriptional regulator  56.82 
 
 		 181 aa  218  5e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.261896  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1349  LuxR family transcriptional regulator  56.82 
 
 		 181 aa  218  5e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2463  LuxR family transcriptional regulator  50.29 
 
 		 423 aa  196  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3282  LuxR family transcriptional regulator  45.14 
 
 		 202 aa  167  8e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2686  LuxR family regulatory protein  44.94 
 
 		 203 aa  166  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3273  LuxR family transcriptional regulator  49.12 
 
 		 185 aa  164  5e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3436  LuxR family transcriptional regulator  42.78 
 
 		 190 aa  155  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5257  LuxR family transcriptional regulator  42.78 
 
 		 201 aa  155  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272579  normal  0.17702 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1516  LuxR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 182 aa  154  9e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0300196  normal  0.667528 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22220  Transcriptional regulator, LuxR family  45.4 
 
 		 188 aa  145  3e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.339277  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4682  putative PAS/PAC sensor protein  35.47 
 
 		 192 aa  121  4e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.706561 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.62 
 
 		 756 aa  77.8  0.00000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.62 
 
 		 740 aa  77.8  0.00000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.67 
 
 		 1093 aa  73.9  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3192  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.27 
 
 		 736 aa  69.3  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.178268  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3173  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.17 
 
 		 696 aa  66.2  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000648957 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.8 
 
 		 743 aa  65.1  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1854  LuxR family transcriptional regulator  57.41 
 
 		 310 aa  64.7  0.0000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.68 
 
 		 617 aa  63.2  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0936  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.67 
 
 		 803 aa  63.5  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0173561 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6109  two component LuxR family transcriptional regulator  61.54 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0504113 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3517  two component LuxR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 201 aa  62  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.751217  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4157  DNA-binding response regulator  36.96 
 
 		 202 aa  61.6  0.000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.93 
 
 		 940 aa  61.2  0.000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0241  LuxR family transcriptional regulator  49.23 
 
 		 216 aa  59.7  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0530  two component LuxR family transcriptional regulator  46.97 
 
 		 211 aa  60.1  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3697  two component LuxR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 201 aa  59.7  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2774  LuxR family DNA-binding response regulator  55.56 
 
 		 216 aa  59.3  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1900  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.09 
 
 		 405 aa  58.2  0.00000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.56282  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  30.99 
 
 		 437 aa  58.2  0.00000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1204  two component LuxR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 213 aa  57.8  0.00000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0436  two component LuxR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 202 aa  58.2  0.00000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3850  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 209 aa  57  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4101  two component LuxR family transcriptional regulator  53.57 
 
 		 229 aa  57.4  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.878116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1499  LuxR family two component transcriptional regulator  54.39 
 
 		 209 aa  57  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1127  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.17 
 
 		 742 aa  57.4  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.799055 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0534  response regulator receiver protein  33.7 
 
 		 200 aa  56.6  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3891  two component transcriptional regulator, LuxR family  59.26 
 
 		 213 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal  0.188997 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3796  two component LuxR family transcriptional regulator  50.82 
 
 		 209 aa  56.6  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1878  two component transcriptional regulator, LuxR family  54.39 
 
 		 208 aa  56.6  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1719  response regulator receiver  50 
 
 		 231 aa  55.8  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760885  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0872  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.83 
 
 		 500 aa  55.5  0.0000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.3427  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2791  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.14 
 
 		 213 aa  55.5  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0590322  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4877  PAS sensor protein  57.41 
 
 		 643 aa  55.1  0.0000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3862  response regulator receiver protein  41.07 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5362  two component transcriptional regulator, LuxR family  57.41 
 
 		 643 aa  55.1  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1722  multi-sensor hybrid histidine kinase  24.07 
 
 		 1007 aa  55.1  0.0000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.608863  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0478  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.07 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0451  response regulator receiver protein  41.07 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1135  two component LuxR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.564331  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3082  two component LuxR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0470395  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0467  two component LuxR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 200 aa  55.1  0.0000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0400  two component LuxR family transcriptional regulator  59.62 
 
 		 202 aa  54.7  0.0000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.331086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0745  putative two-component response regulator  42.67 
 
 		 210 aa  54.7  0.0000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.536324  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1268  two component LuxR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 220 aa  54.7  0.0000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3240  two component LuxR family transcriptional regulator  43.28 
 
 		 207 aa  54.7  0.0000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.989265 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1385  two component LuxR family transcriptional regulator  52.83 
 
 		 212 aa  54.7  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3506  response regulator receiver  57.41 
 
 		 202 aa  54.3  0.0000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.32714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0903  putative two-component response regulator  51.92 
 
 		 212 aa  54.3  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.96795  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3813  two component transcriptional regulator, LuxR family  57.41 
 
 		 202 aa  54.3  0.0000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07840  putative two-component response regulator  41.33 
 
 		 210 aa  54.3  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0171986 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4016  DNA-binding transcriptional activator UhpA  43.1 
 
 		 196 aa  53.9  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4071  DNA-binding transcriptional activator UhpA  43.1 
 
 		 196 aa  53.9  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4179  DNA-binding transcriptional activator UhpA  43.1 
 
 		 196 aa  53.9  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0975  two component transcriptional regulator, LuxR family  53.7 
 
 		 508 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2160  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.47 
 
 		 210 aa  53.5  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4004  two component LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 209 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4121  DNA-binding transcriptional activator UhpA  43.1 
 
 		 196 aa  53.9  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.97066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4000  DNA-binding transcriptional activator UhpA  43.1 
 
 		 196 aa  53.9  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.348805  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>