More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BURPS668_A3112 on replicon NC_009075
Organism: Burkholderia pseudomallei 668



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007435  BURPS1710b_A1335  ATP-dependent DNA ligase  96.25 
 
 		 980 aa  1687    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5610  ATP dependent DNA ligase  56 
 
 		 932 aa  818    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.706105 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3112  DNA ligase D  100 
 
 		 1157 aa  2276    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0919454  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2988  DNA ligase, ATP-dependent  97.35 
 
 		 1163 aa  2034    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1858  DNA ligase D  47.84 
 
 		 940 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.170046  normal  0.216644 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  58.83 
 
 		 1001 aa  575  1.0000000000000001e-162  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0353  ATP-dependent DNA ligase  34.8 
 
 		 913 aa  519  1.0000000000000001e-145  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.344654 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0981  DNA ligase D  49.9 
 
 		 954 aa  476  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1346  ATP dependent DNA ligase  74.24 
 
 		 936 aa  473  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.893044  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6073  DNA ligase D  74.58 
 
 		 927 aa  472  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0510863 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6483  ATP dependent DNA ligase  74.24 
 
 		 936 aa  473  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0603382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6340  DNA ligase D  72.54 
 
 		 949 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.15116 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5476  DNA ligase D  67.87 
 
 		 927 aa  462  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388357 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5079  ATP-dependent DNA ligase  38.2 
 
 		 901 aa  394  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.795218  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3217  ATP-dependent DNA ligase  62.06 
 
 		 837 aa  384  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.311781 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6329  ATP-dependent DNA ligase  36.83 
 
 		 895 aa  369  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0632091 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1150  ATP dependent DNA ligase  36.65 
 
 		 845 aa  367  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3464  DNA ligase, ATP-dependent, putative  60 
 
 		 851 aa  366  2e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3490  ATP-dependent DNA ligase  36.39 
 
 		 930 aa  362  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.505494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3245  ATP-dependent DNA ligase  59.32 
 
 		 866 aa  359  9.999999999999999e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.833216  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3907  ATP-dependent DNA ligase  35 
 
 		 900 aa  358  2.9999999999999997e-97  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.989644  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  60.87 
 
 		 863 aa  357  7.999999999999999e-97  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  60.54 
 
 		 867 aa  357  8.999999999999999e-97  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36910  ATP-dependent DNA ligase  59.32 
 
 		 840 aa  350  1e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0564843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3173  ATP-dependent DNA ligase  59.32 
 
 		 847 aa  348  2e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  35.69 
 
 		 918 aa  348  4e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2239  DNA ligase D  35.99 
 
 		 856 aa  338  2.9999999999999997e-91  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.839838 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  34.83 
 
 		 914 aa  331  5.0000000000000004e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4772  DNA ligase D  53.58 
 
 		 651 aa  330  8e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2501  ATP-dependent DNA ligase  56.45 
 
 		 833 aa  330  8e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3260  ATP-dependent DNA ligase  56.1 
 
 		 833 aa  329  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2097  ATP-dependent DNA ligase  53.66 
 
 		 848 aa  328  5e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.64367  normal  0.288543 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1177  ATP-dependent DNA ligase  54.2 
 
 		 853 aa  327  8.000000000000001e-88  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.601183  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  32.74 
 
 		 911 aa  326  2e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  52.56 
 
 		 651 aa  324  7e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1660  ATP-dependent DNA ligase  55.75 
 
 		 847 aa  324  8e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.600549  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3003  ATP-dependent DNA ligase  53.23 
 
 		 882 aa  323  9.999999999999999e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0636525  normal  0.554248 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0498  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  57.04 
 
 		 298 aa  322  1.9999999999999998e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2247  ATP-dependent DNA ligase  55.75 
 
 		 846 aa  320  7e-86  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  54.01 
 
 		 833 aa  317  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2837  ATP-dependent DNA ligase  29.11 
 
 		 896 aa  313  1e-83  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2523  ATP-dependent DNA ligase  56.63 
 
 		 837 aa  313  1e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000543878 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4424  ATP-dependent DNA ligase  53.5 
 
 		 825 aa  312  2e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0379748  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2651  ATP-dependent DNA ligase  52.61 
 
 		 832 aa  312  2e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.819142  normal  0.570676 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  31.07 
 
 		 902 aa  310  1.0000000000000001e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4339  ATP-dependent DNA ligase  54.91 
 
 		 871 aa  308  5.0000000000000004e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275716 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  51.03 
 
 		 864 aa  307  9.000000000000001e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  53.33 
 
 		 939 aa  301  3e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  40.73 
 
 		 603 aa  293  1e-77  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3982  DNA ligase D  34.32 
 
 		 837 aa  291  5.0000000000000004e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.242041 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  36.99 
 
 		 866 aa  274  7e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4171  ATP-dependent DNA ligase  35.54 
 
 		 914 aa  273  1e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.497319  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1336  ATP-dependent DNA ligase  91.45 
 
 		 152 aa  261  6e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  39.27 
 
 		 343 aa  251  6e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  42.99 
 
 		 868 aa  245  3.9999999999999997e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  42.99 
 
 		 868 aa  243  1e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  39.15 
 
 		 343 aa  243  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4315  DNA ligase D  43.36 
 
 		 834 aa  241  5e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0382  DNA ligase D  39.28 
 
 		 644 aa  241  5e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  39.45 
 
 		 815 aa  239  3e-61  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  40.06 
 
 		 845 aa  238  5.0000000000000005e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  45.07 
 
 		 846 aa  236  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  43.25 
 
 		 825 aa  235  3e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  44.26 
 
 		 865 aa  234  1e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5705  ATP-dependent DNA ligase  38.13 
 
 		 883 aa  233  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5875  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  44.72 
 
 		 297 aa  228  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  36.8 
 
 		 881 aa  225  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  43.42 
 
 		 656 aa  225  4.9999999999999996e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  41.29 
 
 		 882 aa  223  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1736  ATP-dependent DNA ligase  37.5 
 
 		 888 aa  223  1.9999999999999999e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.946456 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8017  ATP-dependent DNA ligase  40.88 
 
 		 893 aa  221  7e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8275  ATP-dependent DNA ligase  40.88 
 
 		 383 aa  220  1e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0118926  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6783  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  44.28 
 
 		 292 aa  220  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.838138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4365  ATP-dependent DNA ligase  42.02 
 
 		 886 aa  219  2.9999999999999998e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1301  hypothetical protein  40.47 
 
 		 301 aa  217  9.999999999999999e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  43.21 
 
 		 658 aa  216  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0836  DNA ligase D  42.91 
 
 		 683 aa  216  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  38.57 
 
 		 813 aa  214  5.999999999999999e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  41.7 
 
 		 658 aa  213  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  38.93 
 
 		 684 aa  211  5e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  37 
 
 		 822 aa  207  9e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  43.63 
 
 		 843 aa  206  2e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  37.12 
 
 		 818 aa  206  2e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7647  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  39.85 
 
 		 544 aa  206  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2226  DNA polymerase LigD polymerase subunit  40.3 
 
 		 299 aa  194  6e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4186  hypothetical protein  39.23 
 
 		 330 aa  193  1e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0264097  normal  0.220131 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  33.33 
 
 		 871 aa  190  2e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3303  ATP dependent DNA ligase  32.85 
 
 		 855 aa  186  2.0000000000000003e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.300283  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  35.22 
 
 		 872 aa  185  4.0000000000000006e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  33.86 
 
 		 351 aa  183  2e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  32.67 
 
 		 861 aa  182  2e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  33.24 
 
 		 534 aa  183  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2225  DNA ligase  44.26 
 
 		 213 aa  179  2e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4303  DNA ligase D  40.51 
 
 		 817 aa  176  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.400493 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1305  DNA polymerase LigD ligase region  36.57 
 
 		 343 aa  171  9e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0414241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  50.81 
 
 		 608 aa  170  1e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  32.74 
 
 		 646 aa  168  5e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3085  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  32.95 
 
 		 299 aa  168  5.9999999999999996e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.884253 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  34.05 
 
 		 877 aa  168  6.9999999999999995e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  64.71 
 
 		 847 aa  167  8e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>